2020.12.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 全局与局部算法）

• 全局序列比对：Needleman-Wunsch算法
  • 该算法的结果是最优化的，但并不是所有可能的比对情况都需要被评估。执行一个穷尽的双序列比对算法需要太多计算资源
  • 算法三步骤
    • step1：设置一个矩阵
      • 在二维矩阵中比较两条序列
        • 
      • X,Y轴分别为第一条，第二条序列
      • 两条一致的序列的最佳比对可简单地用从左上角到右下角的对角线表示
      • 错配仍然在对角线上，但评分会变低
      • 空位在这个矩阵中用水平或垂直路径表示
    • step2：给矩阵打分
      • 创建打分矩阵
        • 创建一个(m+1)*(n+1)
      • 定义打分系统
        • 完美匹配+1
        • 错配-3
        • 两条序列引入空位-2
      • 制定移动规则
        • i和j必须增加
        • 允许空位在任意几个位置连续出现；单独空位和