R语言数据降维

最新推荐文章于 2024-07-16 20:08:03 发布

木之如水

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分类专栏：笔记

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/112007133

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今天是2020年的最后一天，这一年多灾多难，让我们唏嘘不已。不论2020如何，生活仍要继续，希望即将到来的2021年，可以‘牛’转乾坤。
这也是2020年的最后一篇博客了，在这里给大家介绍一下。目前R语言的几种降维方式。
首先需要配置数据

data<-matrix(rnorm(3000),ncol=6)
colnames(data)=paste0('gene',1:6)
rownames(data)=c(paste0(rep('C',nrow(data)/2),1:(nrow(data)/2)),
                 paste0(rep('P',nrow(data)/2),1:(nrow(data)/2)))
head(data)

在这里插入图片描述 1、PCA降维

data.pca <- prcomp(t(data), scale. = TRUE)
head(data.pca$rotation)

在这里插入图片描述

pca_data=data.pca$rotation[,1:2]
pca_data=data.frame(sample=rownames(pca_data),
                    pca_data,
                    group=c(rep('C',nrow(data)/2),rep('P',nrow(data)/2)))
head(pca_data)