文献精读分享
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中国医学科学院&北京协和医学院研究生一枚,生物信息学+合成生物学欢迎交流。如切如嗟,如琢如磨!
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近十年天然产物药物的生物合成研究进展-文献精读33
在过往FDA批准的新药中,以天然产物或天然产物半合成衍生物为新分子实体的药物是其中的重要组成部分。本文根据FDA数据库(https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm)检索整理了近十年(2014年1月到2023年10月)获得批准的天然产物药物及天然产物半合成药物,并对这些药物的生物合成进展进行了归纳总结(表1和图1表1FDA批准的天然产物药物和半合成药物总结批准药物药物前体来源主要功效结构类型批准时间商品名参考文献。原创 2024-07-25 18:42:30 · 1198 阅读 · 0 评论 -
列当科比较寄生基因组-文献精读32
列当科是最大的寄生植物科,包括自养植物和具有各种寄生程度的寄生植物。因此,它是迄今为止研究植物寄生起源和进化的最佳科属。在此,我们提供了三个列当科植物的高质量基因组:自养植物绿春钟萼草(Lindenbergia luchunensis)和全寄生植物埃及列当(Phelipanche aegyptiaca)以及向日葵列当(Orobanche cumana)。将这三个基因组与之前发布的基因组以及其他列当科物种的转录组进行系统基因组学分析,建立了列当科的稳健系统发育框架。原创 2024-07-25 15:55:37 · 892 阅读 · 0 评论 -
惕佫酰假托品合酶的发现-文献精读28
茄科植物通过3α-和3β-托品醇的酯化生成托品烷生物碱(TAs)。尽管已知Littorine合酶负责3α-托品醇的酯化,进而导致莨菪碱的生物合成,但与3β-托品醇酯化相关的基因尚不清楚。在此,我们报告了来自颠茄的一个BAHD酰基转移酶,惕佫酰假托品合酶(TS),催化3β-托品醇和巴豆酰辅酶A(tigloyl-CoA)形成惕佫酰假托品,这是打碗花精生物合成的关键中间体,也是治疗神经退行性疾病的潜在药物。与其他定位于细胞质的BAHD酰基转移酶不同,TS定位于线粒体。通过分子对接和定点突变揭示了TS的催化机制。原创 2024-07-06 15:44:11 · 933 阅读 · 0 评论 -
辣椒属2个T2T基因组-文献精读23
辣椒(Capsicum)因其果实中含有辣椒素而闻名,这使其具有独特的辣味。然而,由于缺乏高质量的辣椒基因组,辣椒素生物合成的进化历史及其组织特异性机制仍然不清楚。在本研究中,我们报告了辣椒和其野生无辣味近缘种C. rhomboideum的两条端粒到端粒(T2T)无缝基因组,以研究辣椒果实辣味的进化。我们精确描绘了辣椒的着丝粒,这些着丝粒缺乏高拷贝串联重复序列,但被大量的CRM逆转录转座子入侵。通过系统基因组学分析,我们估算了辣椒素生物合成的进化时间。原创 2024-06-14 15:28:02 · 731 阅读 · 0 评论 -
茶树三维基因组-文献精读19
基于PCA的分析(详见在线补充资料中的材料和方法)显示,100 kb分辨率的Hi-C接触数据中,约有48.87%和51.13%的TGY基因组分别属于841个A和826个B区,包含27,642个和17,593个基因,而A和B区的百分比在染色体间存在差异(图1B;图S1,见在线补充资料)。根据环锚点是否与基因重叠,我们将总环细分为55,568个基因间-基因间环、43,383个基因-基因间环和26,453个基因-基因环,这意味着大多数环通过远距离调节元件(富集在基因间区域)与基因之间的相互作用来调节基因表达。原创 2024-06-04 10:36:04 · 790 阅读 · 0 评论 -
光皮树(光皮梾木)基因组-文献精读18
光皮梾木 W. 是一种木本油料植物,含油量高且具有强大的降血脂效果,使其成为中国药用、园林景观和生态目的的宝贵物种。为了推进这一物种的遗传研究,我们利用PacBio和Hi-C数据创建了光皮梾木的草图基因组组装。基于一个锚定了11条染色体的染色体级组装,估计基因组大小为843.51 Mb。N50 contig大小和N50 scaffold大小分别计算为4.49 Mb和78.00 Mb。此外,注释了30,474个编码蛋白基因。比较基因组学分析显示,光皮梾木在大约12.46百万年前(Mya)与其最近的物种分化。原创 2024-06-03 16:43:32 · 893 阅读 · 0 评论 -
桃金娘T2T基因组-文献精读17
桃金娘(Rhodomyrtus tomentosa)是桃金娘科的重要肉质果树和著名的药用植物,广泛种植于世界热带和亚热带地区。然而,由于缺乏参考基因组,桃金娘的进化和基因组育种研究受到阻碍。在此,我们使用PacBio和ONT长读长测序技术,提出了桃金娘的染色体级无缺口T2T基因组组装。我们组装了大小为470.35 Mb的基因组,contig N50约为43.80 Mb,共有11条拟染色体。在该基因组中注释了33,382个基因和239.31 Mb的重复序列。原创 2024-05-30 22:15:09 · 751 阅读 · 0 评论 -
红花基因组-文献精读27
红花(Carthamus tinctorius)因其种子和花朵而在全球广泛种植。种子中的亚油酸(LA)和花中的水溶性红花黄A(HSYA)是红花可用于工业和药用的关键性状。了解这些性状的遗传控制对于优化红花的品质及其育种至关重要。为了推进这项研究,我们呈现了一种红花品种“川红花1”的染色体级基因组组装,该组装是通过整合Illumina、Oxford Nanopore和Hi-C测序技术实现的。我们获得了1.17 Gb的组装,其contig N50为1.08 Mb,并将所有组装序列分配到12个拟染色体上。原创 2024-05-30 16:44:30 · 1080 阅读 · 0 评论 -
康乃馨基因组-文献精读15
康乃馨(Dianthus caryophyllus)是世界上最受欢迎的观赏花卉之一。尽管已有众多关于康乃馨的研究,但花的颜色、香气以及复瓣花的形成机制尚不明确。在这里,我们采用了一种综合多组学方法来阐明康乃馨花卉最重要的观赏性状的遗传和生化途径。首先,我们组装了一个高质量的染色体级康乃馨基因组('Scarlet Queen',636Mb,contig N50为14.67Mb)。接下来,通过多种仪器类型从花的不同部位在多个发育阶段生成了一系列代谢组数据集,以评估色素和挥发性化合物积累的空间和时间差异。原创 2024-05-21 00:18:24 · 995 阅读 · 0 评论 -
表征和基于结构的蛋白质工程:黄芪特异性皂苷乙酰转移酶-文献精读14
乙酰化有助于许多具有药用重要性的天然产品的生物活性。然而,关于糖部分的乙酰化知之甚少。在这里,我们报道了来自黄芪的一种皂苷乙酰转移酶AmAT7-3。通过逐步的基因挖掘方法发现AmAT7-3,该酶被鉴定为黄芪皂苷IV(1)的木糖C3′/C4′-O-乙酰转移酶。为了阐明其催化机制,我们获得了AmAT7-3/1和AmAT7-3A310G/1的复合晶体结构,揭示了一个由特定序列AADAG决定的大型活性口袋。原创 2024-05-13 19:10:33 · 903 阅读 · 0 评论 -
茶树(山茶属)CCoAOMT基因家族的全基因组鉴定、表达分析和蛋白质相互作用分析-全基因组家族分析-文献精读13
咖啡酰辅酶A-O甲基转移酶(CCoAOMT)家族在酚类物质的氧化甲基化中起着至关重要的作用,并参与植物的多种生理过程,包括生长、发育和应对压力的反应。然而,对于茶树中CCoAOMT蛋白成员之间的相互作用了解甚少。原创 2024-05-05 00:12:47 · 1488 阅读 · 0 评论 -
CYP76AKs的功能分化塑造了鼠尾草属中松香烷型二萜化合物的化学多样性-比较转录组-文献精读12
鼠尾草属(Lamiaceae)包括众多不同的药用植物,其中萜类化合物是其主要的活性化学成分之一。松香烷型二萜化合物(ATDs),如丹参酮和鼠尾草酸,是鼠尾草属特有的,且在不同谱系中展现出分类化学多样性。为了阐明ATD化学多样性的演化过程,我们对71种鼠尾草属植物进行了大规模的代谢和系统发育分析,结合了酶功能、祖先序列和化学特征重建,以及比较基因组实验。这种综合方法表明,鼠尾草属中全谱系的ATD多样性是由于在C-20处萜类骨架的氧化差异引起的,而这是由细胞色素P450亚家族CYP76AK的功能分化所引起的。原创 2024-05-01 15:49:48 · 1014 阅读 · 0 评论 -
二倍体毛白杨(Populus tomentosa Carr.)基因组-春天都是杨树毛子???-文献精读-11
杨树具有广泛的生态地理分布,覆盖北半球,而且种间杂交很常见。毛白杨(Populus tomentosa Carr.)在亚洲东部地区广泛分布和栽培,它在林业、农业、保护和城市园艺中扮演多重重要角色。虽然已有几种杨树的参考基因组,但我们的目标是生成一个非常高质量的毛白杨染色体水平的全新基因组组装,这将作为整个属杂交物种形成的进化和生态研究的参考。在此,我们结合了长读测序和Hi-C支架,呈现了一个高质量的二倍体解析基因组组装。原创 2024-04-26 19:30:32 · 989 阅读 · 0 评论 -
二倍体胡桃树(Juglans regia L.)基因组-文献精读-10
野生种质资源因其特殊的性状表现,对基因挖掘和分子育种至关重要。二倍体解析基因组是全面理解高度杂合物种亚基因组生物学的理想解决方案。本研究调查了中国新疆巩留县的一棵野生胡桃树的基因组,并利用PacBio高保真(HiFi)读取和Hi-C技术,为一个二倍体(hap1)生成了562.99 Mb(contig N50 = 34.10 Mb)的二倍体解析参考基因组,为另一个二倍体(hap2)生成了561.07 Mb(contig N50 = 33.91 Mb)的二倍体解析参考基因组。原创 2024-04-26 15:05:47 · 919 阅读 · 0 评论 -
T2T时代的基因组组装-文献精读-9
Genome assembly in the telomere-to-telomere eraT2T时代的基因组组装,李恒大神的综述,昨天刚出刊,李恒也是samtools、seqtk等的核心作者。seqtk安装与使用-seqtk-1.4(bioinfomatics tools-012)Samtools安装与使用-samtools-v1.17(bioinfomatics tools-007)摘要de novo组装是从测序reads中重构生物体基因组序列的过程。基因组序列对于生物学至关原创 2024-04-23 20:51:33 · 1209 阅读 · 0 评论 -
比较转录组学方法推断基因共表达网络及其在玉米和水稻叶片转录组中的应用 TO-GCN时序分析-文献精读-8
在不同条件下获得的生物过程的时间序列转录组有助于识别该过程的调节因子及其调节网络。然而,这类数据是3D的(基因表达、时间和条件),目前还没有方法能够处理它们的全部复杂性。在这里,我们开发了一种避免在条件间进行时间点对齐和标准化的方法。我们将其应用于分析在光暗周期及全黑暗条件下玉米叶片发育的时间序列转录组,获得了八个时间有序的基因共表达网络(TO-GCNs),这些网络可以用来预测GCNs中任何基因的上游调节因子。原创 2024-04-19 20:20:46 · 991 阅读 · 0 评论 -
分析染色体级别的基因组装配揭示了六倍体栽培菊花的起源和进化-文献精读-7
六倍体基因组,菊花--钟山紫桂品种六倍体基因组原创 2024-04-10 21:20:35 · 1086 阅读 · 0 评论 -
植物糖基转移酶数据库-23年-地表最强系列-文献精读-6
植物糖基转移酶数据库,糖基转移酶综述必备!原创 2024-04-08 23:01:39 · 955 阅读 · 0 评论 -
端到端单倍型参考基因组揭示了三倍体香芽蕉型香蕉亚基因组的分歧和疾病抵抗力-文献精读-5
三倍体基因组-香蕉原创 2024-04-07 21:28:12 · 1093 阅读 · 0 评论 -
CYP450综述-20年-地表最强系列-文献精读-4
发现与改造细胞色素P450以合成植物天然产品一篇关于植物CYP450的综述,地表最强,总结的最全面的版本之一,各位看官有推荐请留言评论区~原创 2024-04-05 16:59:46 · 1118 阅读 · 1 评论 -
酰基转移酶综述-21年-地表最强系列-文献精读-3
在过去的两十年中,已经对141个植物ATs进行了生化特性的表征。它们包括O-和N-ATs,但尚未从植物中发现C-和S-ATs的小分子。报道的ATs可以修饰各种植物代谢产物,包括:类黄酮类化合物、奎宁/芸香酸、萜类化合物、生物碱、醇类、脂质、蔗糖等。某些ATs的功能仍值得进一步研究。例如,Dm3MAT1和PhBPBT对几种受体和供体具有多样性,显示出良好的催化潜力。尽管观察到了高选择性,但大多数生物碱和萜类ATs的多样性仍然未知。对于未经表征的AT基因,可以使用系统发育分析来预测它们的酰基受体。原创 2024-04-03 10:53:03 · 1610 阅读 · 1 评论 -
PMAT:使用低覆盖度HiFi测序数据的高效植物线粒体组装工具包-文献精读分享2
一篇关于线粒体组装工具包的文献PMAT:使用低覆盖度HiFi测序数据的高效植物线粒体组装工具包植物的完整线粒体基因组(mitogenomes)是核质互作、植物进化和植物细胞质雄性不育系育种的宝贵资源。然而,由于频繁的重组事件和水平基因转移,完整组装植物线粒体基因组具有挑战性。以前的研究采用Illumina、PacBio和Nanopore测序数据来组装植物线粒体基因组,但组装的完整性差、测序准确度低和高成本限制了样本的采集能力。原创 2024-04-02 15:04:07 · 874 阅读 · 1 评论 -
比较转录组分析揭示了116种山茶属(Camellia)植物的深层系统发育和次生代谢物演化-文献精读分享1
比较转录组,以茶属模式物种进行研究,Comparative transcriptomic analysis unveils the deep phylogeny and secondary metabolite evolution of 116 *Camellia* plants原创 2024-03-31 21:27:15 · 1430 阅读 · 1 评论