Ubuntu安装Lammps并行及NEP势函数连接

最新推荐文章于 2024-05-22 15:39:01 发布
最新推荐文章于 2024-05-22 15:39:01 发布
阅读量404 收藏
点赞数
文章标签： ubuntu linux 运维
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62336829/article/details/131227572
版权
文章介绍了在Ubuntu环境下使用CMake安装LAMMPS的简化过程，以及遇到编译错误时的两种解决方案。强调了在添加NEP势函数接口前需先安装相关包，避免Makefile出错，同时提示不要在安装过程中包含GPU包以防止问题发生。
摘要由CSDN通过智能技术生成

首先安装参考这两位的：(139条消息) #LAMMPS安装 （嵌入NEP势函数接口）_天阶_的博客-CSDN博客

(139条消息) ubuntu-lammps-cmake安装（更加简便）_ubuntu安装lammps_！小白菜！y的博客-CSDN博客

这里讲一下报错:

1、编译时候经常ERRO：办法一:make clearn-all,然后rm -rf Obj_*；办法二：重装，直接make clearn-all,然后rm -rf Obj_*，再-sudo rm -r 文件名。接着注意装包的时候别装GPU包，经常Makefile出错。

2、连接nep势函数时，记住先安包，再编译lammps。

。

ubuntu-lammps-cmake安装（更加简便）
qq_45834835的博客
09-13 1125
ubuntu-lammps-cmake安装（更加简便）
基于GPUMD的NEP机器学习势函数—二氧化硅融化
Rockyoung
12-03 2205
势函数作为分子动力学模拟中最终要的输入之一，其准确性很大程度上决定了模拟结果的可靠性，传统经验势无法很好地描述所有现象，而能进行准确预测的基于第一性原理计算的分子动力学计算量非常大，无法进行大体系长时间的计算。因此最近兴起的机器学习势函数正是解决这一问题的有效工具，它可以通过对第一性原理的计算结果进行学习，通过这个方法得到的势函数具有接近第一性原理的计算精度。这里介绍一种基于GPUMD的NEP机器学习方法。
#LAMMPS安装 （嵌入NEP势函数接口）
hg695139851的博客
02-26 1509
LAMMPS安装&机器学习NEP势函数接口
Ubuntu 22.04安装LAMMPS（CMAKE方式）
passsive的博客
07-03 3562
（我是利用filezila传回Windows进行可视化的，ubuntu安装ovito缺qt插件）。注意：lammps默认安装3个依赖包，MANYBODY，KSPACE，MOLECULE（但是我没有。对着网上教程在ubuntu上安装lammps总是有很多问题，看了好多资料终于成功安装了，在这里留个教程，避免大家和我一样花大量时间找解决办法。注：vim界面按 i 是编辑模式，可以插入。注：原命令应该是博主这样，太难输了，所以我先配置了bashrc文件。LAMMPS安装完成，我们成功一半了，接下来安装依赖包，
Ubuntu下lammps安装
lixin15035981641的博客
10-25 761
自己在虚拟机安装Ubuntu下的lammps
ubuntu下lammps的安装
xukang95的博客
04-18 1万+
文章目录---------ubuntu下lammps的安装---------1、前提条件2、安装lammps3、配置环境 ---------ubuntu下lammps的安装--------- 1、前提条件 笔者所用操作系统为Ubuntu18.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。 sudo apt-get install gcc sudo...
在ubuntu系统上安装lammps与QUIP插件
weixin_44126081的博客
11-05 1980
在ubuntu系统上安装lammps与QUIP插件 从0到1的安装
2023在Ubuntu上安装并行版LAMMPS（详细）
weixin_44458745的博客
05-16 3467
之后在/home 下新建文件夹 bin，把生成的 lmp_mpi 拷贝到 bin 文件夹下，打开命令行。注意，制作的时候 ubuntu 的 iso 文件不能在 U 盘内。2023 年 5 月份最新版本安装方法指南。准备三个安装包：（下载当前最新版。最后装 lammps。
lammps教程：EAM势函数设置详解
lammps_jiayou的博客
02-21 1万+
上期介绍了LJ势函数参数写法，本期主要介绍金属体系势函数的设置。 金属原子之间没有键连接，因此，在lammps模拟中，金属体系的势函数类型为pair_style，而不是bond_style。 模拟金属体系时，可以用LJ势描述金属原子之间的受力，不过更精确的是嵌入原子势（EAM），eam势函数公式为： eam势由两部分组成，在原子对势（pair）的基础上添加了电子云密度相关项，比单纯的对势精确度更高。 eam势函数写在一个以“.eam”为后缀的文件中，lammps自带的势函数包含一部分eam势文件，也可以到
linux下的lammps安装编译教程,科学网—Ubuntu下LAMMPS的并行安装教程（最新版） - 田文得的博文...
weixin_28907247的博客
05-01 1826
Ubuntu下LAMMPS的并行安装步骤最近一直有些新人咨询如何在 Ubuntu下安装并行版的LAMMPS。尽管本人不推荐用ubuntu桌面版做并行计算(server版不错)， 但还是想写一个帖子来回答这个问题。网络上有很多教程教大家安装，但大多有点老旧了，跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版，但完全不推荐；因为LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安装上。全安装上...
linux下Lammps 成功并行安装教程 高清.pdf版
08-30
本人亲自做的教程，亲测了好几次，每次都成功！注意： 本教程要在 root 用户下安装
Ubuntu安装并行Lammps
热门推荐
快乐学术猿
04-11 1万+
安装所需包 sudo su #开启管理员模式，输入密码后继续 apt-get install gcc #安装gcc apt-get install g++ #安装g++ apt-get install gfortran #安装gfortran apt-get install make #安装make 下载所需文件 在home目录下打开终端： #新建lammp...
lammps 在Ubuntu 16.04LTS服务器并行安装—— ATC 扩展包的安装
hdpai2018的博客
07-21 702
本文来源：“分子动力学”公众号 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/box3_u5LpB9GtQlevt1DDQ 假装所有的依赖包都没有安装，那么在root权限下输入下面的命令：apt-get install gccapt-get install g++apt-get install mpi-default-apt-get install libfftw3apt-get install gfortran即可把这些包都安装好。 解压缩 lammps源程序： tar -xvf lam
windows下Ubuntu子系统安装lammps
最新发布
weixin_45192240的博客
05-22 1328
/configure --prefix=/home/yl/fftw #注意把文件夹名字改成你自己的文件夹。3、在mpich解压文件夹下输入：make＋make install 进行编译。5、which mpirun 核对mpirun路径是否正确，环境变量是否生效。4、给mpirun添加环境变量 vim ~/.bashrc。make（tip：make -j 核心数 可多cpu并行编译）（把路径添加到path前面，在赋值给path）一、系统设置开启开发者模式。在当前shell中键入。
7. 全网最简单Lammps(Ubuntu)安装教程（你还在为安装Lammps而花钱吗？）
m0_46352610的博客
04-29 2912
继续咱的ReaxFF MD之旅，工欲善其事，必先利其器，今天手把手教会Ubuntu安装Lammps，包括ReaxFF库。
ubuntu22.04 安装lammps：lammps安装、功能包安装、GPU加速、将lmp添加到环境变量中
csu_lijunjie的博客
11-15 2413
此次安装使用make安装，虽然官网手册上面推荐使用cmake安装，说camke安装有很多好处，但是我自己的实践来看camke很容易报错，先后两次使用cmake安装也都失败了，所以还是选择了使用传统的make安装方式。
lammps下载 Ubuntu 安装
Rockyoung
04-21 4597
其实一直用的Mac，电脑太久了，要退役了。现在尝试在自己window上跑吧。提供一种在Ubuntu上安装的方法，供大家参考。 Step 1 下载winscp，然后把安装包传到虚拟机上。可能由于接口没有打开，有时候连接不上，更新一下。 ifconfig 显示你的ip，很多情况是没有ssh，sudo apt-get install openssh-server，然后再打开 service ssh st...
Ubuntu22.04+lammps+CUDA11.7+FFTW3.3.10+GPU
qq_46311390的博客
08-25 2035
Ubuntu下带有GPU加速的lammps安装
LAMMPS计算二阶力矩阵与声子谱
hg695139851的博客
02-27 1642
#LAMMPS计算二阶力矩阵与声子谱。
ubuntu下lammps的并行安装
06-28
### 回答1： 在Ubuntu下安装LAMMPS并行版本，需要先安装MPI库，如OpenMPI或MPICH。然后下载LAMMPS源代码，解压后进入src目录，执行make mpi -j4命令进行编译。其中，-j4表示使用4个线程进行编译，可以根据实际情况进行调整。编译完成后，可以在src目录下找到lmp_mpi可执行文件，即为LAMMPS并行版本。 ### 回答2： 在Ubuntu系统下，对于LAMMPS的并行安装需要进行以下步骤： 1. 安装编译器和MPI库 LAMMPS需要MPI库支持进行并行计算，因此需要先安装编译器和MPI库。我们可以使用apt-get命令进行安装： sudo apt-get install g++ libopenmpi-dev 2. 下载LAMMPS 可以通过LAMMPS官网下载最新版本的LAMMPS源码包，也可以使用git命令下载： git clone https://github.com/lammps/lammps.git 3. 编译并行版本的LAMMPS 进入LAMMPS源码目录，执行make命令编译并行版本的LAMMPS： cd lammps/src make mpi 编译成功后，将会在LAMMPS源码目录下生成一个lmp_mpi可执行文件。这个可执行文件就是并行版本的LAMMPS。 4. 运行并行版本的LAMMPS 在命令行中运行并行版本的LAMMPS，需要使用mpiexec命令，指定使用的进程数和运行LAMMPS的命令： mpiexec -n 4 ./lmp_mpi -in input_file.in 以上命令中，-n 4表示使用4个进程，./lmp_mpi是并行版本的LAMMPS可执行文件，-in input_file.in表示运行的输入文件。 通过以上步骤，就可以在Ubuntu系统下成功进行LAMMPS的并行安装，并进行应用。需要注意的是，LAMMPS的并行计算需要有足够的CPU核心和内存支持，否则可能会出现运行失败的情况。 ### 回答3： LAMMPS是一种用于分子动力学模拟的开源程序，在Ubuntu系统下进行安装需要考虑到其并行化的特性。下面将为大家详细讲述如何在Ubuntu下安装LAMMPS并实现并行化。 1. 环境准备 在开始安装LAMMPS之前，需要先配置好相应的环境。需要确保Ubuntu系统中安装的是MPI并行库(如MPICH，OpenMPI等)。 2. 下载LAMMPS 从LAMMPS官网下载最新版的源代码并解压缩。在终端中进入解压后的文件夹中。 3. 编译 在终端中输入以下命令进行编译： make mpi 在编译过程中，需要先检查一下是否已经安装了必备的编译软件。如果没有安装则需要先进行安装。比如，如果提示没有安装g++，则需要使用以下命令安装： sudo apt-get install g++ 如果在编译过程中出现错误，则需要根据错误信息进行相应的处理。 4. 并行化 LAMMPS支持许多不同的并行化方式，包括MPI并行化方式。在Ubuntu系统中，使用MPI并行库可以实现LAMMPS的并行化。 在终端中输入以下命令以使用4个进程进行并行计算： mpiexec -n 4 lmp_mpi -in input_file.in 其中，input_file.in为输入文件名，可以根据需要进行修改。使用具体的进程数进行计算时，需要调整-n后的数字。 5. 测试 在执行并行化计算之前，需要进行一些测试以确保正确性。可以使用其自带的测试文件进行测试。 在终端中输入以下命令以运行测试： make test 在测试过程中出现错误时，需要根据错误信息进行相应的处理。 以上就是在Ubuntu系统下使用MPI并行化安装LAMMPS的详细过程。需要注意的是，不同的操作系统下安装方式可能会有所不同，具体可以参考相应的安装说明。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值