Pheatmap热图的绘制及如何调整图片

Pheatmap热图的绘制及如何调整图片

Pheatmap包是R语言绘制热图比较强大的软件包，当然现在也有很多资料介绍这个包的使用，但是今天我写的重点不是如何使用这个包绘制热图，而是如何绘制出更好看的热图。（我使用的矩阵是1663x594），下面的左图和右图来源于同一个数据。明显可以看出左图更加直观和美观。那么绘制左图的步骤主要分下面三步：

第一步，绘制成普通热图：

数据格式

#读取数据

rt=read.table("diffmRNAExp.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)

#第一列为行名

rownames(rt) = rt[,1]

#去掉行名，将表达量取均值

rt = rt[,-1]
rt=log10(rt+1)

#加载R包

library(ggplot2) library(pheatmap)

#绘制热图

pheatmap(rt,scale = "row",cluster_row =T,cluster_col =F,show_rownames=F,
	  color = colorRampPalette(colors = ("blue","white","red"))(102))

第二步，右边的颜色尺度范围默认是（-20,20），通过设置自行调整，比如说调整成（-4,4）。

bk <- c(seq(-4,-0.1,by=0.01),seq(0,4,by=0.01))
pheatmap(rt,scale = "row",cluster_row =T,cluster_col =F,show_rownames=F,
color=c(colorRampPalette(colors=c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(color=c("white","red"))(length(bk)/2)),fontsize=8,fontsize_row=4,legend_breaks=seq(-4,4,2),breaks=bk)
 

第三，添加分组，这里我们分别对行和列分别添加分组为例，如样本为T和N，而基因分为上调和下调。

annotation_row=read.table("group.txt",sep="\t",header=T)
annotation_col=read.table("group1.txt",sep="\t",header=T)
row_anno=data.frame(Type=annotation_row$type,row.names=annotation_row$gene)
col_anno=data.frame(Group=annotation_col$mm,row.names=colnames(rt))
分组

的格式文件如下：

pheatmap(rt,scale = "row",cluster_row =T,cluster_col =F,show_rownames=F,annotation_row=row_anno,annotation_col=col_anno,   
	  color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)),
	  fontsize=8,fontsize_row=4,legend_breaks=seq(-4,4,2),breaks=bk)
 

看到这里可能有的人说，里面分组的颜色太丑了，想换掉行不行？当然是可以的

ann_colors = list(Type=c("up"="red","down"="blue"),Group=c("N"="blue","T"="red"))
tiff(file="heatmap-1.tiff",width = 10,height =10,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=500)
pheatmap(rt,scale = "row",cluster_row =T,cluster_col =F,show_rownames=F,annotation_row=row_anno,annotation_col=col_anno,
      clustering_column_method = "complete",show_colnames=F,main="lncRNA",annotation_colors =ann_colors,
	  color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)),
	  fontsize=8,fontsize_row=4,legend_breaks=seq(-4,4,2),breaks=bk)
 

这里我只是以红色和蓝色为例，大家可以换成自己想要的颜色！

图片:
普通的热图

我们想要绘制的形式

数据格式

修改右边的标尺

添加分组