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原创 yum 安装程序找不程序安装包，诸如类似 No package zlib-devel available 报错的解决

yum 安装程序找不程序安装包，诸如类似 No package zlib-devel available 报错的解决一、问题现象在root权限下安装zlib-devel包，# yum install -y zlib zlib-devel出现如下报错，Loaded plugins: langpacks, product-id, search-disabled-repos No package zlib-devel available. Nothing to do 表明yum找不到z

2021-03-25 10:32:31 6230 3

原创 miRanda安装、编译和环境变量配置

miRanda安装、编译和环境变量配置HOME=/home/Biochem，即服务器的根目录。一、下载工作路径：$HOME/software$ wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz二、安装$ tar zxvf miRanda-aug2010.tar.gz$ mv miRanda-3.3a miRanda$ ./configure --prefix=$HOME/software/miRanda–p

2021-03-21 22:36:33 3087 6

原创 TargetFinder安装和运行问题的解决

TargetFinder常用的基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件TargetFinder的依赖包：1、perl version5.8以上；2、fasta35。一、TargetFinder的安装$ git clone https://github.com/carringtonlab/TargetFinder需要翻墙，一般国内网不能正常访问github。二、运行TargetFinder出现第一错：Can't locate File/Which.pm in @INC 解决方法：(

2021-03-21 16:07:34 2078 1

原创 Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决

遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC，不能use Bio::SeqIO。尝试了各种方法来解决：一、用如下命令安装bioperl，结果显示不行。$ conda install -c bioconda perl-bioperl二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl，但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl，不能成功是意料之中。Bioperl的简单安装发表于 2013 年 11 月 18 日按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装

2021-03-20 09:32:49 12564 10

原创 samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared ......的解决方法

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 问题解决方法问题表现$ samtools faidx osa_genom.fasamtools: error while loading shared libraries:libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared ob

2021-03-18 22:46:12 2811

原创 RNA-Seq分析笔记（2）

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRR3589956提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考此命令只单独比对SRR3589956，若要运行

2020-11-11 16:30:09 788

原创 SRA文件下载地址批量生成

项目Value电脑$1600手机$12导管$1Column 1Column 2centered 文本居中right-aligned 文本居右

2020-11-11 16:18:34 637

原创 RNA-Seq分析笔记（1）--- 参考基因组准备和建立索引文件

系列文章目录提示：这里可以添加系列文章的所有文章的目录，目录需要自己手动添加例如：第一章 Python 机器学习入门之pandas的使用进入UCSC网站（[http://genome.ucsc.edu/]），Downloads>>Genome Data>>Human>>Feb. 2009 (GRCh37/hg19)>>full data set>>chromFa.tar.gz，右键复制链接地址如下：http://hgdownload.s

2020-11-09 10:44:09 9923 1

原创 tr命令简解

echo $PATH显示系统应用程序定义的路径。命令运行结果见下图，各个路径之间用 ‘n’ 分隔开来。 |tr ‘:’ ‘\n’ 中，|表示是管道符号，表示命令继续进行。 tr ‘:’ ‘\n’ 表示将echo $PATH调出的结果中的 ‘:’ 用回车符代替（也就是分行显示了）。代码示例如下：[Biochem@qcgate ~]$ echo $PATH/home/Biochem/program/anaconda2/bin:/home/Biochem/miniconda3/bin:/usr/lib64

2020-11-06 09:29:07 835

weixin_43960055的博客