【转录组】基因定量分析 featureCounts的使用

featureCounts的安装

在转录组进行统计基因count数的时候，Htseq-count与featureCounts为使用最多的软件，其中htseq-count的速度较慢，而featureCounts的最大特点就是快。

• 下载与安装

$ wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
$ tar zxcf subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz

解压完成即可使用，可执行程序在bin目录。

featureCounts的使用

featureCounts的参数较多，但我们在一般情况下只需要使用常用的参数就行。
与htseq-count相同：

• -a 输入GTF/GFF基因组注释文件
• -p 这个参数是针对paired-end数据
• -F 指定-a注释文件的格式，默认是GTF
• -g 从注释文件中提取Meta-features信息用于read count，默认是gene_id
• -t 跟-g一样的意思，其是默认将exon作为一个feature
• -o 输出文件名称
• -T 线程数目