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原创 让我看看谁还在用conda?

mamba:conda的完美替代

2024-04-11 10:50:15 972

原创 如何优雅设置DeepVariant和PEPPER使用的线程数?

通过环境变量方式限制DeepVariant和PEPPER所用线程数

2023-07-16 00:03:01 430 3

原创 Windows:设置右键用RStudio打开文件和文件夹

通过修改注册表编辑器实现右键使用RStudio打开文件夹和脚本

2023-05-24 21:32:29 2130

原创 Winnowmap多线程之坑

Winnowmap多线程之坑

2023-02-26 22:04:34 359

原创 parallel的一个小坑

并行有风险,用parallel需谨慎

2022-10-30 22:12:54 822

原创 两个shell实用函数:icd和mgrep

shell实用函数

2022-07-20 21:02:29 480

原创 Windows11不显示WiFi图标

目录问题描述解决方案1. 网上的方法(并不可行)2. 询问联想客服打开网络适配器的方法1. 方法1-通过我的电脑2. 方法2-Win+X命令问题描述电脑启动以后突然遇到下面的情况,WiFi图标不见了,也连不上网,经过搜索,发现是驱动程序的问题,找到网络适配器发现wifi那里出现了感叹号,如下图:可以看到MediaTek Wi-Fi 6 MT7921 Wireless LAN Card这个驱动出现了感叹号,说明它出了问题。解决方案1. 网上的方法(并不可行)参考:适配器遇到与驱动程序或硬件

2022-02-27 13:11:18 16846 21

原创 R语言-制作motif的PWM

目录一、PWM与PFM的介绍二、根据碱基序列手工制作PFM与PPM1. 主要实现函数2. 实现效果2.1 制作DNA的motif logo2.2 制作RNA的motif logo三、PFM-\>PPM-\>PWM四、待优化一、PWM与PFM的介绍motif指的是转录因子偏好结合的DNA序列模式或RNA结合蛋白偏好结合的序列模式,一般使用PWM来表示motif。制作PWM的过程如下:首先计算所有序列每个位置的碱基频数,可以得到PFM(Position FrequencyMatrix),

2022-02-17 09:29:53 2958

原创 ggplot2-绘图-箱线图

目录前面的啰嗦绘图数据说明基本箱线图分组箱线图美化分组箱线图箱线图完整版代码基本箱线图的完整代码分组箱线图的完整代码前面的啰嗦本教程对绘图所需数据和绘图过程进行了一步步的解释,稍显啰嗦,没时间细看或不想一步步看的朋友可以直接点击目录最后一节:箱线图完整版代码绘图数据说明用到的数据是mpg数据集,这是ggplot2包自带的数据集,可以使用以下代码查看该数据集的基本情况:library(ggplot2)?mpg # 或者help(mpg)从帮助文档中可以看出这是一个234x11的数据框,它记录

2022-01-28 22:44:59 12229

原创 从Docker镜像创建Singularity镜像(SIF文件)

Singularity可以方便地处理Docker镜像,以下是三种方式:方式1:从docker uri开始参考:https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/singularity_and_docker.html#remotely-hosted-images有以下两个命令可用:singularity pull docker://godlovedc/lolcow # 下载pre-built imagesingularity build mylolcow_latest.

2021-08-15 16:56:05 3496

原创 Windows路径转成Linux子系统的路径

需求说明自己用的是windows电脑,也开启了windows下面的linux子系统,有时候需要在linux子系统里面操作一些文件,而这些文件的路径是windows形式,windows路径是使用的反斜杠符号\,而linux则使用的是斜杠/,在路径特别长的时候一个个的去修改这两个符号会很麻烦;另一方面,在linux子系统里面,windows下面的CDE盘是挂载在/mnt盘下面的,如下图所示:这里的cde分别对应于windows里的CDE盘,举个例子,在windows里面的目录是C:\Users\asus

2021-07-16 09:56:36 4656

原创 每周学习ggplot2(一):绘制柱状图与散点图

目录前言习题Problem 2习题描述习题里的图我画的图我的绘图代码前言偶然看到了这个链接里有几张图可以用来练习ggplot2,就试着写了一下代码,这里记录一些我认为有些难度的图与代码。习题Problem 2习题描述Using the mpg dataset in the ggplot2 package, replicate the plot below using the following settings:Set alpha = 0.5 for the width of barsUse

2021-05-02 19:18:52 5137 2

原创 PFM,PPM,PWM解释

PFM全称是Position Frequency Matrix,用以代表motif的碱基分布频数,即某个位置四种碱基出现的次数,例子: A C G T0 8 52 23 151 7 7 2 832 16 21 0 613 73 9 8 84 17 36 28 175 49 7 18 24PPM全称是Position Probability Matrix,是在PFM基础上计算了每个位置四种碱基的出现频率

2021-04-28 11:30:37 1903

原创 matplotlib.pyplot绘图笔记

绘图基础建议使用ax来绘图,生成一张图的示例代码:# 方式1:f, ax = plt.subplots()# 方式2:f = plt.figure()ax = f.add_subplot()生成两幅子图的示例代码,排列方式为一行两列:# 方式1fig, axes=plt.subplots(nrows=1, ncols=2) # 有两幅子图,排列方式为一行两列axes是一个ndarrayax1, ax2 = axes# 方式2fig = plt.figure()ax1 = f

2021-04-25 19:14:40 3119

原创 Codewars笔记

这里写自定义目录标题寻找分解质因数(5kyu)问题描述:我的解决代码寻找分解质因数(5kyu)问题描述:Given a positive number n > 1 find the prime factor decomposition of n. The result will be a string with the following form ;“(p1**n1)(p2**n2)…(pk**nk)”Example: n = 86240 should return “(2**5)(5)(

2021-04-25 16:00:52 106

原创 R语言安装packages时的报错记录

前言在R里面安装R包时总会遇到这样那样的报错,非常烦人,为了避免以后少踩坑,我决定在遇到报错后及时将报错信息与解决办法记录下来,积少成多,希望自己解决bug的能力越来越强,也希望能让大家少走弯路。报错1:Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() : argument is of length zero报错信息解读:Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD els

2021-04-20 20:14:40 2581

原创 Linux笔记

计算字符串的长度方法1:使用expr length代码如下:aa="hello"ll=`expr length $aa` echo $ll # 5expr是在shell中进行表达式求值与字符串操作的命令,值得学习。方法2:在${}中使用#代码:aa="hello"ll=${#aa}echo $ll # 5...

2021-04-19 21:56:58 81

转载 excel快速选择多行数据

转载自简书Excel 中如何快速选中 1 万行数据?1 SHIFT 键结合滚动条我们知道,鼠标拖拽滚动条可以快速跨越很大的行数。另外,使用 SHIFT 键可以快速选中第一个单元格和末尾单元格之间的区域。因此,可以结合这两者达到快速选多行数的区域。步骤如下:鼠标点击要选中的区域的左上角第一个单元格。鼠标拖拽滚动条,找到要选中的区域的最后一行。按住 SHIFT 键,鼠标点击要选中的区域的右下角最后一个单元格,完成选中。2 CTRL + SHIFT + 方向键这是速度极快的快捷键,

2021-03-24 16:27:45 9886

原创 np.apply_along_axis函数用法

这个函数的各个参数的含义请大家自行查阅了解,这里只记录一下参数axis的作用。首先定义一个函数来打印数组的shape与内容,然后生成一个4x3的数组array:def print_a(array): print("shape: %s, array is \n%s"%(array.shape, array))array=np.array([[2,3,4],[3,4,5],[6,7,8],[7,8,9]])对这个数组调用np.apply_along_axis函数,看该函数会对数组产生什么作用

2021-03-11 15:03:38 7142 2

原创 由tsv表格制作markdown表格

庙号姓名年号与在位起止时间在位时间(年)主要事迹太祖朱元璋洪武(1368年——1398年)31明惠帝朱允炆建文(1399年——1402年)4先用\n切分得到每一行,对于每一行,用\t切分,\t可以换成其他的;对于每一行切分后的每一个元素,在其左边加上|,然后用空格将这一行连接起来,再在最右边加上|;计算表格的列数,记为cols,然后在表头下面加上cols个对齐符号,对齐符号最后面加上一个|;将上面的字符串用换行符连接起来即可。居中: | -----左...

2021-02-06 10:15:31 186

原创 《小强升职记》笔记

以下笔记按照每一节来记录目录如何记录和分析时间日志1、时间的使用方式分为主动运用时间和被动运用时间两种,2、要点记录传说中的“四象限法则”1、猴子法则2、第二象限工作法:如何记录和分析时间日志1、时间的使用方式分为主动运用时间和被动运用时间两种,主动运用时间:即在做事之前有预期,并且努力追求预期的结果被动运用时间:没有目的地做事,如何做到主动运用时间?1.每隔一个小时写出下一个小时计划做的事情。2.一个小时结束之后记录下结果。3.坚持一整天2、要点记录在每天下午或者晚上列出手头各

2021-02-01 10:23:14 158 2

原创 Cell综述:人类转录因子(The Human Transcription Factors)

以下内容是关于文献《The Human Transcription Factors》的笔记。

2021-01-30 09:36:48 2485 4

原创 一些正能量的句子

自我提升一个情商高的人不仅仅是能言善道,它更表现在能够即时觉察自己的负面情绪并且做好情绪管理。如果你不再恐惧,你会做什么?每个优秀的人都有一段沉默的时光。那段时光,是付出了很多努力却得不到结果的日子,我们把它叫做扎根。做事情不要过多的关注结果,而要专注于过程。很多时候事情并不是线性发展,而是指数发展。计划中间的某一项中断,不是失败的表现,只要还在坚持,收获就在。人前不应该说的话,背后也别说。在最愤怒时忍住最伤人对方的那句话。刻薄嘴欠和幽默是两回事;口无遮拦和坦

2021-01-25 23:11:14 377 8

原创 Java第10章作业:集合框架

Java集合框架的整体概览图:如下(摘自w3school Java集合框架)上图中,Map、Collection和Iterator是三个接口,List和Set是Collection接口的子接口,ArrayList和LinkedList是实现了List的类,HashSet和TreeSet是实现了Set接口的类,HashMap和TreeMap是实现了Map接口的类。Collection接口的常用方法:方法描述boolean add(Object c)向集合类中添加一个新元素,返回

2021-01-09 21:38:25 235

原创 Java第一次实验总结

第一次实验是让我们将一个银行管理系统的C++改写成Java代码,这里说一下自己在改写过程中的体会。C++与Java的区别1. C++中方法声明可以和实现分离在C++中可以将类定义和方法的声明放在一个头文件中(.h文件),然后将方法的实现体放在与头文件同名的源文件中(.cpp文件),但在Java中则必须将方法声明与实现写在一起,2. Java中抽象方法与C++的纯虚函数相对应Java中用abstract修饰的方法称为抽象方法,含有抽象方法的类称为抽象类,抽象方法只能有声明,不能有实现,其具体的实现要

2021-01-09 14:38:09 384

原创 PRESTO的安装

本次安装参考如下链接,因为该教程是17年写的,作者主要用的是python2.7,当时的presto版本是2,现在最新的presto版本是3,因此在此记录一下我安装presto3的过程,希望能对其他人有一些帮助。CentOS 7 安装天文学工具presto首先安装presto的依赖库下面代码中/home/team1是我的主目录,大家换成自己的主目录就行了,/home/team1/Programs/是我安装各种程序的路径,大家可以换成自己的。安装FFTW3.X(这个还算简单)FFTW3.X官方网站

2021-01-01 19:15:17 1087 2

原创 Java实验:解决System.in关闭后无法再继续使用流的问题

问题简述当使用BufferedReader从键盘读入数据时,若调用了close方法,再次使用BufferedReader从键盘读入数据的话便会报java.io.IOException: Stream closed异常,产生此异常的代码见文末介绍。问题分析在Java IO体系中,若关闭了最外层包装流,那么内层被包装的流也会被关闭,比如使用BufferedReader从键盘读入,代码为:BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamR

2020-12-27 12:29:54 554

原创 Java第14章作业:I/0输入输出

本章主要内容流的分类字节流与字符流流的装配与串行化文件操作第一题:Java中流的分类有哪些?Java中流的分类有3种,分别可以按照读取类型、流动方向与流的源头来分类。按读取类型分类,可以分为字节流与字符流字节流:字节流以字节(byte)作为处理单位,一次仅读入或输出一个字节;在Java中,字节流是由InputStream与OutputStream两个抽象类所衍生的一系列子类所组成的;字符流:与字节流不同,字符流以字符作为处理单位;在Java中,字符流是由Reader与Writer两个

2020-12-08 11:59:17 160

原创 Python绘制神经网络中常见激活函数的图形

前言需要绘制的激活函数有sigmoid,tanh,ReLU,softplus,swish共5个函数。各个函数的公式sigmoid:tanh:ReLU:softplus:swish:其中 ????(⋅) 为 Logistic 函数, β为可学习的参数或一个固定超参数上面5个激活函数对应的代码公式如下:def sigmoid(x): return 1 / (1 + np.exp(-x))def tanh(x): return (np.exp(x) - np.ex

2020-12-08 08:56:51 3073

原创 Java第15章作业:网络通信

第一题:网络通信协议分几层?各层解决的问题是什么?第二题:TCP和UDP协议有什么不同?为什么称TCP是面向连接的可靠的协议?第三题:在Java语言中,网络编程是从协议的什么层次开始的?程序设计时,什么情况下选择Java高层次网络编程,什么情况下选择低层次网络编程?高层次网络编程:基于应用层,如URL编程;低层次网络编程:基于传输层,如Socket编程;第四题:Socket编程时,目的地址和端口号需要在什么地方指出?使用数据报时,又在什么地方指出?第五题:利用URLConnection对象编写程

2020-11-17 09:27:08 136

原创 Java第9章作业:线程

第一题:volatile关键字有什么作用?由于CPU为了提高对变量的读写效率会将变量存入自己的缓存中,在多个线程访问相同变量时,如果多个线程位于不同的CPU(多核CPU)里面,那么每个线程访问变量(以k=0为例)时会从不同的CPU缓存里面读取,若一个线程将k的值改为了2,但还未将k的值写入了内存中,此时另一个线程所读取到的k是错误的值,这种问题称为可见性问题,即一个线程对变量的修改无法被其他线程“看到”。volatile关键字的作用就是禁用CPU缓存,即不将变量k存入CPU缓存中,而是直接在内存中进行读

2020-11-07 11:50:06 127

原创 Java第8章作业:Java常用类库与工具

第一题:借助JDK, 选取几个String与StringBuffer 、StringBuilder的常用API,并编写实例测试API的功能。public char charAt(int index)该方法返回字符串中指定位置的字符,index的范围是0到length()-1。package string;public class Str { public static void main(String[]str){ String s = new String("Stri

2020-11-02 19:36:37 190

原创 Java第7章作业:异常

第一题:简述Java Error类与Exception类的区别。Error类:Error类是程序本身无法处理的错误,一般与虚拟机有关,如系统崩溃,虚拟机错误,内存空间不足等错误,出现这种错误时需要停止程序并修正。Exception类:异常可以靠程序本身进行处理,即使用一定的方法对异常进行捕获或抛出,而不需要终止程序运行。第二题:简述异常处理的两种方式,并举例说明区别。异常处理有两种方式,分别是声明抛出和捕获。声明抛出分为隐式声明抛出和显式声明抛出,捕获则使用try...catch...finally

2020-10-29 23:22:14 367

原创 R语言:非常好用的绘图、数据处理资源

一、数据处理相关R for Data Science(《R数据科学》)电子版R for Data Science: Exercise Solutions数据科学中的R语言:这是四川师范大学研究生公选课《数据科学中的R语言》的课程内容。可以考虑和《R for Data Science》交互使用。二、画图相关数据可视化基本套路总结1 ggplot2教程建议在学习ggplot2的时候将下面的链接全部打开,想画哪种图就去里面找。ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)ggplo

2020-10-23 14:42:40 403

原创 Java:子类对象初始化顺序探索

首先定义一个类New,然后执行New n = new New();代码进行初始化。初始化时,会先执行New类的构造函数(但并不执行构造函数的实现代码),然后执行非静态代码块,接着再执行构造函数内部的实现代码。以下是New类的定义,可以通过debug功能查看类初始化的过程。class New{ public int a = 10; public New(){ System.out.println("Construct"); } public int b = 20;}

2020-10-22 08:12:52 86

原创 Java第6章作业:面向对象(下)

1. 实验:利用IDE的debug功能给例6.4和例6.6的new语句设置断点,使用单步调试(step into/step over)跟踪子类对象实例化(初始化)的执行顺序,并总结该过程。 2. 如何实现两个对象之间互发消息,请举例说明。 3. 谈谈组合与继承的区别以及两者的使用场景(即什么时候宜用组合?什么时候宜用继承?)。 4. Java中的运行时多态的含义是什么?有什么作用?请举例说明。 5. 使用接口改写例6.8中的程序。 6. 简述运算符instanceof的使用场景。...

2020-10-21 09:06:24 248 1

原创 Java第5章作业:面向对象(中)面向对象的特征

第一题:Java的访问控制修饰符有哪些?各有什么访问权限?请对照第7页ppt的表格分别写程序验证。Java中的访问控制符有public, protected, private以及默认四种。第7页的表格如下:表格中第一列表示类的属性或方法前面的修饰符,ABCD代表不同级别的类,如下图:从表格中可以看出,类前修饰符有两个,分别是public与缺省。若为缺省,则该类无法被包外的类所访问,仅可以被包中的类访问,若为public则可以被包外的类访问。下面用一个例子来展示类前修饰符为public时,不同包

2020-10-21 09:02:55 141 1

原创 Java第4章作业:面向对象(上)

第1题:对象与对象引用的区别是什么? 请举例说明第2题:对象作为参数传递的特点是什么?请举例说明第3题:对象初始化顺序是怎样的?请举例说明第4题:类的static字段与非static字段的区别是什么?什么情况应该使用static修饰符?请举例说明第5题:Java中final修饰符都有什么作用?请举例说明第6题:Java中float[10] arr; 语句正确么?为什么?第7题:Java数组元素类型为基本数据类型和引用类型时,有什么不同?请举例说明...

2020-10-17 09:07:50 171

原创 Python:将列表随机切分成若干部分

哎哎

2020-10-02 14:22:05 12263 2

原创 Java第2章作业:Java语言基础

这是Java第二次作业的第2题到第6题第2题:Java基本数据类型转换包含哪两类?请举例说明包含自动类型转换与强制类型转换两类。首先需要知道数据类型的优先级:byte, short, char, int, long, float, double低------------------------------------------->高自动类型转换指的是数据类型从低级转换为高级,如short类型的变量a与float类型的变量b进行运算,则需要先将a的数据类型提升为float,得到的结

2020-09-28 11:04:57 370

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