转录组实战01: 从数据下载到定量fastp+STAR

探因科技

已于 2023-02-11 16:07:08 修改

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文章标签：程序人生

于 2023-02-11 15:58:45 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44493991/article/details/128984807

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这篇博客介绍了转录组分析的实战步骤，包括建立工作目录、环境准备、文件准备、STAR索引构建、原始数据下载及质控。在质控阶段，使用fastp进行数据过滤，随后通过STAR进行数据比对和定量。文章提供了相关软件和资源链接。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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01.建立工作目录

cd ~
mkdir -p Project/Human_16_Asthma_Bulk
cd Project/Human_16_Asthma_Bulk

# 建立数据存放目录 data
mkdir -p data/rawdata  data/cleandata/fastp

# 建立STAR目录
mkdir STAR

02. 环境准备

micromamba create -n RNA
micromamba activate RNA 
micromamba install -y -c hcc aspera-cli
micromamba install -y -c bioconda fastqc multiqc fastp samtools star

03.准备文件

https://www.gencodegenes.org/human/

mkdir -p ~/DataHub/Genomics/GENCODE/release_42
cd ~/DataHub/Genomics/GENCODE/release_42

# 下载参考基因组及注释文件
#>>>downGENCODE.sh
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_42/gencode.v42.annotation.gtf.gz
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_42/GRCh38.p13.genome.fa.gz

mv gencode.v42.annotation.gtf.gz HS.gencode.v42.annotation.gtf.gz
mv GRCh38.p13.genome.fa.gz HS.GRCh38.p13.genome.fa.gz

gzip -kd HS.gencode.v42.annotation.gtf.gz
gzip -kd HS.GRCh38.p13.genome.fa.gz
#<<<downGENCODE.sh

nohup zsh downGENCODE.sh &> downGENCODE.sh.log &

04.建立索引

构建star的索引

mkdir -p ~/DataHub/Genomics/star_index/human
cd ~/DataHub/Genomics/star_index/human
n_jobs=12
#>>>star_index.sh>>>
STAR \
--runMode genomeGenerate \
--genomeDir ~/DataHub/Genomics/star_index/human \
--genomeFastaFiles ~/DataHub/Genomics/GENCODE/release_42/HS.GRCh38.p13.genome.fa \
--sjdbOverhang 100 \
--sjdbGTFfile ~/DataHub/Genomics/GENCODE/release_42/HS.gencode.v42.annotation.gtf \
--runThreadN ${n_jobs} 
#<<<star_index.sh<<<

nohup sh star_index.sh &> star_index.sh.log &