RNA-Seq分析笔记（1）--- 参考基因组准备和建立索引文件

最新推荐文章于 2024-07-26 18:06:49 发布

wyh0908

最新推荐文章于 2024-07-26 18:06:49 发布

阅读量9.9k

点赞数 5

分类专栏： RNA-seq 文章标签： linux flink

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43960055/article/details/109553673

版权

这篇笔记详细记录了RNA-Seq分析中参考基因组的下载与准备，以及使用HISAT2建立索引的过程。首先从UCSC网站下载人类基因组（GRCh37/hg19）的染色体FASTA文件，通过Linux命令合并成hg19.fa。接着，使用HISAT2命令创建索引，耗时25小时。另外，也提到可以从HISAT2官网直接下载预构建的索引文件，以节省时间和资源。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 参考基因组下载和准备

进入UCSC网站（http://genome.ucsc.edu/），Downloads >> Genome Data >> Human >> Feb. 2009 (GRCh37/hg19) >> Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc) >> chromFa.tar.gz，右键复制链接地址如下：
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
在这里插入图片描述
可以在windows里用下载工具快速下载，传送到服务器上，使用下面命令解压缩。

tar xvzf chromFa.tar.gz

解压出来的新文件都是同一类型：chr*.fa。

chr1.fa chr5.fa chrUn_gl000223.fa
chr10.fa chr6.fa chrUn_gl000224.fa
chr11.fa chr6_apd_hap1.fa chrUn_gl000225.fa
chr11_gl000202_random.fa chr6_cox_hap2.fa chrUn_gl000226.fa
chr12.fa chr6_dbb_hap3.fa chrUn_gl000227.fa
chr13.fa chr6_mann_hap4.fa chrUn_gl000228.fa
chr14.fa chr6_mcf_hap5.fa chrUn_gl000229.fa
chr15.fa chr6_qbl_hap6.fa chrUn_gl000230.fa
chr16.fa chr6_ssto_hap7.fa chrUn_gl000231.fa
chr17.fa chr7.fa chrUn_gl000232.fa
chr17_ctg5_hap1.fa chr7_gl000195_random.fa chrUn_gl000233.fa
chr17_gl000203_ran