转录组
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中国医学科学院&北京协和医学院研究生一枚,生物信息学+合成生物学欢迎交流。如切如嗟,如琢如磨!
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StringTie v2.2.3安装与使用-生物信息学工具25
StringTie使用高效的算法从对齐到参考基因组的批量RNA-Seq读取中恢复转录结构并估计其丰度。它以坐标排序的SAM/BAM/CRAM格式输入剪接对齐,并生成一个GTF输出文件,该文件包含组装的转录结构及其估计的表达水平(FPKM/TPM和碱基覆盖值)。和trinity assembly效果等同。均为转录本组装软件,使用一个即可~StringTie:高效的转录组装和RNA-Seq数据定量工具。原创 2024-07-14 19:58:35 · 448 阅读 · 0 评论 -
BUSCO安装及使用(生物信息学工具-019)
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。通过与已有单拷贝直系同源数据库的比较,得到有多少比例的数据库能够有比对,比例越高代表基因组完整度越好。基于进化信息的近乎全基因单拷贝直系同源基因内容预期,BUSCO指标是对像N50这样的技术指标的补充。使用需要评估的生物类别所属的数据库(从busco数据库下载)比对,得出比对上数据库的完整性比例的信息。组装的基因组、转录组及注释到的基因对应的氨基酸序列等。原创 2024-05-24 00:35:41 · 1044 阅读 · 0 评论 -
CYP76AKs的功能分化塑造了鼠尾草属中松香烷型二萜化合物的化学多样性-比较转录组-文献精读12
鼠尾草属(Lamiaceae)包括众多不同的药用植物,其中萜类化合物是其主要的活性化学成分之一。松香烷型二萜化合物(ATDs),如丹参酮和鼠尾草酸,是鼠尾草属特有的,且在不同谱系中展现出分类化学多样性。为了阐明ATD化学多样性的演化过程,我们对71种鼠尾草属植物进行了大规模的代谢和系统发育分析,结合了酶功能、祖先序列和化学特征重建,以及比较基因组实验。这种综合方法表明,鼠尾草属中全谱系的ATD多样性是由于在C-20处萜类骨架的氧化差异引起的,而这是由细胞色素P450亚家族CYP76AK的功能分化所引起的。原创 2024-05-01 15:49:48 · 1014 阅读 · 0 评论 -
比较转录组学方法推断基因共表达网络及其在玉米和水稻叶片转录组中的应用 TO-GCN时序分析-文献精读-8
在不同条件下获得的生物过程的时间序列转录组有助于识别该过程的调节因子及其调节网络。然而,这类数据是3D的(基因表达、时间和条件),目前还没有方法能够处理它们的全部复杂性。在这里,我们开发了一种避免在条件间进行时间点对齐和标准化的方法。我们将其应用于分析在光暗周期及全黑暗条件下玉米叶片发育的时间序列转录组,获得了八个时间有序的基因共表达网络(TO-GCNs),这些网络可以用来预测GCNs中任何基因的上游调节因子。原创 2024-04-19 20:20:46 · 991 阅读 · 0 评论 -
比较转录组分析揭示了116种山茶属(Camellia)植物的深层系统发育和次生代谢物演化-文献精读分享1
比较转录组,以茶属模式物种进行研究,Comparative transcriptomic analysis unveils the deep phylogeny and secondary metabolite evolution of 116 *Camellia* plants原创 2024-03-31 21:27:15 · 1430 阅读 · 1 评论 -
gffread安装与使用-gffread-0.12.7(bioinfomatics tools-014)
GFF3(General Feature Format version 3)和GTF(Gene Transfer Format)版本2,通常被称为GTF2,是基因组学中用于描述基因和其它特征的文件格式。这两种格式都用于存储有关基因组注释的信息,但它们在结构和用途上有所不同。原创 2024-03-21 21:04:09 · 2676 阅读 · 1 评论 -
Bowtie2安装与使用-bowtie2-2.5.2(bioinfomatics tools-011)
随着测序速率的增加,对读取比对器的吞吐量要求越来越高。全文分钟索引(full-text minute index)通常用于实现非常快速和内存高效的比对,但这种方法不适合查找较长的、有间隙的比对。Bowtie 2 结合了全文分钟索引的优势和硬件加速的动态规划算法的灵活性与速度,实现了高速度、高灵敏度和高准确性的结合。原创 2024-03-10 23:56:22 · 2642 阅读 · 1 评论 -
diamond安装与使用-diamond-2.1.8(bioinfomatics tools-010)
DIAMOND 是一款用于蛋白质和翻译后DNA搜索的序列比对工具,专为大规模序列数据的高性能分析设计。比BLAST快1w倍!原创 2024-03-09 23:31:14 · 2234 阅读 · 0 评论 -
Hmmer安装与使用-Hmmer-3.3.2(bioinfomatics tools-009)
HMMER是一种基于隐马尔可夫模型(HMM)的深度学习算法,现已成为代替BLAST算法进行基因家族鉴定的有力工具。利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因。原创 2024-03-08 23:52:37 · 4904 阅读 · 1 评论 -
TransDecoder安装与使用-TransDecoder-v5.7.1(bioinfomatics tools-008)
TransDecoder 去冗余三部曲,这里是和配合trinity使用,可以得到真实的Unigene,为下游PCR或qPCR验证做下铺垫。原创 2024-03-07 21:55:21 · 2300 阅读 · 1 评论 -
Trinity安装与使用-Trinity-v2.15.1(bioinfomatics tools-006)
转录组的组装神器-Trinity。生命科学发展到现在,生科口的科研人员谁还不会转录组组装及其分析呢?先学会走路--转录本组装!原创 2024-03-05 21:17:07 · 3445 阅读 · 0 评论