人基因组重测序系列 - 2.三代测序赋能人全基因组测序

各测序技术检测信息概览

经过测序技术的不断发展，遗传信息的检测平台也存在着诸多平台，而长片段测序的技术可以跨越原来测序短读长技术无法检测的SV区域，能对结构变异更精准的检测。相关统计由Lappalainen T等提供数据支持，三代测序技术（如PacBio的Sequel/REVIO，以及# Nanopore的孔蛋白电势差测序技术）具有一下的优势。

• 检测准确性高
  基于HiFi数据，测序数据碱基质量高
  灵敏度和特异性水平SNV 超过 99.5%，插入缺失超过 95%

• 可检测的类型丰富
  能检测基因组几乎所有类型

长读长测序更有利于检测复合杂合SV

Collins等在研究gnomAD数据库的不同人群SV景观时，使用三代测序技术对二代变异检测的的结果进行的检验，结果表明大部分二代检测的SV都可以在三代测序中发现，基于breakpoint，92.8%的SVs被验证，且gnomAD-SV分析结果中，每个样本平均有4,829个SV被评估。绿色横条表示加权平均值。

长读长测序在遗传病解读中的应用

目前三代测序技术(LRS, long reads sequen)主要可以用于遗传病方向的结构变异检测中，特别是一些致病的敏感区域设计panel探针进行捕获测序，例如Mastrorosa FK等等描述了一些疾病研究中三代测序技术的应用，主要的方向大概有一下几种。

1. LRS 可用于识别先前临床测试在少量病例中遗漏的致病变异，而使用 SRS 发现 SV 缺乏敏感性和特异性，使其作为临床测试不可靠；

2. 基于 LRS 的方法可以解决标准临床测试后未解决的医学相关区域或病例中的复杂 SV、重复扩展以及甲基化差异；

3. 微生物 SV 用作指纹，研究人体的菌群多样性；研究病毒插入片段，进行病毒监测；

4. 对患者及父母的基因组进行从头组装，相对于比对方式，更准确的发现染色体变异情况，对遗传变异做更合理的注释和解读。

引用

1. Lappalainen T, Scott AJ, Brandt M, Hall IM. Genomic Analysis in the Age of Human Genome Sequencing. Cell. 2019;177(1):70-84. doi:10.1016/j.cell.2019.02.032

2. Collins, R.L., Brand, H., Karczewski, K.J. et al. A structural variation reference for medical and population genetics. Nature 581, 444–451 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2287-8

3. Mastrorosa FK, Miller DE, Eichler EE. Applications of long-read sequencing to Mendelian genetics. Genome Med. 2023;15(1):42. Published 2023 Jun 14. doi:10.1186/s13073-023-01194-3
   23 Jun 14. doi:10.1186/s13073-023-01194-3