weixin_44874487的博客

摘要：scDown是一款用于单细胞RNA测序下游分析的R包，整合了细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析四大模块。该工具兼容Seurat和Scanpy注释的数据，支持并行计算以提高效率。应用案例显示，scDown成功识别出一种罕见神经发育疾病的独特神经元炎症信号特征，证明了其在生物学发现中的价值。该工具简化了复杂分析流程，降低了研究人员的技术门槛，特别适合罕见病研究领域。scDown现已开源，可广泛应用于scRNA-seq数据的深度分析。

烯还原酶（EREDs）是一类催化C═C键不对称还原的酶，在药物化合物的大规模合成中具有潜在应用价值。然而，由于它们在工艺条件下通常不稳定，其作为生物催化剂的应用受到限制。先前的研究通过祖先序列重建（ASR）这一生物信息学方法解决了这一问题。ASR 基于一组同源序列预测进化祖先序列，从而找到稳定化的 EREDs。在本研究中，我们尝试应用 ASR 设计酶库，并利用机器学习预测最稳定的酶库变体。我们生成了一个基于 ASR 预测中不确定性定位残基的 ERED 酶库。

将细胞器重新利用用于特化代谢，为像酿酒酵母（）这样的可发酵的单细胞生物提供了一种模仿植物不同组织内代谢途径区室化的方法。过氧化物酶体是重新利用的理想细胞器，因为它们在酵母以葡萄糖为碳源生长时并非必需，并且可以有效地将外源酶区室化，从而实现细胞质中本地代谢与过氧化物酶体内工程代谢的物理分离。然而，当不需要时，过氧化物酶体会受到抑制，导致外源蛋白的功能能力较低。在此，我们通过工程化改造使过氧化物酶体的功能能力得到增强，旨在区室化多达八种代谢酶以提高产量。