遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC,不能use Bio::SeqIO。极简解决依然是进行正确的@INC环境变量的设置
尝试了各种方法来解决:
一、
用如下命令安装bioperl,没有自动配置好路径,软件依然显示不能运行。
$ conda install -c bioconda perl-bioperl
二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl,但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl,不能成功。
Bioperl的简单安装
发表于 2013 年 11 月 18 日
按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上,或者是安装上了,但不能用,上面介绍的几种方法都试了,全不行,后面自己想了个办法,就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装,简单适应,如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。
0、用root用户登录,不然可能由于权限问题,安装不上去。
1、确定cpan能用。
perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
2、升级cpan,保证安装的模块是最新的。
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换,计算序列长度,blast信息提取等)