cytoscape
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木之如水
做个简单的人,享受简单的快乐!
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cytoscape插件centiscape的使用
centiscape插件是一个可以用于计算一次性计算多个中心值的工具,类似于network analysis等。通过node的拓扑属性和生物学属性寻找最显著的差异基因,但是它是基于无向型网络,才能够使用和计算的。下面我们通过简单的实例来介绍该插件的使用!1、未安装该插件,先安装该插件,安装步骤如下:如果安装好了,就会有centiscape这个选项,如果没有安装,则选择app manager这个选项,找到该插件的名称,直接进行安装就好了,剩下的就是等待安装成功!2、安装完成后,需要准备数据,数据的形式原创 2021-03-02 11:37:55 · 4807 阅读 · 1 评论 -
cytoscape插件bingo使用
首先需要安装该插件,选择apps—app manager,安装binGO插件打开bingo插件,如下所示首先需要了解如何输入基因,有两种方式,一种是基于gene-gene互作网络,选择网络中的点进行富集分析。另一种是根据单独输入基因的名称来做的富集分析分析的结果展示方式体现了功能条目之间的相互层级关系,教程也是很多,https://www.jianshu.com/p/55570262ae3fhttp://www.360doc.com/content/18/0413/13/42030643原创 2021-02-24 20:50:00 · 2426 阅读 · 0 评论 -
cytocape绘图(三)
最近很多人都在问一些问题,这里我写一篇文章用于统一解释一下这些问题:1、在绘制网络图的过程中,如果需要绘制三者之间的关系怎么办?三者的关系也可以看成是两两关系的组合,如A-B-C这样的关系可以拆解成A-B和B-C的关系,然后把这两个文件放在一个表格中,即可。2、在绘图的过程中,外圈绘制不圆,怎么让他手动调整中变圆?首先,我们可以打开cytoscape,按照前面的步骤,导入数据,修改点的属性选择annotation点击空白的地方我们在空白的地方画出一个圈然后将这些点一个一个移动到边缘处删掉原创 2021-01-21 21:17:57 · 5889 阅读 · 4 评论 -
cytoscape---插件clueGO的使用
这里我简单介绍一下clueGO的使用首先需要下载clueGO的插件app—App Manager—clueGO安装需要进行注册,才可以使用,这也是为什么我不太喜欢用这个插件的原因之一下面就是使用clueGO,先apps----clueGO,打开这个插件选择合适的物种,这里我用的是人的,粘贴Gene symbol分别勾选CC、MF。BP是默认选中的在富集过程中,会通过超几何的方...原创 2020-03-31 22:54:38 · 11915 阅读 · 8 评论 -
cytoscape绘图互作网络图(二)
今天在这里我介绍一下如何让蛋白互作网络图更加美观上次介绍了如何善用node属性来美化网络图,本次介绍如何设置边的属性首先我们需要了解常用的边的属性有哪些根据这些属性就可以将线条附上特殊的含义,使图片更加美观更加会有人使用网络的属性,比如说:做一个简单的处理,比如网络的背景,网络的题目最近看到有些人在网络图中添加了一些另外的图片,那应该如何才能实现呢?,其实很简单,就学会添加注释...原创 2019-11-30 12:52:33 · 5704 阅读 · 1 评论 -
如何寻找蛋白和蛋白,基因和基因之间的相互作用---string
目前寻找蛋白和蛋白之间或者基因和基因之间是否存在相互作用,最简单的方法就是使用string在线网站去寻找,https://string-db.org/ 点击链接进去,根据自己的结果导入,就可以出现可以手动输入基因或者蛋白的名称,也可以上传文档,最后选择物种这样的图就是基本出来了,可以根据下面的选项进行调整想如果对出来的图片形式不满意,可以下载上图中的这个文件,然后作为互作关系表,...原创 2019-09-29 13:43:26 · 8363 阅读 · 0 评论 -
cytoscape绘制互作网络图(一)
目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的互作网络图,绘制这样的图是一件很难事情,下面我会分几次来分别讲述,如何绘制:一、基本互作图的绘制首先,需要一个绘制互作网络的软件,cytoscape,该软件是用Java来写的,在安装之前需要先安装Java,在这里我不详细去介绍,怎么下载并安装这个软件。其次,需要准备两个文件,第一个代表互作关系的表格,这个表格里面主要包含两列,如下表所示,很多人会问,如...原创 2019-09-29 11:12:19 · 18070 阅读 · 11 评论