AUGUSTUS安装基因训练、预测软件

最新推荐文章于 2023-10-31 16:06:26 发布

alnx37271

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原文链接：http://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3508259.html

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本文介绍了AUGUSTUS基因预测软件的安装步骤和使用方法，包括基因预测实例和软件参数详细说明。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Augustus的安装和使用参数

AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences.

1. Augustus的安装

Augustus下载：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/

$ wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.2.7.tar.gz  
$ tar zxf augustus.2.7.tar.gz  
$ cd augustus.2.7  
$ cd src  
$ make -j 8  
$ export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=$PWD/../config/ (可以加入到.bashrc中）

2. Augustus使用方法

2.1 基因预测例子

$ augustus --strand=both --genemode=partial --singlestrand=false --hintsfile=hints.gff --extrinsicCfgFile=extrinsic.cfg --protein=

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Augustus安装

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De Nova基因注释软件Augustus安装

基因预测软件-Augustus安装过程

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基于基因组序列开展蛋白编码基因的预测 augustus

little^raccoon

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615

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(9)Augustus模型训练

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每进行一个参数的优化时：将 training.gb.train.test 文件中 800 个基因随机分成 16 等份，取其中 15 等份和 training.gb.onlytrain 中的基因模型一起进行 training，剩下的 1 等份用于精确行评估要对每个等份都进行一次精确性评估；优化的每个参数会分别 3~4 个值，每个值得到一个 training 的精确值，对参数的多个设定值进行比较，找到最佳的值。#利用本地notepad++，保存要去除蛋白的名称，就像上面的那个lst一样，然后上传服务器。

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Augustus是一个基因预测工具，基于HMM和Bayes，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。Augustus: gene predictionhttp://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/Augustus部署较为繁琐，以下为部署经验： 1、下载源码包并解压 #下载源码包 wget bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4

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要安装AUGUSTUS，可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先，下载AUGUSTUS的安装包并解压缩。可以使用以下命令获取安装包并解压缩: ``` wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gz tar xzvf augustus-3.3.1.tar.gz ``` 2. 进入解压缩后的目录: ``` cd augustus-3.3.1/ ``` 3. 使用make命令编译AUGUSTUS: ``` make ``` 4. 安装AUGUSTUS: ``` make install ``` 需要注意的是，AUGUSTUS的安装过程比较繁琐，还依赖于其他一些库文件和软件。可以参考相关引用和引用中提供的步骤来安装这些依赖项。请确保在安装AUGUSTUS之前已经安装好了这些依赖项。123 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇](https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079188)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]