TCGA数据库的基因表达情况分析

最新推荐文章于 2024-05-29 10:37:09 发布
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分类专栏： 生信笔记 文章标签： 生信笔记 TCGA数据库 表达水平
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版权

TCGA数据库的基因表达情况分析

数据内容

TCGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下：
在这里插入图片描述

  • A：样品
  • B：表达水平
  • C：样品类型（正常组织和癌组织）
  • D：数据源

乳腺癌的基因表达情况

以乳腺癌为例：

  1. 筛选出TCGA的乳腺癌表达情况
  2. 在PISM软件中新建柱形图图表
  3. 列标题设置为primary（癌组织）和normal（正常组）
  4. 分别复制两组的表达水平
    在这里插入图片描述
  5. 生成图表，进行T检验
  6. 表格休整
    在这里插入图片描述

水平有限。如有补充、错误、建议恳请留言！欢迎交流，留言必回。

2019/1/11

super_qun
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表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性 ecm matrisome与gpx3
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