TCGA数据库的基因表达情况分析

最新推荐文章于 2024-05-29 10:37:09 发布
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分类专栏： 生信笔记 文章标签： 生信笔记 TCGA数据库 表达水平
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版权

TCGA数据库的基因表达情况分析

数据内容

TCGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下：
在这里插入图片描述

  • A：样品
  • B：表达水平
  • C：样品类型（正常组织和癌组织）
  • D：数据源

乳腺癌的基因表达情况

以乳腺癌为例：

  1. 筛选出TCGA的乳腺癌表达情况
  2. 在PISM软件中新建柱形图图表
  3. 列标题设置为primary（癌组织）和normal（正常组）
  4. 分别复制两组的表达水平
    在这里插入图片描述
  5. 生成图表，进行T检验
  6. 表格休整
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super_qun
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表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性 ecm matrisome与gpx3
生信小博士的博客
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1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA。这时候，我们能推断PDCD1这个基因主要参与T细胞激活，细胞因子受体活性调剂等功能，大致跟她本身的功能是一致的。既然确定了相关性是正确的，那么我们用我们筛选的基因进行富集分析就可以反推这个基因的功能。这里因为是计算的所有GO分析的三个分类，所以可以合并作图。
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