Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决

在Linux环境下遇到Can't locate Bio/SeqIO.pm错误时,问题通常出在@INC环境变量未正确设置。通过尝试使用cpan安装bioperl并手动配置@INC,确保包含Bio/文件夹。通过修改.bashrc文件永久添加环境变量,可以一劳永逸地解决此类问题。

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遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC,不能use Bio::SeqIO。极简解决依然是进行正确的@INC环境变量的设置

尝试了各种方法来解决:
一、
用如下命令安装bioperl,没有自动配置好路径,软件依然显示不能运行。

$ conda install -c bioconda perl-bioperl

二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl,但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl,不能成功。

Bioperl的简单安装
发表于 2013 年 11 月 18 日

按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上,或者是安装上了,但不能用,上面介绍的几种方法都试了,全不行,后面自己想了个办法,就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装,简单适应,如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。

0、用root用户登录,不然可能由于权限问题,安装不上去。

1、确定cpan能用。

perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN

2、升级cpan,保证安装的模块是最新的。

cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换,计算序列长度,blast信息提取等)

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