诺禾致源学习笔记

1.linux命令

1.1 linux的权限

权限：

权限	意义	分数权制
w	写	4
r	读	2
x	执行	1

eg： 7=4+2+1 #代表w+r+x权限

1.2 帮助文件

man（详细讲解）和–help（使用语法简介）

1.3 目录操作

ls -r 	#反序排列
ls -sh 	# 显示目录文件大小
ls -d a* 	#查看以a开头的目录或文件

cd ~ 	#切换到当前用户目录
cd - 	#切换到上一次进入目录

mkdir 	#创建空目录
mkdir -p 	#创建多级目录
rmdir -p 	#删除空目录
touch 	#创建文件
rm -r 	#删除目录及目录下文件

1.4 文件操作

cp 	#复制文件
cp -r 	#复制目录及目录中的文件
mv 	#移动/重命名 文件/目录:如果输入目录和输出目录一样则是改名字。

1.5 文件编辑

1.5.1 VI编辑器

• 底行模式
  set nu:列出行号
  / charactor:查找字符
  wq:写入并退出
  q1:强制退出，不会保存修改

cat  	#查看文件内容，一次性输出
cat 1.txt > 2.txt 	#1.txt 文件内容取代2.txt文件
cat 1.txt >> 2.txt 	# 1.txt 文件插入2.txt文件末尾

1.5.2 less/more

less / more  	#分页查看文件内容
less -m  	#显示百分比
less -N  	#显示行号
/charactor  #查看模式下，向下查找字符。向上是 ？character
b  #查看模式下下一页，下半页是d
less -mN

1.5.3 wc/head

head / tail  #查看文件的头部/ 尾部
wc  # 显示文件行数、字数
wc -l <file>	#输出文件行数
wc  -c <file>	#输出文件字节数
wc -w <file>	#输出文件字节数
wc -L <file>	#输出文件最长的一行
ls |wc -l 	#文件下有多少文件和目录

1.5.4 grep

grep <str>	#文件查找，并输出匹配行
grep -c <str>	#输出有几行匹配上了
grep -i <str>	#不区分大小写
grep -n <str>	#显示匹配行及其行数
grep -v <str>	#不显示匹配行
grep --color	#检索词加颜色，可以和-i -n 等一起用
grep -n --color "the" 2.txt	#结果如下

grep "t[ea]st" 2.txt	#匹配test 或者tast
grep ^or$	#匹配行首或者行尾
grep [^a]n	#匹配除an外含有n的行
grep ^[TI]  #匹配以T或者I开头的行
grep ^[^a-zA-Z]	#不匹配字母开始的行

1.5.5 sort

sort -n	#依据数值大小排序
sort -0 <file>	#排序结果存入制定文件
sort -r	#反序排列
sort -k	#以哪个区间排列
sort -c	#检查文件是否按照序列排序
cat file1 file2 | sort | uniq > file3	#两文件并集
cat file1 file2 | sort | uniq -d > file3	#两文件交集
cat file1 file2 | sort | uniq -u > file3	#删除交集，留下各自补集

1.5.6 sed

sed -n	#列出经过sed处理过的一行
sed -e	#直接在命令行模式进行sed动作编辑
sed -i	#直接对原文编辑
sed [参数] 'comand' 输入源文本  
sed -n '1~2 p' a.txt	#a.txt第一行起始，2行为步长输出到屏幕（P）。奇数行。
sed -n '1,+2 p' a.txt	#a.txt第一行起始，起始行后的连续+2行。即前三行。
sed -n '/primary_transcript/,+4 p' genome.gff	#包含 primary_transcript 字符文本的一行及其后4行。
sed '1,3 s/e/E/g' a.txt	#对1-3行进行e到E的替换
sed -e '1~2 d' a.txt	#删除奇数行
sed -e '1,/^chr3/ d' a.txt	#定位：从1行开始到以chr3开头到行。操作：删除
sed '^$ d' a.txt	#定位：空白行。操作：删除
sed '2 a AT3GGO5780	GO:0000167' a.txt	#定位：第二行。操作：在第二行后追加一行。（在第二行之前是i）

1.5.6.1 sed的定位

• sed 第一行表示：1
• 最后一行表示：$
• 正则匹配：/REGEXP/
• 步长处理：first~step
• 选择选定行和后面几行：addr,+N

1.5.6.2 sed的正则表达

1.5.6.3 sed的操作命令**

• a 在当前后添加一行
• i 在当前行前添加一行
• d 删除行
• g 取缓存空间覆盖原有内容
• p 打印行
• ！ 对选择之外对行执行sed
• s 字符串替换

1.5.7 cut

cut -c 2-4 2.txt	#2.txt文件每行第2-4共三个字符截取
cut -d '-' -f 2 2.txt	#2.txt文件以“-”为分割制表，每行第二列输出.-d '<charactor>'是指定分割符。默认是tab键

在linux的shell中“tab”键表达方式是control+V+I

1.5.8 文件操作-正则表达

• 行首定位符：^：ls | grep "^Green"；grep "^RBM4" 2.txt
• 行为定位符：$：ls | grep "1$"
• 限定符：
  *：前面字符出现0次或多次。>=0
  +：前面字符出现1次或多次。>=1
  ?：前面字符出现0次或一次。=0 OR =1
• 字符集：
  [ ]：任意一个字符，数字和字母之间可用-连接表示范围。[abc]；[0-9]；[a-z]；[a-zA-Z]。(a | b | c) = [abc]。
  [^ ]: 字符非匹配。[^abc]不匹配a|b|c任意一个。

正则表达练习网站：https://regexr.com/

━┉┉┉┉∞┉┉┉┉━━┉┉┉┉∞┉┉┉┉━━┉┉┉┉∞┉┉┉┉━━┉┉┉┉∞┉┉┉┉━━┉┉┉┉∞┉┉┉┉━
●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●∞ ∞●

2. 测序结果的比对定量

2.1 比对原理的介绍

2.1.1 BWT算法学习

需要进一步深入学习

2.1.2 hisat2软件优势

速度比较快，准确率高。

2.2 bowtie2和hisat2的使用

2.2.1索引构建

hisat2-build Escherichia_coli.fa ./Escherichia_coli
#hisat2对大肠杆菌基因组进行索引构建

<