生物信息学基础知识（二）

最新推荐文章于 2024-07-31 14:30:10 发布
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版权

序列比对

一、序列比对及计分矩阵

1、全局比对

针对全长序列进行比对

2、局部比对

得到序列比对中得分最高的片段##

常用比对软件

bwa

blast系列

hisat2

bowtie2

minimap2

diamond

系统发生树构建

一、基于SNP

1、距离矩阵法

（1）UPGMA法

（2）邻接法

（3）最小进化法

2、最大似然法

3、最大简约法

4、贝叶斯法

二、基于字符串

1、基因组组分矢量法

常见组学

基因组

转录组

表观组

蛋白质组

代谢组

单细胞组

免疫组

微生物组

#生物信息 

jkl_bio
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2020.12.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 全局与局部算法）
12-13 1937
全局序列比对：Needleman-Wunsch算法 该算法的结果是最优化的，但并不是所有可能的比对情况都需要被评估。执行一个穷尽的双序列比对算法需要太多计算资源 算法三步骤 step1：设置一个矩阵 在二维矩阵中比较两条序列 X,Y轴分别为第一条，第二条序列 两条一致的序列的最佳比对可简单地用从左上角到右下角的对角线表示 错配仍然在对角线上，但评分会变低 空位在这个矩阵中用水平或垂直路径表示 step2：给矩阵打分 创建打分矩阵
【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）
weixin_42262519的博客
11-08 8352
Bioinformatics is an study field that develops computational methods and software tool for understanding biological and medical data. 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量
（六）R语言生物序列比对——Needleman-Wunsch全局比对算法
EricFrenzy的博客
08-15 4225
目录实现原理与代码全部代码结束语 实现原理与代码 生物序列全局比对的主要目的是发现两个序列之间的相似度，从而估测二者的进化联系或相似功能。Needleman-Wunsch全局比对算法用到了动态规划(Dynamic Programming)的原理。它的主要工作流程见下图： 在介绍具体算法前，我们先要定义一个得分矩阵。得分矩阵的目的是告诉程序某两个碱基配对的得分： match <- 2 mismatch <- -1 gap <- -2 scoreMat <- matrix(misMa
全局比对和局部比对在生物信息方面的应用
weixin_42492403的博客
06-18 5758
基 因学的一个主要主题就是比较 DNA 序列并尝试找出两个序列的公共部分。如果两个 DNA 序列有类似的公共子序列，那么这些两个序列很可能是同源的 。在比对两个序列时，不仅要考虑完全匹配的字符，还要考虑一个序列中的空格或间隙（或者，相反地，要考虑另一个序列中的插入部分）和不匹配，这两个方面都 可能意味着突变。在序列比对中，需要找到最优的比对（最优比对大致是指要将匹配的数量最大化，将空格和不匹配的数量最小化）。如果要更正式些，您可以确定 一个分数，为匹配的字符添加分数、为空格和不匹配的字符减去分数。 .
【生信】生物序列比对
weixin_40695088的博客
02-09 8318
1、生物序列比对介绍 2、序列比对算法 基于全局匹配的算法 （1）打分矩阵 （2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法 基于局部匹配的算法 Smith-Waterman算法 Smith-Waterman算法与Needleman-Wunsch算法的区别 启发式搜索算法 BWT（(Burrows–Wheeler_transform)）算法 3、多序列比对介绍
生物信息学基础
12-26
### 生物信息学基础知识点详解 #### 一、生物信息学概念 **1.1 广义定义** 生物信息学是一门跨学科领域，它涵盖了生命科学中的信息科学部分，涉及生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达。这不仅包括了基因组...
生物信息学
01-09
生物信息学作为一门新兴交叉学科，集成了生物学、计算机科学以及统计学等多个领域的知识和技术，旨在解决生命科学中的复杂问题。随着基因组学、蛋白质组学等领域的快速发展，生物信息学的重要性日益凸显。它不仅在...
Rosalind网站答案生物信息学
09-09
Rosalind是一个在线平台，提供了一系列生物信息学的练习题，帮助初学者通过编程解决实际问题，掌握生物信息学的基础知识。 在提供的代码片段中，我们看到了以下几个关键知识点： 1. **统计DNA序列脱氧核苷酸数目**...
生物信息学简明教程-it-ebooks
09-20
生物信息学的数据基础是各种生物数据库，这些数据库存储了全球科学家们收集的生物数据。以下是一些重要的数据库： 1. 基因和基因组数据库： - Genbank：由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护，包含全球提交的...
生物信息学编程使用python
05-29
### 生物信息学编程使用Python #### 知识点概览 本文将深入解析《生物信息学编程使用Python》一书中的核心知识点，包括Python语言的基础语法、数据类型、表达式处理、函数定义与调用等内容，并探讨这些知识点在...
生物信息课程学习 --- 比对，BLAST，马尔可夫
GeekFocus
02-18 1368
NW-全局比对在发现intron的存在后，1981年，S-W被提出来。 90‘，97’发表了BLAST，Gapped BLAST和PSI BLAST（多序列比对）。 生物信息杂志 序列比对 maximal level of similarity —> functional/evolutionary relationship 空位罚分penalty=d+（n-1）*e是目前比较合理的罚...
生物信息学 之 序列比对
qq_42937176的博客
02-27 3160
针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异 相似性【similarity】/一致性【identity】 <==> 双序列比对（ Pairwise sequence Alignment ） 同源性【homology】 <==> 多序列比对 （Multiple Sequence Alignmen...
生物信息--两个序列比对（全局和局部）
qq_36959251的博客
04-04 5689
https://fengcong97.cn/sequece-alignment/ 参见该文章。
生物信息学_序列比对（一）序列比对概述
金石就好的博客
07-11 6152
比较是科学研究中最常见的研究方法之一，通过比较寻找研究对象可能具备的某些特征和特性。序列比较的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够高的相似性，那么两者可能是共同的进化祖先经过序列内残基的替换，残基或序列片段的缺失或插入以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。 序列比较的目的主要有两点： 根据相似性通过已知序列来预测未知序列的结构和功能 推断序列之间的同源性，推测进化关系 相似性 同源性 任意两条序列都有可能具有一定的相似性，可以利用一个数值进行表示相似程度，所以相似性也就是序列比对结果中相同部
序列比对(一)——全局比对Needleman-Wunsch算法
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生信了
04-08 2万+
原创：hxj7 前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。从本文开始，我们陆续学习前人开发出的流行算法。 全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。 关键点 1...
快醒醒，别睡了!...讲《数据分析pandas库》了—/—＜4＞
qq_64603703的博客
07-27 1050
详细解说数据分析pandas库中的常用方法
全网最详细Gradio教程系列5——Gradio Client: python
shao918516的博客
07-26 1145
程序部署完成后，如何将Gradio App作为API访问使用呢，这就用到Gradio Client。本章讲解Gradio Client的三种使用方式：python、javascript和curl，受字数限制，所以分三篇博客发布。 使用Gradio Python Client非常易于将Gradio应用程序作为API使用，本节讲述gradio_client安装、如何连接Gradio应用程序、查看可用API及其使用方式、job及session等用法。 通过Gradio Python Cli
Chapter 18 Python异常
2302_80253507的博客
07-28 1279
在Python中，异常是一种特定的对象，能够在程序运行过程中被抛出和处理。有效地管理异常不仅可以增强程序的稳定性，还可以提高用户体验，使程序能够优雅地处理错误情况。本章详细讲解了异常的基本概念以及如何捕获和处理异常。
python字符串数据容器练习（replace,split,count）
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2301_79600015的博客
07-31 367
Python字符串是由一系列字符组成的数据类型。在Python中，字符串是不可变的，这意味着一旦创建了一个字符串，就不能修改它的内容。以下是关于Python字符串的一些重要知识点：1. 字符串的基本操作：拼接字符串：使用`+`运算符。重复字符串：使用`*`运算符。索引和切片：使用`[]`和`:`操作符访问字符串中的子串。长度：使用`len()`函数获取字符串长度。转换大小写：使用`upper()`和`lower()`方法。分割和连接：使用`split()`和`join()`方法。
基因分析入门：生物信息学第二版
这部分可能涉及DNA序列比对、基因预测、进化分析等基础知识，帮助读者建立对生物信息学的初步理解。 第二部分"MASTERING GENES, GENOMES AND GENETIC VARIATION DATA"将深入探讨基因、基因组和遗传变异数据的处理。...
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