本文介绍了RNA-seq技术的基本流程，分析了基于比对到基因的reads数量衡量基因表达量的问题，并引入了FPKM概念，以解决长度差异带来的偏差。此外，还提及了Cuffdiff在差异表达分析中的应用。
RNA-seq
RNA-seq即转录组测序技术，是将细胞内mRNA，nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术，RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。
RNA-seq的主要步骤如下：分离RNA——将RNA打断成小片段——RNA反转录为DNA，此后测序手段同DNA测序。
更详细步骤可参考：
https://www.jianshu.com/p/d09e624efcab
前文提到RNA-seq的主要目的是得到RNA对应基因的表达丰度，为实现此目标需要将测序得到reads比对到基因组上，简单来说，比对到某基因的reads数量大，即说明该基因转录出的RNA数量高，即表达量可用以下公式衡量
g e n e _ e x p r e s s i o n = E x o n M a p p e d R e a d s T o t a l M a p p e d R e a d s (1) gene\_expression = \frac{ExonMappedReads}{TotalMappedReads} \tag{1} ge
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