利用PfamScan寻找同源基因家族

最新推荐文章于 2024-07-29 14:56:02 发布

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文章标签：基因家族保守蛋白

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43840576/article/details/86589573

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本文介绍了如何安装和使用hmmer及Pfam_scan.pl来查找同源基因家族。hmmer的安装包括将bin目录添加到PATH中，以便 Pfam_scan.pl调用。Pfam_scan.pl的使用涉及三个主要参数：输入蛋白序列的fasta文件，Pfam-A数据库目录和输出文件名。结果可以通过已知PF编号或蛋白名称进行检索。

摘要由CSDN通过智能技术生成

基因家族鉴定---pfam保守结构域的查找

hmmer的安装
Pfam_scan的使用

Pfam是一个蛋白家族数据库，其中Pfam-A是手工确定的高质量的蛋白家族，Pfam-B是自动注释的，是对A的补充。目前已更新到34.0，下载地址为ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/，任选一版本即可，需要两个文件， Pfam-A.hmm.gz和 Pfam-A.hmm.dat.gz。

hmmer的安装

由于Pfam-A需要进行二进制的转换，方便运算，所以需要用到hmmer软件。
安装过程如下：

$ wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
$ tar zxvf hmmer.tar.gz
$ cd hmmer-3.3
$ ./configure --prefix=`pwd`
$ make

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1255

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weixin_39886238的博客

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3526

pfam的使用-自用首先，这篇文章是引用的https://www.jianshu.com/p/fb3bd3de1c38这篇文章的其中有一些步骤我没有做过，保存在来步骤：数据库下载 wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz wget

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写在前面做基因功能的人都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域，pfam和smart数据库是一个不错的选择，下面我将结合我的经验，来完成对多序列文件的结构域注释。虽然网页工具也能做这部分内容(https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan)，...

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