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摘要： 德国马克斯-普朗克研究所Asifa Akhtar团队在《Nature》发表研究，发现MSL2蛋白是哺乳动物维持单倍体不足基因双等位表达的核心调控因子。传统认为MSL2仅参与果蝇X染色体剂量补偿，但该研究揭示其在哺乳动物中通过阻止抑制性表观修饰（如DNA甲基化、H3K27me3积累）保障关键发育基因的双等位表达。MSL2缺失会导致等位基因沉默，引发胚胎神经、心脏等发育异常及围产期死亡。这一发现填补了基因剂量平衡调控机制的空白，为人类单倍体不足相关疾病（如发育障碍、癌症）的诊断和治疗提供了新靶点。研究还

摘要： 作物改良正迎来生物技术与人工智能（AI）融合的革命性变革。基因组编辑、蛋白质设计、高通量表型分析和多组学技术等创新方法，结合AI驱动的预测与优化，大幅提升了作物产量、抗逆性和品质。基因组编辑实现精准基因调控，蛋白质设计创造全新功能元件，高通量表型分析加速性状筛选，而多组学技术则解析复杂农艺性状的分子基础。尽管面临技术挑战和监管问题，这些工具的集成应用有望突破传统育种的局限，推动可持续农业发展。未来，AI辅助的作物设计将进一步优化基因组合，结合微生物组调控等策略，为全球粮食安全提供创新解决方案。

摘要： 趋同进化是演化生物学的重要概念，但研究中存在定义和方法的不一致性，影响了对演化限制的推断。趋同定义可分为基于模式（表型相似性）和基于过程（特定机制驱动）两类，混淆二者可能导致错误归因。衡量趋同需结合形态或分子数据与零模型检验，以区分真实趋同与随机现象。其成因可能包括自然选择、发育约束或随机因素。建议未来研究应明确定义、规范量化方法、加强零模型应用，并综合多因素分析，以更准确地理解趋同进化的演化意义。

微生物酯酶研究进展 摘要：微生物酯酶是一类重要的生物催化剂，具有反应条件温和、底物谱广、选择性高等特点。本文综述了微生物酯酶的最新研究进展：（1）分类与发现方面，介绍了基于底物特异性和界面活化现象的酯酶分类方法，以及分光光度法、荧光测定法等检测技术；（2）结构与催化机制方面，阐述了α/β水解酶超家族的典型折叠结构和"催化三元组"的电荷中继系统；（3）改造与优化方面，总结了定向进化、理性设计等蛋白质工程方法及固定化技术；（4）应用方面，列举了酯酶在医药中间体制备、食品风味改良、环境污染物降

DeepSeek-R1大模型技术分析及其在蛋白质工程中的应用前景 摘要：DeepSeek公司最新开源的DeepSeek-R1对话大模型展现了媲美GPT-4o的性能，其关键技术包括多头潜在注意力机制(MLA)、负载均衡混合专家网络(MoE)和FP8低精度训练，显著降低了Transformer模型的训练与推理成本。本文系统分析了这些创新技术在蛋白质语言模型中的迁移应用潜力，发现MoE架构和低精度训练可有效降低蛋白质生成模型的资源消耗，而MLA机制对采用自回归解码的蛋白质生成模型(如ProGEN)具有显著优化效果

酵母合成单萜类化合物的研究进展 单萜类化合物广泛应用于医药、食品、香料等领域，传统植物提取与化学合成方法存在产量低、成本高等问题。微生物合成因其高效、可持续等优势成为替代途径，酵母因其内源甲羟戊酸（MVA）途径和蛋白修饰体系成为理想宿主。研究通过优化MVA途径、引入异源合成路径（如IUP）、改造关键酶（如ERG20突变体）及区室化工程（线粒体、过氧化物酶体定位）提升GPP供应；同时通过外排工程、耐受性驯化缓解单萜细胞毒性。尽管解脂耶氏酵母等非常规酵母展现出高产潜力（如香叶醇达1 g/L），但前体不足、毒性等

PoDPBT是属于BAHD家族的一种O-苯甲酰基转移酶，能够催化8-去苯甲酰基芍药苷转化为芍药苷。PoDPBT是第一个被证实参与芍药苷生物合成修改阶段的酶。在BAHD家族中发现了一个新的DFGGG模式，类似于DFGWG。转录组数据库为进一步研究参与芍药苷生物合成的其他酶基因提供了资源。关键词：O-苯甲酰基转移酶，芍药苷生物合成，单萜，芍药（Paeonia ostii），BAHD酰基转移酶。

在天然产物生物合成中，涉及吲哚甲基化的N-甲基转移酶鲜有被发现。本研究聚焦于CyaF酶，该酶在生物合成过程中催化β-咔啉骨架上吲哚的关键N-甲基化步骤。从重组菌株中分离出了七种β-咔啉类似物（3–9），其中包括三种新化合物（5–7）。体外实验显示，CyaF 具有较强的底物适应性。通过解析CyaF/S-腺苷-L-高半胱氨酸（SAH）复合物的晶体结构，结合AlphaFold 预测模型及定点突变实验，揭示了CyaF 的催化机制和结构特征，阐明了其对多种底物的适应能力，并突出了其在生物催化领域的应用潜力。

在以往的甲醇酵母重组蛋白研究中，外源基因数目较少，一般通过质粒游离表达的形式[89]或是经整合质粒整合至酵母染色体的特定位点，如AOX1和GAP位点[90质粒表达时，基因拷贝数较高有助于提高蛋白表达水平，而染色体整合模式，有助于蛋白稳定表达。若要将甲醇酵母改造成为性能优良的底盘细胞进行重组蛋白或是化学品的生产，往往需要对宿主细胞的多个基因进行调控，且构建的外源途径基因可能多达几十个[91]，因此高效可靠的遗传操作工具至关重要。

β-烟酰胺单核苷酸（NMN）是哺乳动物体内烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD⁺）的前体。关于NAD⁺的研究表明，其在抗衰老和疾病防治中起着关键作用。本研究在酵母毕赤酵母（）中建立了两种高效合成NMN的技术路径，实现了以低成本的烟酰胺（NAM）或基础碳源为原料生产NMN。通过系统性改造酵母宿主以适应NMN的生物合成和积累。为提高从NAM半生物合成NMN的效率，在细胞内表达烟酰胺磷酸核糖转移酶以评估其催化活性。此外，通过共表达NMN转运蛋白进一步提高了细胞外NMN的积累量。

【代码】糖基转移酶数据库及代表性文章进展-汇总系列。

酰化是植物次生代谢物中一种常见且具有生化意义的修饰。植物中的BAHD酰基转移酶构成了一个庞大的家族，这些酶利用酰基辅酶A（acyl CoA）来生成包括小型挥发性酯、修饰的花青素、以及固有的防御化合物和植物抗毒素在内的产物。BAHD酶的催化多样性使得仅凭其一级序列难以进行功能预测。然而，随着基因组测序的最新进展以及第一个BAHD家族成员的晶体结构的获得，逐渐为这些酰基转移酶在植物王国中的进化和功能提供了见解。

苯丙氨酸解氨酶（PAL）催化L-苯丙氨酸向反式肉桂酸的转化，是植物和微生物中苯丙烷类生物合成途径中一个重要的关键酶，也是初级代谢与次级代谢之间的连接步骤。五味子（Schisandra chinensis）是一种属于木兰科的木质藤本植物，其二苯并环辛烷木脂素含量丰富，并表现出显著的活性。然而，相较于PAL在木质素和黄酮类物质合成中的功能，PAL在木脂素合成中的功能研究相对有限。因此，克隆和鉴定该珍贵药用植物的PAL基因具有重要意义。

种子大小/重量在决定作物产量中起着重要作用，但在大豆中，仅有少数控制种子大小的基因被鉴定出来。在本研究中，我们进行了全基因组关联研究，并在第17号染色体上发现了一个主要的数量性状基因座（QTL），命名为GmSW17（Seed Width 17），该基因座决定了自然群体中大豆种子的宽度/重量。GmSW17编码一种泛素特异性蛋白酶，是UBP22的同源物，属于泛素特异性蛋白酶（USPs/UBPs）家族。

具体而言，可以利用生物信息学、化学生物、合成生物学等手段继续发掘天然的4+2和2+2环加成酶，特别是仍未有报道的天然途径中的2+2环加成酶基于机制解析，尤其是区域和立体选择性机制，设计和改造新型人工4+2和2+2环加成酶；2+2环加成反应能够高效构筑手性环丁烷，是合成科学重要的工具之一。近期，国内外多个团队先后在不同天然产物的生物合成研究中发现了催化4+2和2+2环加成反应的新型酶，并解析了它们的催化和选择性机制，为调控和设计新型酶促4+2和2+2环加成反应以及拓展它们在合成化学中的应用提供了基础。

罗汉果苷是一系列从罗汉果 (Siraitia grosvenorii) 中提取的天然甜味剂。这些罗汉果苷具有不同程度的葡萄糖基化，其中罗汉果苷 V (M5) 和暹罗苷 I (SIA) 是甜度较高的两种罗汉果苷。SgUGT94-289-3 是一种依赖尿苷二磷酸 (UDP) 的糖基转移酶 (UGT)，负责通过持续催化罗汉果苷 IIe (M2E) 和随后的中间罗汉果苷产物的葡萄糖基化来合成 M5 和 SIA。然而，其多种底物识别能力和多重催化模式的机制仍不清楚。

香豆素是由苯丙素途径衍生而来的，是被子植物中的主要代谢物之一。四氢吡喃（THP）和四氢呋喃（THF）环与内酯结构的对齐形成至少四种复杂的香豆素。然而，香豆素结构多样性的机制尚不清楚。在本研究中，我们报告了羌活（Notopterygium incisum）基因组的染色体级别组装，总长度为1.64 Gb，contig N50值为22.7 Mb，注释到60,021个蛋白质编码基因。

紫杉醇作为目前已发现的最优秀的天然抗癌药物，其合成经历了多元化发展的阶段。目前应用最多的依然是半合成法［6］，来自Bristol Meyers Squibb（美国百时美施贵宝公司）的市售紫杉醇是通过使用Holton-Ojima方法，以10-去乙酰巴卡亭Ⅲ为前体，紫杉醇的产率可达到90%。但半合成前体的来源（10-去乙酰巴卡亭Ⅲ或者巴卡亭Ⅲ）仍然是通过珍稀植物红豆杉植物提取的方法获得，10-去乙酰巴卡亭Ⅲ或者巴卡亭Ⅲ的生产受到严重的限制，需要通过异源合成来进行大量生产优化。

在过往FDA批准的新药中，以天然产物或天然产物半合成衍生物为新分子实体的药物是其中的重要组成部分。本文根据FDA数据库（https：//www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm）检索整理了近十年（2014年1月到2023年10月）获得批准的天然产物药物及天然产物半合成药物，并对这些药物的生物合成进展进行了归纳总结（表1和图1表1FDA批准的天然产物药物和半合成药物总结批准药物药物前体来源主要功效结构类型批准时间商品名参考文献。

列当科是最大的寄生植物科，包括自养植物和具有各种寄生程度的寄生植物。因此，它是迄今为止研究植物寄生起源和进化的最佳科属。在此，我们提供了三个列当科植物的高质量基因组：自养植物绿春钟萼草（Lindenbergia luchunensis）和全寄生植物埃及列当（Phelipanche aegyptiaca）以及向日葵列当（Orobanche cumana）。将这三个基因组与之前发布的基因组以及其他列当科物种的转录组进行系统基因组学分析，建立了列当科的稳健系统发育框架。

茄科植物通过3α-和3β-托品醇的酯化生成托品烷生物碱（TAs）。尽管已知Littorine合酶负责3α-托品醇的酯化，进而导致莨菪碱的生物合成，但与3β-托品醇酯化相关的基因尚不清楚。在此，我们报告了来自颠茄的一个BAHD酰基转移酶，惕佫酰假托品合酶（TS），催化3β-托品醇和巴豆酰辅酶A（tigloyl-CoA）形成惕佫酰假托品，这是打碗花精生物合成的关键中间体，也是治疗神经退行性疾病的潜在药物。与其他定位于细胞质的BAHD酰基转移酶不同，TS定位于线粒体。通过分子对接和定点突变揭示了TS的催化机制。

辣椒（Capsicum）因其果实中含有辣椒素而闻名，这使其具有独特的辣味。然而，由于缺乏高质量的辣椒基因组，辣椒素生物合成的进化历史及其组织特异性机制仍然不清楚。在本研究中，我们报告了辣椒和其野生无辣味近缘种C. rhomboideum的两条端粒到端粒（T2T）无缝基因组，以研究辣椒果实辣味的进化。我们精确描绘了辣椒的着丝粒，这些着丝粒缺乏高拷贝串联重复序列，但被大量的CRM逆转录转座子入侵。通过系统基因组学分析，我们估算了辣椒素生物合成的进化时间。

基于PCA的分析（详见在线补充资料中的材料和方法）显示，100 kb分辨率的Hi-C接触数据中，约有48.87%和51.13%的TGY基因组分别属于841个A和826个B区，包含27,642个和17,593个基因，而A和B区的百分比在染色体间存在差异（图1B；图S1，见在线补充资料）。根据环锚点是否与基因重叠，我们将总环细分为55,568个基因间-基因间环、43,383个基因-基因间环和26,453个基因-基因环，这意味着大多数环通过远距离调节元件（富集在基因间区域）与基因之间的相互作用来调节基因表达。

光皮梾木 W. 是一种木本油料植物，含油量高且具有强大的降血脂效果，使其成为中国药用、园林景观和生态目的的宝贵物种。为了推进这一物种的遗传研究，我们利用PacBio和Hi-C数据创建了光皮梾木的草图基因组组装。基于一个锚定了11条染色体的染色体级组装，估计基因组大小为843.51 Mb。N50 contig大小和N50 scaffold大小分别计算为4.49 Mb和78.00 Mb。此外，注释了30,474个编码蛋白基因。比较基因组学分析显示，光皮梾木在大约12.46百万年前（Mya）与其最近的物种分化。

桃金娘（Rhodomyrtus tomentosa）是桃金娘科的重要肉质果树和著名的药用植物，广泛种植于世界热带和亚热带地区。然而，由于缺乏参考基因组，桃金娘的进化和基因组育种研究受到阻碍。在此，我们使用PacBio和ONT长读长测序技术，提出了桃金娘的染色体级无缺口T2T基因组组装。我们组装了大小为470.35 Mb的基因组，contig N50约为43.80 Mb，共有11条拟染色体。在该基因组中注释了33,382个基因和239.31 Mb的重复序列。

红花（Carthamus tinctorius）因其种子和花朵而在全球广泛种植。种子中的亚油酸（LA）和花中的水溶性红花黄A（HSYA）是红花可用于工业和药用的关键性状。了解这些性状的遗传控制对于优化红花的品质及其育种至关重要。为了推进这项研究，我们呈现了一种红花品种“川红花1”的染色体级基因组组装，该组装是通过整合Illumina、Oxford Nanopore和Hi-C测序技术实现的。我们获得了1.17 Gb的组装，其contig N50为1.08 Mb，并将所有组装序列分配到12个拟染色体上。

康乃馨（Dianthus caryophyllus）是世界上最受欢迎的观赏花卉之一。尽管已有众多关于康乃馨的研究，但花的颜色、香气以及复瓣花的形成机制尚不明确。在这里，我们采用了一种综合多组学方法来阐明康乃馨花卉最重要的观赏性状的遗传和生化途径。首先，我们组装了一个高质量的染色体级康乃馨基因组（'Scarlet Queen'，636Mb，contig N50为14.67Mb）。接下来，通过多种仪器类型从花的不同部位在多个发育阶段生成了一系列代谢组数据集，以评估色素和挥发性化合物积累的空间和时间差异。

乙酰化有助于许多具有药用重要性的天然产品的生物活性。然而，关于糖部分的乙酰化知之甚少。在这里，我们报道了来自黄芪的一种皂苷乙酰转移酶AmAT7-3。通过逐步的基因挖掘方法发现AmAT7-3，该酶被鉴定为黄芪皂苷IV（1）的木糖C3′/C4′-O-乙酰转移酶。为了阐明其催化机制，我们获得了AmAT7-3/1和AmAT7-3A310G/1的复合晶体结构，揭示了一个由特定序列AADAG决定的大型活性口袋。

咖啡酰辅酶A-O甲基转移酶（CCoAOMT）家族在酚类物质的氧化甲基化中起着至关重要的作用，并参与植物的多种生理过程，包括生长、发育和应对压力的反应。然而，对于茶树中CCoAOMT蛋白成员之间的相互作用了解甚少。

鼠尾草属（Lamiaceae）包括众多不同的药用植物，其中萜类化合物是其主要的活性化学成分之一。松香烷型二萜化合物（ATDs），如丹参酮和鼠尾草酸，是鼠尾草属特有的，且在不同谱系中展现出分类化学多样性。为了阐明ATD化学多样性的演化过程，我们对71种鼠尾草属植物进行了大规模的代谢和系统发育分析，结合了酶功能、祖先序列和化学特征重建，以及比较基因组实验。这种综合方法表明，鼠尾草属中全谱系的ATD多样性是由于在C-20处萜类骨架的氧化差异引起的，而这是由细胞色素P450亚家族CYP76AK的功能分化所引起的。

杨树具有广泛的生态地理分布，覆盖北半球，而且种间杂交很常见。毛白杨（Populus tomentosa Carr.）在亚洲东部地区广泛分布和栽培，它在林业、农业、保护和城市园艺中扮演多重重要角色。虽然已有几种杨树的参考基因组，但我们的目标是生成一个非常高质量的毛白杨染色体水平的全新基因组组装，这将作为整个属杂交物种形成的进化和生态研究的参考。在此，我们结合了长读测序和Hi-C支架，呈现了一个高质量的二倍体解析基因组组装。

野生种质资源因其特殊的性状表现，对基因挖掘和分子育种至关重要。二倍体解析基因组是全面理解高度杂合物种亚基因组生物学的理想解决方案。本研究调查了中国新疆巩留县的一棵野生胡桃树的基因组，并利用PacBio高保真（HiFi）读取和Hi-C技术，为一个二倍体（hap1）生成了562.99 Mb（contig N50 = 34.10 Mb）的二倍体解析参考基因组，为另一个二倍体（hap2）生成了561.07 Mb（contig N50 = 33.91 Mb）的二倍体解析参考基因组。

Genome assembly in the telomere-to-telomere eraT2T时代的基因组组装，李恒大神的综述，昨天刚出刊，李恒也是samtools、seqtk等的核心作者。seqtk安装与使用-seqtk-1.4（bioinfomatics tools-012）Samtools安装与使用-samtools-v1.17（bioinfomatics tools-007）摘要de novo组装是从测序reads中重构生物体基因组序列的过程。基因组序列对于生物学至关

在不同条件下获得的生物过程的时间序列转录组有助于识别该过程的调节因子及其调节网络。然而，这类数据是3D的（基因表达、时间和条件），目前还没有方法能够处理它们的全部复杂性。在这里，我们开发了一种避免在条件间进行时间点对齐和标准化的方法。我们将其应用于分析在光暗周期及全黑暗条件下玉米叶片发育的时间序列转录组，获得了八个时间有序的基因共表达网络（TO-GCNs），这些网络可以用来预测GCNs中任何基因的上游调节因子。

六倍体基因组，菊花--钟山紫桂品种六倍体基因组

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三倍体基因组-香蕉

发现与改造细胞色素P450以合成植物天然产品一篇关于植物CYP450的综述，地表最强，总结的最全面的版本之一，各位看官有推荐请留言评论区~

在过去的两十年中，已经对141个植物ATs进行了生化特性的表征。它们包括O-和N-ATs，但尚未从植物中发现C-和S-ATs的小分子。报道的ATs可以修饰各种植物代谢产物，包括：类黄酮类化合物、奎宁/芸香酸、萜类化合物、生物碱、醇类、脂质、蔗糖等。某些ATs的功能仍值得进一步研究。例如，Dm3MAT1和PhBPBT对几种受体和供体具有多样性，显示出良好的催化潜力。尽管观察到了高选择性，但大多数生物碱和萜类ATs的多样性仍然未知。对于未经表征的AT基因，可以使用系统发育分析来预测它们的酰基受体。

一篇关于线粒体组装工具包的文献PMAT：使用低覆盖度HiFi测序数据的高效植物线粒体组装工具包植物的完整线粒体基因组（mitogenomes）是核质互作、植物进化和植物细胞质雄性不育系育种的宝贵资源。然而，由于频繁的重组事件和水平基因转移，完整组装植物线粒体基因组具有挑战性。以前的研究采用Illumina、PacBio和Nanopore测序数据来组装植物线粒体基因组，但组装的完整性差、测序准确度低和高成本限制了样本的采集能力。