RNA-seq
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wyh0908
这个作者很懒,什么都没留下…
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miRanda安装、编译和环境变量配置
miRanda安装、编译和环境变量配置HOME=/home/Biochem,即服务器的根目录。一、下载工作路径:$HOME/software$ wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz二、安装$ tar zxvf miRanda-aug2010.tar.gz$ mv miRanda-3.3a miRanda$ ./configure --prefix=$HOME/software/miRanda–p原创 2021-03-21 22:36:33 · 2907 阅读 · 6 评论 -
TargetFinder安装和运行问题的解决
TargetFinder常用的基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件TargetFinder的依赖包:1、perl version5.8以上;2、fasta35。一、TargetFinder的安装$ git clone https://github.com/carringtonlab/TargetFinder需要翻墙,一般国内网不能正常访问github。二、运行TargetFinder出现第一错:Can't locate File/Which.pm in @INC 解决方法:(原创 2021-03-21 16:07:34 · 1981 阅读 · 1 评论 -
Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决
遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC,不能use Bio::SeqIO。尝试了各种方法来解决:一、用如下命令安装bioperl,结果显示不行。$ conda install -c bioconda perl-bioperl二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl,但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl,不能成功是意料之中。Bioperl的简单安装发表于 2013 年 11 月 18 日按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装原创 2021-03-20 09:32:49 · 12075 阅读 · 10 评论 -
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared ......的解决方法
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 问题解决方法问题表现$ samtools faidx osa_genom.fasamtools: error while loading shared libraries:libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared ob原创 2021-03-18 22:46:12 · 2781 阅读 · 0 评论 -
RNA-Seq分析笔记(2)
提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、pandas是什么?二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRR3589956提示:这里可以添加本文要记录的大概内容:例如:随着人工智能的不断发展,机器学习这门技术也越来越重要,很多人都开启了学习机器学习,本文就介绍了机器学习的基础内容。提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考此命令只单独比对SRR3589956,若要运行原创 2020-11-11 16:30:09 · 752 阅读 · 0 评论 -
SRA文件下载地址批量生成
项目Value电脑$1600手机$12导管$1Column 1Column 2centered 文本居中right-aligned 文本居右原创 2020-11-11 16:18:34 · 596 阅读 · 0 评论 -
RNA-Seq分析笔记(1)--- 参考基因组准备和建立索引文件
系列文章目录提示:这里可以添加系列文章的所有文章的目录,目录需要自己手动添加例如:第一章 Python 机器学习入门之pandas的使用进入UCSC网站([http://genome.ucsc.edu/]),Downloads>>Genome Data>>Human>>Feb. 2009 (GRCh37/hg19)>>full data set>>chromFa.tar.gz,右键复制链接地址如下:http://hgdownload.s原创 2020-11-09 10:44:09 · 9647 阅读 · 1 评论