weixin_44874487的博客

许多重磅药物发现自中药传统药用植物，例如青蒿素、吗啡、麻黄碱等。从中医药典籍记载的功效明确的中药材中，寻找具有高度成药前景的活性分子，是新药创制的一条“捷径”。我国的天然产物化学研究水平处于国际领先水平，我国学者发现的新颖活性分子的数量遥遥领先于其他国家。然而，药材资源稀缺、药效成分含量低等问题阻碍了深入的成药性研究，同时也阻碍了现有品种的产业升级。合成生物学及其相关领域的发展为中药药效物质的可持续供给开辟了一条新途径。目前，中药药效物质的合成生物学研究局限于构建单一成分的生物制备方法。

PoDPBT是属于BAHD家族的一种O-苯甲酰基转移酶，能够催化8-去苯甲酰基芍药苷转化为芍药苷。PoDPBT是第一个被证实参与芍药苷生物合成修改阶段的酶。在BAHD家族中发现了一个新的DFGGG模式，类似于DFGWG。转录组数据库为进一步研究参与芍药苷生物合成的其他酶基因提供了资源。关键词：O-苯甲酰基转移酶，芍药苷生物合成，单萜，芍药（Paeonia ostii），BAHD酰基转移酶。

理想药用植物的特征可归纳为高次生代谢产物含量、高抗逆性、理想的形态以及高产量。本研究提出了两种策略，用于解析中药活性成分的生物合成与质量形成机制，并为提高中药产量与抗性的遗传育种提供靶点。第一，利用多组学技术解析次生代谢产物的合成通路及理想性状形成机制；第二，通过全基因组关联分析（GWAS）识别与理想性状相关的分子标记和靶基因。通过基因组选择与基因编辑技术，可进一步培育理想中药材。这些策略将为药用植物的育种研究提供重要参考。

甘油可以与细胞内部分子发生相互作用，形成保护层，减少氧化损伤，防止细胞成分的降解，保持细胞的稳定性和活性。甘油作为有机碳源和能量供应物质，能够为细菌提供所需的营养，维持其活力和存活，确保细菌在低温下依然保持一定的生理活性。：将分装好的EP管放入超低温冰箱中保存，依据菌种特性选择适宜保存温度（如-20℃、-70℃或-80℃），以有效抑制细菌代谢，延长保存时间。：将混合好的甘油菌液分装至EP管中（如500μL或1mL），并在EP管上标注菌种名称、保存日期、稀释比例等信息，方便后续管理。

OD600值过低（<0.4）：细胞数量不足，蛋白表达量较低，代谢压力可能影响蛋白合成效率。OD600值过高（>1.0）：细胞进入稳定期，代谢活动减慢，蛋白合成能力下降，且可能积累错误折叠的蛋白质。

合成生物技术全国重点实验室坚持“四个面向”，以“合成生命、设计生命”为使命，致力于基因组设计合成、人工细胞设计构建、DNA数字信息存储关键原理与方法的原创性、引领性突破，创新基因组设计与构建的基础理论和核心技术，实现人工细胞设计构建的智能化自动化，建立合成生物技术体系。不断提升合成生物和生物制造原始创新能力，突破工业菌株、工业酶和仪器试剂“卡脖子”瓶颈，打造合成生物原创引领、卓越人才培养、概念验证、中试熟化和成果转化高地，建成我国核心战略科技力量。

药用植物是次生代谢产物（SMs）的巨大储库，这些物质具有重要的医药和工业潜力。然而，由于药用植物中次生代谢产物的积累量较低，获取这些化合物仍然是一项挑战。此外，这些次生代谢产物的合成涉及多个空间、时间及环境调控步骤，形成高度协调的代谢途径。第一层调控涉及一个由转录因子组成的复杂网络；而近年来发现的第二层更复杂的调控机制是表观遗传修饰，包括DNA甲基化、组蛋白修饰和基于小RNA的机制，这些因素可以共同或分别通过调控基因表达来影响次生代谢产物的合成。

合成生物学的发展实现了利用微生物生产有价值的天然产物，也有效地克服了植物次级代谢产物大规模生产的障碍。最近几十年，利用基因工程改造微生物使其生产植物来源药用天然产物取得了巨大进步，这些进步主要是通过目标化合物生物合成途径的解析及其微生物细胞工厂的建立而实现的[102随着先进的生物信息学工具、DNA测序、蛋白质工程、代谢途径优化和尖端发酵技术的开发，药用天然产物的工业化生产技术快速发展[103。

苯基异喹啉生物碱（Benzylisoquinoline Alkaloids，BIAs）是一类具有临床应用价值的次生代谢产物。(S)-Stylopine 是一种特殊的 BIA，其分子中含有亚甲二氧桥结构。CYP719A 酶可催化原小檗碱类生物碱 A 环或 D 环上的亚甲二氧桥形成，并表现出显著的底物区域特异性。为了探究 CYP719A 的底物偏好性，我们从延胡索 (

胡椒 () 是世界上最受欢迎的香料之一。其主要辛辣成分胡椒碱 (piperine) 早在 200 年前就已被鉴定，但其在胡椒中的生物合成过程仍然 largely unknown。在本研究中，我们通过 RNA 测序、酵母中的功能性表达以及基于 LC-MS 的底物和产物分析，研究了胡椒碱芳香部分的特征性亚甲二氧桥形成。我们鉴定出一种特异性在胡椒未成熟果实中表达的细胞色素 P450 (CYP) 转录本，并在酵母 () 中对其对应基因进行了功能性表达，测试了其对一系列芳香香草素结构前体的底物特异性。

在酵母中重构木脂素等复杂天然产物的生物合成具有挑战性，可能导致代谢多效性（metabolic promiscuity），从而影响生物合成效率。在本研究中，我们通过合成酵母共生体系（synthetic yeast consortium）对木脂素的生物合成途径进行功能分工，并利用阿魏酸（ferulic acid）作为代谢桥接物。该协作体系成功克服了代谢多效性，并合成了木脂素的常见前体松柏醇此外，通过系统工程策略的结合，我们实现了关键木脂素骨架紫杉松素（pinoresinol）和落叶松树脂醇。

背景二氢槲皮素（DHQ）是一种强效的生物类黄酮，具有多种有益健康的特性，并在多种疾病的治疗中展现出潜力。二氢槲皮素的生物合成为满足其日益增长的需求提供了一种有前景的解决方案。然而，由于大量积累了橙皮苷（ERI）、柚皮素（NAR）、二氢山柰酚（DHK）及其他代谢产物，DHQ的生物合成产率较低，因此，这成为了DHQ生物合成的主要障碍。研究结果在本研究中，我们提出了几种策略以提高目标产物的生成并减少代谢物的积累。我们在酿酒酵母（S. cerevisiae）*中共表达了来自不同物种的*

C20位氧化的ent-喹烷型二萜因其独特的结构和多样的生物活性长期以来备受关注。在ent-喹烷骨架上惰性甲基（20位）进行直接羟基化的策略，将极大简化其合成过程；然而，由于其结构复杂，当前的化学合成方法仍面临挑战。此外，酶促合成策略亦受限于专一性C20氧化酶的稀缺。

在天然产物生物合成中，涉及吲哚甲基化的N-甲基转移酶鲜有被发现。本研究聚焦于CyaF酶，该酶在生物合成过程中催化β-咔啉骨架上吲哚的关键N-甲基化步骤。从重组菌株中分离出了七种β-咔啉类似物（3–9），其中包括三种新化合物（5–7）。体外实验显示，CyaF 具有较强的底物适应性。通过解析CyaF/S-腺苷-L-高半胱氨酸（SAH）复合物的晶体结构，结合AlphaFold 预测模型及定点突变实验，揭示了CyaF 的催化机制和结构特征，阐明了其对多种底物的适应能力，并突出了其在生物催化领域的应用潜力。

Gene function exploration and engineering strain library construction from a synthetic biology perspective合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建 合成生物学作为一门通过设计、构建和改造生物系统来实现其特定功能的学科，被广泛应用于生物制造、环境保护和药物合成等领域。基因功能的系统性探索和工程菌株文库的构建是推动合成生物学发展的重要手段。本研究重点介绍了不同酵母文库在合成生物学中的构建方法及其

艾（Artemisia argyi Lévl. et Vant.），一种具有浓烈香气的多年生艾蒿类植物，在中国及许多亚洲国家的传统医学中广泛应用。在这项研究中，我们呈现了艾的染色体尺度基因组组装，组装大小为3.89 Gb，包含17条假染色体。系统发育和比较基因组分析表明，艾在与青蒿（Artemisia annua）分化后经历了一次近期的谱系特异性全基因组重复（WGD）事件，导致形成了两个亚基因组。我们解码了艾的二倍体祖先基因组，并观察到无偏的亚基因组进化。近期的WGD导致艾基因组中大量基因重复。

松果菊苷（ECH）是最具代表性的苯乙醇苷类化合物（PhGs）之一，具有显著的神经保护作用，是众多商业药物中的有效成分。在本研究中，我们阐明了药用植物管花肉苁蓉中松果菊苷的完整生物合成途径。总共克隆并功能性鉴定了14个相关基因。我们发现了两条从L-酪氨酸合成酪醇的上游途径：一种途径包括分开的脱羧、去氨和还原步骤；另一条途径则采用类似微生物的转氨、脱羧和还原步骤。

研究了这些CYP450基因在MeJA诱导后的表达趋势（图S7），发现TR81244的表达在24小时诱导后显著上调，然后下调，这与MVA途径基因和GGPPS的表达模式相似（图1c）。由于其药用特性，穿心莲内酯的生物合成受到了广泛的研究，基因组数据和萜烯合酶的功能也已被报道（Sun等，2019）。正如预期，GPP合酶（GPPS）、FPP合酶（FPPS）和GGDP合酶（GGPPS）的表达显著增加，并保持在相对较高的水平，ApCPS2的表达显著提高，比对照样本高出约30倍（图1c）。

一些紫草科植物会生成具有生物活性的红色萘醌类色素，这些色素是紫草素和左旋紫草素（对映异构体）的衍生物，其侧链上的酰基种类各不相同。不同植物种类中紫草素/左旋紫草素衍生物的组成存在差异，但关于形成这些衍生物多样性的机制尚不清楚。本研究从紫草（

士的宁（番木鳖碱）是一种天然产物，通过分离、结构阐明和合成努力，塑造了有机化学领域。目前，士的宁因其强大的神经毒性，作为一种杀鼠剂被用来控制啮齿动物。士的宁的多环结构激励了化学家们开发新的合成转化和策略来获取这一分子框架，但植物如何合成这一复杂结构仍然未知。本文报告了士的宁及其相关分子马钱子碱和达波灵碱的生物合成途径。

鬼臼属植物是（−）-鬼臼毒素的来源，这是一种用于半合成各种强效且广泛应用于癌症治疗药物的芳香四氢呋喃木脂素。然而，其生物合成途径仍然大部分未知，最后明确证明的中间体是（−）-罗汉松脂素。在本研究中，对鬼臼属植物的桃儿七和北美桃儿七的转录组进行了大规模平行测序，并对相应的组装结果进行了后续的生物信息学分析。首先通过与先前已知参与鬼臼毒素生物合成的多个基因序列以及其他候选生物合成途径基因的序列进行比对，验证了组装过程的正确性。

半日花烷衍生型二萜成分（LRDs）是一大类萜类化合物。它们多样的骨架源于复杂的环化反应，这些反应由使用香叶烯基焦磷酸（GGPP）作为共同前体的LRD二萜合成酶（diTPSs）催化，并涉及多步的环化和重排。迄今为止，LRD diTPSs的催化机制仍基本未知。本文中，我们对来自狼毒大戟的五种LRD diTPSs进行了表征。特别是，EfTPS14是一种罕见的高保真度 ent-neoabietadiene合成酶，在抗癌LRD类化合物 jolkinoides 的生物合成中起着关键作用。

红景天苷是一种具有多种生物活性的高价值植物来源糖苷，但目前主要的工业生产方式是从红景天植物中提取，这已不足以满足日益增长的市场需求。通过微生物发酵的生物合成路径是一种可持续且环保的替代方法。通过引入ARO10和ADH6基因，建立了前体酪醇的从头合成途径。经过系统的代谢工程改造，实现了 3.0 g/L 的酪醇产量，但酪醇的积累抑制了细胞的生长。通过适应性进化获得了一株进化菌株，其OD600提高了 10.0%，酪醇产量达到 3.3 g/L。随后，通过引入葡糖基转移酶AtUGT85A1。

罗汉果苷（Mogrosides）具有多种药理活性，主要从罗汉果（Siraitia grosvenorii）中提取，广泛用作天然零卡路里甜味剂。然而，罗汉果的种植难度大且成熟周期长，导致罗汉果苷供应不足。为克服这一障碍，我们开发了一种高效的生物合成方法，利用工程化大肠杆菌将苦味罗汉果苷转化为甜味罗汉果苷。在研究中筛选并测试了三种具有主链/分支糖基化活性、作用于罗汉果苷C3/C24位点的UDP-糖基转移酶（UGT）基因。通过增强催化活性，获得了一种突变体M3，该突变体能够催化九种罗汉果苷的糖基化。

Optimizing Escherichia coli strains and fermentation processes for enhanced L-lysine production: a review优化大肠杆菌菌株和发酵工艺以提高L-赖氨酸生产：综述对比酵母酵母中de novo生物合成啤酒花活性类黄酮黄腐醇-文献精读93-CSDN博客赖氨酸是一种重要的必需氨基酸，具有广泛的应用价值，被广泛用于食品、饲料和医药工业。为了满足日益增长的需求，微生物发酵已成为一种有效且可持续的L-赖氨

类黄酮黄腐醇是啤酒酿造工业中的重要风味物质，具有多种生物活性。然而，其不稳定的结构导致其在啤酒中的含量较低。微生物生物合成被认为是一种可持续且经济可行的替代方法。本研究利用酵母。

在以往的甲醇酵母重组蛋白研究中，外源基因数目较少，一般通过质粒游离表达的形式[89]或是经整合质粒整合至酵母染色体的特定位点，如AOX1和GAP位点[90质粒表达时，基因拷贝数较高有助于提高蛋白表达水平，而染色体整合模式，有助于蛋白稳定表达。若要将甲醇酵母改造成为性能优良的底盘细胞进行重组蛋白或是化学品的生产，往往需要对宿主细胞的多个基因进行调控，且构建的外源途径基因可能多达几十个[91]，因此高效可靠的遗传操作工具至关重要。

胆固醇硫酸（CS）是一种胆固醇的硫酸化衍生物，由于其广泛的生物学和药理学活性，在医学领域具有重要应用。目前，CS 的供应主要依赖于从羊毛脂提取胆固醇后进行化学转化，这促使人们对通过工程化微生物细胞工厂进行大规模生产 CS 产生了浓厚兴趣。本研究首次报道了在酵母 Komagataella phaffii（也称为 Pichia pastoris）中实现 CS 的微生物生产。

2006年，由中国科学院、深圳市人民政府及香港中文大学共同建立。科研规模设立了，形成超4700人的科研团队。累计135亿元，申请专利近9000件，发表论文超过万篇。是先进院的第七个研究所。：2017年12月，是中国。：专注于等领域的合成再造研究。研究中心：下设七大研究中心。

白木香（(Lour.) Spreng）是中国重要的沉香生产植物之一。从受损的白木香树中收集的沉香树脂自古以来一直在亚洲用于芳香或药用目的。然而，由于缺乏准确和高质量的遗传信息，沉香形成的机制仍然理解不充分。

中国科学院合成生物学重点实验室在理论创新、技术开发和成果转化方面发挥了重要作用，为推动合成生物学研究与产业化作出了突出贡献。：1995年成立的“微生物次生代谢分子调控研究开放实验室”，2004年更名为“分子微生物学开放实验室”：面向资源、医药、制造和环境领域，攻克技术难题，推动成果产业化。：创新理论与技术，建立工程化平台与生物元器件库，推动标准化。：组织合成生物学战略规划，国内外合作，提升自主创新能力。副主任：王勇（研究员）、杨琛（研究员）开发核酸、蛋白质合成与组装技术。实验室主任：覃重军（研究员）

广泛栽培的药用和观赏植物鼠尾草（Salvia officinalis L.）是地中海原产的唇形科常绿灌木。我们组装了一个高质量的鼠尾草基因组，大小为480 Mb，分布在七条染色体上，并鉴定了一个生物合成基因簇（BGC），编码两对二萜合酶（diTPSs）。这些二萜合酶与位于基因簇内外的细胞色素P450（CYPs）基因一起，分别形成了负责芽和根二萜类化合物的两个表达级联，从而将BGC的功能从共同调控扩展到在不同器官中协调代谢产物的生产。系统发育分析表明，鼠尾草类群在早中新世开始分化。

3.青皮、陈皮、橘红、橘核(柑橘。26.枸杞子、地骨皮(宁夏枸杞。28.猪牙皂、皂角刺(山皂荚。40.茺蔚子、益母草(益母草。27.合欢花、合欢皮(合欢。48.贯叶金丝桃(贯叶连翘。8.炮姜、生姜、干姜(姜。35.黄芪、炙黄芪(黄芪。10.罗布麻叶(罗布麻。33.筋骨草(金疮小草。5.郁金、姜黄(姜黄。11.三白草(三白草。17.冬凌草(碎米桠。23.月季花(月季花。32.商陆(垂序商陆。36.黄连(云南黄连。37.水飞蓟(水飞蓟。38.余甘子(余甘子。42.夏枯草(夏枯草。43.大黄(掌叶大黄。

蛋白表达是利用宿主细胞（如细菌、酵母、昆虫细胞、哺乳动物细胞或植物细胞）表达外源基因蛋白的分子生物学技术，是基因工程的重要组成部分。作为一种高效表达工具，毕赤酵母表达系统以其低成本、高产量和具备一定翻译后修饰功能等优点，受到越来越多的关注和应用。

烯还原酶（EREDs）是一类催化C═C键不对称还原的酶，在药物化合物的大规模合成中具有潜在应用价值。然而，由于它们在工艺条件下通常不稳定，其作为生物催化剂的应用受到限制。先前的研究通过祖先序列重建（ASR）这一生物信息学方法解决了这一问题。ASR 基于一组同源序列预测进化祖先序列，从而找到稳定化的 EREDs。在本研究中，我们尝试应用 ASR 设计酶库，并利用机器学习预测最稳定的酶库变体。我们生成了一个基于 ASR 预测中不确定性定位残基的 ERED 酶库。

β-烟酰胺单核苷酸（NMN）是哺乳动物体内烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD⁺）的前体。关于NAD⁺的研究表明，其在抗衰老和疾病防治中起着关键作用。本研究在酵母毕赤酵母（）中建立了两种高效合成NMN的技术路径，实现了以低成本的烟酰胺（NAM）或基础碳源为原料生产NMN。通过系统性改造酵母宿主以适应NMN的生物合成和积累。为提高从NAM半生物合成NMN的效率，在细胞内表达烟酰胺磷酸核糖转移酶以评估其催化活性。此外，通过共表达NMN转运蛋白进一步提高了细胞外NMN的积累量。

萜类化合物尤其是三萜类物质的药理活性及其带来巨大经济效益以及天然资源的限制，是促使研究者不断探究如何利用代谢工程和合成生物学的方法来生产植物三萜的动力。OSCs酶的环化反应催化2, 3-氧化鲨烯进入不同的代谢分支，是甾醇和植物三萜类物质生物合成的重要调控位点。迄今为止，已经在三萜和植物甾醇的生物合成途径及相关酶的研究取得了一定的进展，并且对它们的生理功能和分子机理的研究逐渐深入。

整个过程需保证无菌环境。

植物是由多种细胞类型组成的复杂系统，其结构呈现出分层的组织形式。为了理解复杂植物系统的分子基础，单细胞RNA测序（scRNA-seq）已成为揭示细胞水平基因表达模式高分辨率以及研究细胞类型异质性的重要工具。此外，对植物生物系统进行scRNA-seq分析具有巨大潜力，可生成新知识以指导植物生物系统设计和合成生物学的发展。合成生物学旨在通过基因组编辑、工程化或基于理性设计的基因组重写，从而对植物进行遗传或表观遗传修饰，以提高作物产量和质量，推动生物经济发展并增强环境可持续性。

小檗碱是一种广泛应用的苄基异喹啉生物碱（BIA）类药物，来源于植物。微生物制造已成为获取这些高价值BIA的一种有前途的方法。在本研究中，我们通过在酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中工程化19个基因（包括来自植物和细菌的12个外源基因），实现了小檗碱的完整生物合成。通过过表达瓶颈酶、扩大发酵规模以及发酵后的加热处理，我们将小檗碱的产量提高了643倍，达到1.08 mg L⁻¹。此外，该途径展示了将卤代酪氨酸引入合成非天然BIA衍生物的高效能力，这些衍生物具有更高的治疗潜力。