基因家族分析《三》

最新推荐文章于 2024-01-29 21:55:40 发布
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分类专栏： 软件使用
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本文介绍使用tbtools中的GeneLocationVisualizeFromGTF/GFF工具绘制染色体位置的方法，并提供了另一种展示方式——CircleGeneView，以圈图的形式呈现基因在染色体上的分布。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

基因的染色体定位分析

  1. 利用tbtools的 Gene Location Visualize From GTF/GFF工具，对染色体进行位置的绘制，这种是棒状的染色体图。在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
  2. 若想要圈图的展示形式，可以选择Circle Gene View。在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
Genome varScant | 基因组结构变异 | 基于TBtools
BioinfoDu
10-09 1385
分享基因组结构变异检测的教程，大家常用的软件基本是minimap2软件，这个软件也是出自李恒大佬之手，但是对于新手小白，或是没有服务器的同学而言，直接在本地使用minimap2是不现实的。然而，今天可以啦。这个主要是归功于CJ老师开发的TBtools软件。非常厉害的一个生信化软件，TBtools问世以来真是造福了多少生信小白。。自己在19年开始了解TBtools，一直到现在，中间换过多台电脑，但是首选安装的软件中一定会有它。我们前面做过等几个教程。minimap2。
顺式作用元件包括_植物启动子顺式作用元件批量提取预测可视化分析
weixin_42376799的博客
01-02 6307
!!!!，注意上图是**顺式作用元件在启动子上的批量可视化，当然最后坐标要自己调，直接全部-2000bp，5' 和 3‘ 替换 **写在前面以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的工作无法正常开展。正好有旧友也问起，那么我就写写。其实，有了TBtools，这些分析，...
基因家族特征分析 - 染色体定位分析
qq_50637636的博客
06-29 1万+
  染色体定位分析是将基因家族成员在染色体上的位置标注出来，观察基因家族成员在染色体上是否成簇分布。
实验篇——家族成员染色体位置分析
2301_78630677的博客
08-24 9300
在基因家族分析中，通过观察基因家族成员在染色体上的位置。可以判断在染色体上是否成簇分布。本章是在TBtools软件上进行操作的，十分快速得得到了染色体位置分析的可视化图形。通过对图形的观察来判断家族成员基因在染色体上是否成簇分布。 天苍苍，野茫茫，风吹草低现牛羊。 –2023-8-22 实验篇。
CircleView轻量级显示圆形，支持更多属性
未来很长，但我会努力的走下去。
10-18 889
CircleView轻量级显示圆形，支持更多属性
基于TBtools做基因家族分析教程 （全）
BioinfoDu
05-03 2万+
但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。因此，使用Pfam数据库中一致的基因进行同源搜索（其实，你也可以使用已知作物中的基因进行同源搜索，获得结果基本一致）。也可以如上所示根据自己需求进行筛选，自己做的话，如果搜索的目的基因太多，而自己不需要这么多的同源基因，自己会进行手动过滤一些同源性较弱的基因。
TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....
abai0410的博客
04-05 2万+
放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。网络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明白。多少，我有时看到还是有点感动，毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒，仍然是我的问题。工.
cafe:CAFE：基因家族进化的计算分析-开源
04-29
分析结果通常包括显著扩增或缩减的基因家族列表，以及它们在进化树上的分布，这些信息对于后续的生物学解释和功能注释至关重要。 总的来说，CAFE是一个强大的工具，用于探究基因家族在生物进化中的角色。其开源性质...
基因家族分析套路.docx
07-04
基因家族分析是生物学研究中的一个重要领域，特别是在当前高通量测序技术广泛应用的背景下，大量基因组数据的积累使得基因家族分析成为理解生物功能、进化关系以及基因调控机制的关键手段。本文将详细介绍基因家族...
基因家族分析套路.pdf
07-03
基因家族分析是生物学研究中的重要方法，特别是在基因功能解析和物种演化研究中。随着基因测序技术的发展，大量基因组数据被积累，为基因家族分析提供了丰富的资源。本文将介绍基因家族分析的基本流程，包括数据库...
zedboard的GPIO实验
08-30
开发环境：xps14.6+sdk14.6，上次博客说了GPIO的使用，这次就来实践一下。本实验使用MIO7（zedboard板上的LD9），两位EMIO，两位axi gpio的IP核，分别接到LED上，点亮LED，主要练习GPIO的使用方法。
TBtools-生物信息分析
07-02
该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分析
启动子分析：使用预训练的神经网络模型对启动子序列进行评分和可视化的脚本
02-09
1.安装 所有脚本都是纯Python，因此无需编译。 最简单的方法是将存储库克隆到您自己的计算机上。 在所需的位置，键入： git clone https://github.com/hartonen/promoterAnalysis.git 该存储库中的脚本需要特定的Python软件包才能正常运行。 确保一切正常的最简单方法是（创建虚拟环境）[ ]，其中包含每个软件包的测试版本，然后运行此环境中的脚本。 这是通过首先创建一个新的虚拟环境来完成的： python3 -m venv /path/to/new/virtual/environment 然后，需要安装所有必需的软件包。 这些列在data/requirements.txt 。 因此，激活新的虚拟环境： source /path/to/new/virtual/environment/bin/activate 并使用pip安
linux统计单拷贝基因家族,为什么要进行基因家族分析？
weixin_36431195的博客
05-13 1176
原标题：为什么要进行基因家族分析？某物种基因组被测序后，大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章，此举常常被误解为“灌水”，其实不然，理清基因组内基因家族成员分类组成，是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作，可以为后续基因功能研究及遗传操作打下坚实基础。那么，研究基因家族有什么生物学意义？1. 基因家族的基因在物种之间都是比较保守的，通过基因家族分析可以得到某物种特有的家族基因，而这些基因...
linux统计单拷贝基因家族,基因家族收缩和扩张分析
weixin_34439035的博客
05-13 1834
1相关介绍在介绍基因家族收缩和扩张之前，有一个概念是绕不过去的，就是基因家族。基因家族(gene family)，是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物，同一家族基因可以紧密排列在一起，形成一个基因簇，但多数时候，它们是分散在同一染色体的不同位置，或者存在于不同的染色体上的，各自具有不同的表达调控模...
TBtools:基因家族分析简单流程
热门推荐
Nuvolar
09-16 3万+
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar
基因家族分析⑥：用TBTOOLS画出基因在染色体上的分布图
wuyuankang的博客
07-22 2万+
准备文件： 装有基因ID的TXT文件 基因组的GFF3文件 TBTOOLS工具 打开TBTOOLS： 点击START 得到如图的结果：
TBTOOLS标记染色体上的gene
最新发布
qq_28723681的博客
01-29 1530
最近碰到个问题，如何在染色体上标记gene, 查了下发现了个windows工具：TBTOOLs ， 有点意思，真是简洁高效。 话不多说，直接干。。
生信分析-利用TBtools提取序列
qq_44520665的博客
10-24 1万+
准备文件 gtf/gff3 全基因组fasta 背景知识 CDS=coding sequence,是编码区，是可翻译成蛋白质的exon的集合 cDNA比CDS多了5’-UTR和3’-UTR区域，是所有exon的集合 gene就是所有exon+intron的集合啦 提取CDS 提取genome 提取cDNA 就是提取所有的exon啦 ...
linux基因家族分析
09-13
Linux基因家族分析是指对Linux操作系统的源代码进行分析和研究，以了解其演化历史、内部结构、功能特性和开发流程等方面的信息。 Linux是一个开源操作系统，其源代码是公开的，每个人都可以查看、学习和修改。这为研究人员提供了一个独特的机会，可以深入探索Linux系统的底层原理和设计。 首先，分析Linux基因家族可以了解Linux操作系统的演化历史。通过研究Linux不同版本的源代码，我们可以追踪和了解Linux系统的发展过程，从最早的版本到当前的最新版本，逐步了解它的变迁和发展。 其次，分析Linux基因家族有助于了解Linux系统的内部结构和组织方式。Linux是一个模块化的系统，它由许多不同的模块组成，每个模块负责不同的功能。通过分析和研究这些模块之间的关系和交互方式，我们可以深入了解Linux系统的内在机制和工作原理。 此外，分析Linux基因家族还可以揭示Linux系统的特色功能和创新点。在源代码中，我们可以找到许多独特的特性和功能实现，这些特性往往体现了Linux系统的创新和灵活性。通过研究这些特性的实现方式和技术原理，我们可以了解到Linux在各个方面的优势和特色。 最后，分析Linux基因家族还可以深入了解Linux社区的开发流程和文化。Linux作为一个开源项目，依靠全球范围内的开发者和用户共同推进和维护。通过研究Linux社区的合作方式、软件开发流程和代码审查机制等方面的信息，我们可以了解到Linux社区的协作精神和开发理念。 因此，通过对Linux基因家族的分析，我们可以从不同的角度深入了解Linux操作系统，揭示其演化历史、内部结构、特色功能和开发流程，为Linux的进一步研究和应用提供重要的参考和指导。
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