该博客介绍了使用SnakeMake实现GATK肿瘤基因变异最佳实践的工作流程，包括样本输入、参考基因组、预处理、质量控制、变异调用、注释等步骤，并提供了流程图和输出结果的详细概述。
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代码地址
https://jihulab.com/BioQuest/smkhss
https://github.com/BioQuestX/smkhss
GATK best practices workflow Pipeline summary
SnakeMake workflow for Human Somatic short variants (SNP+INDEL)
Expected fastq inputs
Matched normal and tumor samples.
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