软件使用
爱学习Guocc
这个作者很懒,什么都没留下…
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【LINUX】libgd-GD库安装
GD库的安装GD依赖库-zlibGD依赖库-libpngGD依赖库-libjpegGD依赖库-freetypeGD依赖库-liblzmaGD依赖库-libxml2GD依赖库-fontconfigGD安装--第一次安装近日帮朋友安装GD库一直失败,安装所需要的依赖库很多。本来放弃了,今天发现自己想要circos画图,也需要GD模块。在此记录自己的安装过程,以防下次安装碰到安装问题。按照以下步骤按照依赖库就可以,报错信息一般都是上一步的库未安装。GD依赖库-zlibwget http://ww原创 2021-03-05 20:44:23 · 4968 阅读 · 0 评论 -
【Linux】Latex的安装-源码
【Linux】Latex的安装latex安装包下载安装选择一般推荐的Latex安装需要root权限,为了找这个源码包找了很久,在此记录一下。latex安装包下载wget http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl-unx.tar.gzmv install-tl-unx.tar.gz texlive.tar.gztar zxvf texlive.tar.gzcd texlive./install-tl 安装选择该包在原创 2021-03-10 10:56:23 · 398 阅读 · 0 评论 -
【C库】version `GLIBCXX_3.4.21‘ not found 报错解决
【C库】version `GLIBCXX_3.4.21' not found 报错解决用户自定义安装查了很多资料,都是推荐yum来安装apt-get install libstdc++6 #或者yum install libstdc++6 但是很多时候,我们都是用的集群,根本不可能有root权限。用户自定义安装找了很久没找到下载链接,记录一下;下载与安装命令如下wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.15.tar.gztar zxvf原创 2021-03-09 21:55:01 · 587 阅读 · 0 评论 -
基因家族分析《三》
基因的染色体定位分析利用tbtools的 Gene Location Visualize From GTF/GFF工具,对染色体进行位置的绘制,这种是棒状的染色体图。若想要圈图的展示形式,可以选择Circle Gene View。原创 2020-11-09 15:59:23 · 3556 阅读 · 4 评论 -
基因家族分析《二》
找到 ”Batch-CDD"工具,输入上一步获得的hitdata.txt文件,以及蛋白序列文件,点击"start“,对其结构进行可视化;原创 2020-11-06 11:35:04 · 4268 阅读 · 1 评论 -
用tbtools基因家族分析《一》
基因家族分析流程蛋白序列的blast比对候选蛋白序列的提取候选基因的保守结构域确定此版本为无代码版本,依赖tbtools来实现,纯粹记录自己的学习经验。蛋白序列的blast比对选择拟南芥基因家族的蛋白序列文件选择你想要查找的基因家族的基因组蛋白文件选择你要输出的文件名选择输出格式,默认为xml,选择"Table“格式,结果更直观点击”start“,开始运行。候选蛋白序列的提取对于我们获得的结果文件rice.txt,,我们选择用excel打开,对其进行排序和去重处理,得到候选的基因I原创 2020-11-05 21:29:12 · 10473 阅读 · 1 评论 -
【群体结构】CLUMPP软件使用
CLUMPP的使用CLUMPP的安装CLUMPP的使用最近在做群体结构分析,群体结构三剑客:structure、pac和kinship。这边我主要用的软件是structure,毕竟比较老牌,正常一个K值只要1天时间,我感觉还能接受。在structure获得输出结果后,需要利用CLUMPP对多次循环的K矩阵进行合并。CLUMPP的安装官网网址:https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html,进行简单的一个注册之后,就可以跳转到下载链接。下原创 2020-06-11 10:22:45 · 3499 阅读 · 0 评论 -
【转录组】基因定量分析 featureCounts的使用
featureCounts的使用featureCounts的安装featureCounts的使用featureCounts的安装在转录组进行统计基因count数的时候,Htseq-count与featureCounts为使用最多的软件,其中htseq-count的速度较慢,而featureCounts的最大特点就是快。下载与安装$ wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-L原创 2020-06-03 16:53:10 · 7695 阅读 · 0 评论 -
结构变异SV的鉴定--smartie-sv与bayestyper
SV鉴定软件--smartie-sv和BayesTyper的使用smartie-sv的安装1. smartie-sv的安装,需要依赖htslib和blasr2. hstlib的安装3. blasr的安装4. smartie-sv的配置5. smartie-sv的使用6. 运行结果bayesTyper的安装1. bayesTyper安装2. Platypus的安装3. manta的安装:4. ba...原创 2020-05-05 17:30:42 · 3752 阅读 · 2 评论 -
Linux系统openssl库的安装与报错处理
openssl库的安装与报错安装报错安装因为最近因为其他软件需要Pyhton 2.7,所以在安装过程中碰到不少的坑,其中opensll就是一个,python的安装需要ssl模块的支持,才能编译出pip,很多时间都会报错。安装方法有两种,第一种很简单;yum install openssl-devel第二种则是源码安装,常规的安装过程是:下载安装包https://www.open...原创 2020-05-04 22:04:31 · 5803 阅读 · 0 评论 -
vcftools安装碰到的坑
在群体遗传学相关的系数计算这一块,vcftools是个很好的工具,操作简单,可以从变异检测的vcf出发,直接计算Pi系数,TajimaD系数以及Fst系数,还是比较方便。在老版本不支持vcf4.2的情况下,可以选择安装新版vcftools。下载地址为:https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/以最新版本0.1.13版本为例,首先我们需要下...原创 2019-04-04 16:05:36 · 4991 阅读 · 4 评论