ATAC测序到底用什么peak文件做Diffbind差异分析？

🏆本文收录于《全栈Bug调优(实战版)》专栏，主要记录项目实战过程中所遇到的Bug或因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家关注&&收藏&&订阅！持续更新中，up！up！up！！

🍲问题描述

我用macs2对ATAC测序数据进行callpeak，获得的narrowPeak初始文件之后，又利用IDR(Irreproducible Discovery Rate)软件生成了每个样本replicates之间的high reproducible overlap peak。那么，后续再怎么用生成的idr narrowpeak文件进行进一步的差异分析？我用Diffbind的R包做差异分析，它要求先将数据以sample_sh