SRA文件下载地址批量生成

最新推荐文章于 2024-07-06 13:19:36 发布
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分类专栏： RNA-seq linux 文章标签： 字符串 大数据
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43960055/article/details/109500783
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本文档介绍了如何从website.txt文件中读取SRR号，并利用这些编号批量生成SRA文件的FTP下载地址，存储到web.txt文件中。通过这种方法，可以在Linux环境下进行批量下载，或者在Windows中使用下载工具进行批量下载操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

工作目录：/Users/wyihua/Desktop
操作文件：website.txt，内容如下。这个文件中具有SRR号，其生成的方法见《RNA-Seq分析笔记（2）》

localhost:Desktop wyihua$ cat website.txt
SRR3589956
SRR3589957
SRR3589958

下面命令是按website的内容，生成生成一系列的有规律性“下载地址”（实际是字符串），并存到web.txt。

true > web.txt; cat /Users/wyihua/Desktop/website.txt| while
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SRA数据下载方法总结
weixin_44065382的博客
09-21 8431
SRA数据常用的下载方法 研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网 已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。 言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki
sra-download:使用sra-toolkit批量下载已发布的数据
03-05
sra下载 使用sra-toolkit批量下载已发布的数据 将所有登录号添加到SRaAccList.txt 相应地在sample_list.txt中定义样品名称 运行sra-download.sh
<二代测序> 批量下载 NCBI sra 文件
立身以力学为先，力学以读书为本。 —郑耕老《劝学》
10-30 1228
本文最近更新地址：  http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文  http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222  介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考
提高SraToolKit批量下载速度的方法
最新发布
SS_G_SS的博客
07-06 346
脚本编写：主要使用ChatGPT编写了应用代码1.从源文件中读取需要的sra地址，并且记录到SRR_list.txt中2.使用GPT写linux中的shell脚本，一开始有很多错误，应该是某些看不到的格式问题，所以让GPT帮忙做了sra地址前后的空白符去除，并对下载失败的sra地址进行记录，haizu最终产生了以下的脚本。
prefetch批量下载SRA数据
dstyaaaa123456的博客
05-24 395
prefetch批量下载数据
下载 NCBI sra 文件
wangprince2017
11-27 374
随着测序技术的不断提高，二代测序数据成指数增长。 NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。包括以下命令： 官方文档：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc ...
NCBI-SRA数据下载
wangprince2017
11-25 2005
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA　Tookit下载 SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件...
NCBI下载原始测序数据及SRA格式转换为fasta
m0_55807085的博客
03-29 5133
NCBI下载原始测序数据 在ncbi里面的SRRXXXX下面找到data access 下载之后是SRA格式，是二进制文件，这时候就要用到SRAToolKIT ~/sratoolkit/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728 #生成两个fastq文件（--split-files），其中包含“ .1”和“ .2”读取对（-I），用于配对端数据 3.这时候得到的是fastq格式的数据，再用工具转换成fasta格式的文件 1 linux下直接： sed -n '
window 下载 SRA Toolkit 安装使用以及格式转化
薛定谔的 zx_zhang的博客
09-10 1万+
SRA下载及安装 1、简介 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： Studies-- 研究课题 Experiments-- 实验设计 Runs-- 测序结果集 Samples-- 样品信息 SRA中数据结构的层次关系
文献RNA-seq复现第2期——sra数据转换、参考基因组及注释信息的准备
qq_53971833的博客
08-25 2537
sra数据转换、参考基因组及注释信息的准备
批量url链接生成工具
07-03
外链是SEO环节中最重要的一部分，通过本工具可以快速的批量生成的链接！
SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
热门推荐
yearstime的博客
03-24 3万+
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
生信搬运工-02-sra文件的下载
weixin_42149446的博客
09-12 1393
服务器下载sra文件
从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据
鬼话
03-20 5329
事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
文件如何变成下载链接？
llh973168的博客
11-03 1473
文件如何变成下载链接？有时候工作需要，要把一些文档（比如Word，Excel，PPT，PDF等）转成下载链接，作为公众号文章的附件，给粉丝们下载。把文件转成下载链接，有几种方式：1. 把文件上传到网盘2.把文件转成小程序链接3.把文件转成二维码网盘的方式估计大伙儿都很熟悉了，但用在公众号还是有点麻烦的，毕竟用户下载起来步骤颇多，过程麻烦，如有兴趣可自行体验一遍。把文件转成小程序链接，适合放在公众号文章，公众号关键词回复和自定义菜单中。
文件如何生成下载链接？
u014507743的博客
01-09 8028
做自媒体这些年，时常需要通过文章分享一些文档给读者下载使用，在文章中分享文档（如Word、Excel、PPT、PDF等），难免需要把文件生成链接放在文章中分享给粉丝。做过自媒体的同学都知道，目前主流的自媒体平台，基本上都不允许在文章中直接添加外链，只能把文件链接通过文本或者二维码的方式分享。如果是公众号文章，可以通过附件小程序链接分享。下面分别介绍一下如何把文件生成和。
Windows环境下配置与使用NCBI SRA工具指南
首先，你需要访问SRA工具包的下载地址：`https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software`，在这里选择适用于Windows系统的版本进行下载。下载完成后，将文件解压缩到一个便于访问的位置，例如`F:...
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