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木之如水
做个简单的人,享受简单的快乐!
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无需安装环境的绘图----两两相关性分析散点图(一)
无需安装环境的绘图---相关性散点图(一)原创 2022-09-03 18:25:40 · 804 阅读 · 0 评论 -
根据基因或者蛋白的id提取序列---extract_seq.exe
在面对需要提取某一个基因的序列时,大家会通过什么样的方式原创 2021-04-22 19:13:25 · 4008 阅读 · 0 评论 -
根据某一列的进行去重的小工具----duplicated.exe
在处理表达谱数据的时候,你是否遇到过在设置行名的时候,出现行名不同重复的问题,那时候的你会怎么处理呢?当年的我,花费了很大的力气,最后才解决这个问题,由刚开始的用excel一个一个手动删除,到现在用脚本删除,这个过程用了很长时间。现在为了让初学者更容易解决这个问题,不再走小编当前走过的艰难老路,小编将该部分功能进行封装,并做了可视化的界面,方便大家更好的理解和使用!首先,该软件是用python包装,大家需要在使用前安装python3.8及以上的版本,安装完成后,退出杀毒软件,解压压缩包。压缩包下有这么几原创 2021-04-20 19:48:37 · 858 阅读 · 5 评论 -
TMB计算的小工具-calculate_TMB.exe
TMB即肿瘤突变负荷,在很多文章中均又涉猎。什么是TMB呢?普遍认为单位长度内检测到的基因突变个数。例如某检测覆盖基因1MB长度,在1MB长度内检测到了有20个突变,那么就属于肿瘤突变负荷高(TMB—H)。不同检测所覆盖的基因长度和个数稍有差异。选择的基因大概是随机分布在23对染色体上。如何去计算呢?生信菜鸟团中写的已经很详细,详细的可以看一下链接,这里不过多介绍。http://www.bio-info-trainee.com/2513.html如果大家会使用代码,可以看上面的链接,自己学着计算TM原创 2021-04-09 11:44:02 · 3676 阅读 · 4 评论 -
一个基于长数据转化为宽数据的小软件---data_tran.exe
长宽矩阵在转化的过程中有很多种方式,我最喜欢就是用R或者python去进行转化,当然也可以进行手动转化首先,我们看一下数据的形式,以及我们想要转化的形式以A列作为行,B列作为列,E列的值填充在这个数据中,转化的新的数据如下所示如果这里大家使用python和R去做的话,可自动跳过1、下载和安装python,要求版本在3.8以上,详细安装的步骤在这里就不介绍了,百度一搜都是啦2、获取我们的压缩包,在我们的压缩包下面有这些文件,如下所示,这里我准备了一个测试数据,precent_data.csv在路原创 2021-03-25 18:03:33 · 256 阅读 · 4 评论 -
spell_picture3.1版本windows上手动拼图的软件的升级
在介绍本文之前,我们需要了解的是spell_picture3.1版本相比较之前的spell_picture3版本优化了哪些功能呢?以下是spell_picture3版本的界面而spell_picture3.1版本的界面为从样本中可以清楚地看出来,3.1版本相比较3的版本多个一个图片间隙的参数输入,以及字体格式的选择。·一、安装过程(如果之前安装python3.8以上版本,该步可以省略)压缩包下有一个python的exe软件,可以直接双击安装,如果有问题,可以查看之前的文档,或者百度如何安装二、安原创 2020-11-26 15:37:54 · 462 阅读 · 2 评论