合成生物学
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中国医学科学院&北京协和医学院研究生一枚,生物信息学+合成生物学欢迎交流。如切如嗟,如琢如磨!
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基因组挖掘指导天然药物分子的发现-文献精读34
具有巨大化学多样性的天然产物为药物开发提供了无可比拟的小分子文库,从中诞生了大量的药物或先导化合物。由于众多抗生素药物集中发现于20世纪50年代左右,这一时期被称为天然产物发现的“黄金时代”[153然而,自20世纪后期以来,天然产物来源的药物出现了大幅下降,这一方面是由于小分子化学合成技术的进步和高通量筛选平台的出现,更重要的是,传统的天然产物发现策略导致了大量高丰度化合物的重复出现,而低丰度或不可培养微生物中的资源却难以得到发掘[154。原创 2024-07-25 19:29:39 · 554 阅读 · 0 评论 -
近十年天然产物药物的生物合成研究进展-文献精读33
在过往FDA批准的新药中,以天然产物或天然产物半合成衍生物为新分子实体的药物是其中的重要组成部分。本文根据FDA数据库(https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm)检索整理了近十年(2014年1月到2023年10月)获得批准的天然产物药物及天然产物半合成药物,并对这些药物的生物合成进展进行了归纳总结(表1和图1表1FDA批准的天然产物药物和半合成药物总结批准药物药物前体来源主要功效结构类型批准时间商品名参考文献。原创 2024-07-25 18:42:30 · 1198 阅读 · 0 评论 -
常见液体培养基的配置-实验操作系列-5
称取20 g 蛋白胨、10 g 酵母粉,950 mL 去离子水加热溶解,121 °C高温高压灭菌30 min(20min也可);另称取20 g 半乳糖,加入50 mL 去离子水溶解,过滤除菌后加入到冷却的YPD 培养基溶液中,混合均匀。分装到适当的容器中,并高压灭菌(121℃,15分钟)。溶解:确保所有成分在水中完全溶解,以避免培养基中的不均匀分布。LB培养基是一种常用的细菌培养基,适用于大多数细菌,特别是大肠杆菌。即,200ml里面,酵母提取物1g,胰蛋白胨2g,氯化钠2g。氯化钠(NaCl):10克。原创 2024-07-23 16:50:02 · 179 阅读 · 0 评论 -
核酸电泳相关配制-TAE缓冲液及琼脂糖凝胶-实验操作系列-4
是使溶液具有一定的导电性,以利于DNA分子的迁移,例如,一般电泳缓冲液中应含有0.01-0.04 mol/L的Na+离子,Na+离子的浓度太低时电泳速度变慢;通常使用的琼脂糖浓度在0.7%至2%之间,取决于核酸片段的大小: 大片段(1kb以上):0.7%-1%琼脂糖凝胶 中等片段(500bp-1kb):1%-1.5%琼脂糖凝胶 小片段(100bp-500bp):1.5%-2%琼脂糖凝胶。3. 加入EDTA:称取37.2克EDTA(二钠盐,二水合物,Na2EDTA·2H2O ),加入溶液中。原创 2024-07-23 15:46:24 · 630 阅读 · 0 评论 -
实验室常用抗生素配制--实验操作系列-3
庆大霉素(Gentamycin)、利福平(Rifampicin)、羧苄青霉素钠(Carbenicillin)配置及工作浓度同卡那霉素(Kanamycin)(50mg/ml)。超净台中:0.5g硫酸卡那霉素粉末 + 10mL无菌水充分溶解后经 0.22μm滤膜过滤,分装至1.5mL灭菌离心管中,保存于-20℃。超净台中:1g氨苄青霉素钠盐粉末 + 10mL无菌水充分溶解后经0.22μm滤膜过滤,分装至1.5mL灭菌离心管中,保存于-20℃。母液浓度:100mg/mL,工作浓度100μg/mL。原创 2024-07-23 00:09:37 · 183 阅读 · 0 评论 -
枸杞糖基转移酶--文献精读31
lycibarbarspermidines类化合物是一类特殊的苯酰胺类糖苷,其特征是具有多个糖基取代的二咖啡酰亚胺核心,并作为枸杞中的主要生物活性成分。迄今为止,对于包括二咖啡酰亚胺在内的苯酰胺类化合物糖基化的酶基础知之甚少。在此,我们鉴定出五种lycibarbarspermidines类化合物的糖基转移酶,LbUGT1-5,它们是首个苯酰胺型糖基转移酶,并催化二咖啡酰亚胺的区域选择性糖基化,以形成结构多样的lycibarbarspermidines类化合物。原创 2024-07-12 16:43:08 · 1101 阅读 · 0 评论 -
惕佫酰假托品合酶的发现-文献精读28
茄科植物通过3α-和3β-托品醇的酯化生成托品烷生物碱(TAs)。尽管已知Littorine合酶负责3α-托品醇的酯化,进而导致莨菪碱的生物合成,但与3β-托品醇酯化相关的基因尚不清楚。在此,我们报告了来自颠茄的一个BAHD酰基转移酶,惕佫酰假托品合酶(TS),催化3β-托品醇和巴豆酰辅酶A(tigloyl-CoA)形成惕佫酰假托品,这是打碗花精生物合成的关键中间体,也是治疗神经退行性疾病的潜在药物。与其他定位于细胞质的BAHD酰基转移酶不同,TS定位于线粒体。通过分子对接和定点突变揭示了TS的催化机制。原创 2024-07-06 15:44:11 · 933 阅读 · 0 评论 -
P450Rdb: CYP450数据库--地表最强系列--文献精读24
细胞色素P450酶(P450s)被公认为世界上最具多样性的催化剂,在所有生物界的众多生物代谢和生物合成过程中发挥着至关重要的作用。尽管数据库中有大量的P450基因(超过300,000个),但只有少部分(不到0.2%)经过功能表征。原创 2024-06-15 10:00:11 · 1178 阅读 · 0 评论 -
pESC-HIS是什么,怎么看?-实验操作系列-2
质粒类型:酿酒酵母蛋白表达载体表达水平:高拷贝诱导方法:半乳糖启动子:GAL1和GAL10克隆方法:多克隆位点,限制性内切酶载体大小:6706bp5' 测序引物及序列:3' 测序引物及序列:载体标签:C-Flag,C-Myc载体抗性:氨苄筛选标记:His3备注:利用半乳糖诱导,可以同时使两个基因在酿酒酵母中表达,这个就是双表达载体,可以很好的执行一个功能基因和一个协调辅助蛋白基因的表达,发挥两个蛋白的协同作用,比如伴侣蛋白,协调手性形成蛋白等等。原创 2024-06-06 22:21:30 · 458 阅读 · 0 评论 -
两种参与茶树O-甲基化儿茶素生物合成的O-甲基转移酶的特征分析-文献精读20
茶叶因其高含量的儿茶素而闻名,主要成分是(−)-表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG),具有显著的生物活性,包括潜在的抗癌和抗炎活性。然而,EGCG在肠道中的稳定性和渗透性差,削弱了这些健康益处。某些茶树品种中低含量的O-甲基化EGCG衍生物由于其增加的生物利用度而引起了极大的关注。在此,我们鉴定了来自茶树的两种O-甲基转移酶:CsFAOMT1具有对EGCG的3ʹʹ位特异性O-甲基转移酶活性,可生成EGCG3ʹʹMe,而CsFAOMT2主要催化EGCG4ʹʹMe的形成。原创 2024-06-04 21:50:04 · 1381 阅读 · 0 评论 -
表征和基于结构的蛋白质工程:黄芪特异性皂苷乙酰转移酶-文献精读14
乙酰化有助于许多具有药用重要性的天然产品的生物活性。然而,关于糖部分的乙酰化知之甚少。在这里,我们报道了来自黄芪的一种皂苷乙酰转移酶AmAT7-3。通过逐步的基因挖掘方法发现AmAT7-3,该酶被鉴定为黄芪皂苷IV(1)的木糖C3′/C4′-O-乙酰转移酶。为了阐明其催化机制,我们获得了AmAT7-3/1和AmAT7-3A310G/1的复合晶体结构,揭示了一个由特定序列AADAG决定的大型活性口袋。原创 2024-05-13 19:10:33 · 903 阅读 · 0 评论 -
CYP76AKs的功能分化塑造了鼠尾草属中松香烷型二萜化合物的化学多样性-比较转录组-文献精读12
鼠尾草属(Lamiaceae)包括众多不同的药用植物,其中萜类化合物是其主要的活性化学成分之一。松香烷型二萜化合物(ATDs),如丹参酮和鼠尾草酸,是鼠尾草属特有的,且在不同谱系中展现出分类化学多样性。为了阐明ATD化学多样性的演化过程,我们对71种鼠尾草属植物进行了大规模的代谢和系统发育分析,结合了酶功能、祖先序列和化学特征重建,以及比较基因组实验。这种综合方法表明,鼠尾草属中全谱系的ATD多样性是由于在C-20处萜类骨架的氧化差异引起的,而这是由细胞色素P450亚家族CYP76AK的功能分化所引起的。原创 2024-05-01 15:49:48 · 1014 阅读 · 0 评论 -
pET-28a(+)是什么,怎么看?-实验操作系列-1
带温度标记的质粒图谱详见下载文件,祝PCR顺利!原创 2024-04-23 10:33:38 · 1832 阅读 · 0 评论 -
蛋白质亚细胞定位预测(生物信息学工具-017)
蛋白质亚细胞定位预测,论文必备工具原创 2024-04-19 16:41:30 · 688 阅读 · 0 评论 -
蛋白质基本信息分析--理化性质如分子量、等电点、不稳定系数等计算分析(生物信息学工具-016)
蛋白质基本信息分析--需要蛋白质的理化性质计算及分析,如分子量、等电点、不稳定系数、脂肪指数、亲水系数等计算分析。原创 2024-04-19 11:12:34 · 1030 阅读 · 0 评论 -
植物糖基转移酶数据库-23年-地表最强系列-文献精读-6
植物糖基转移酶数据库,糖基转移酶综述必备!原创 2024-04-08 23:01:39 · 955 阅读 · 0 评论 -
CYP450综述-20年-地表最强系列-文献精读-4
发现与改造细胞色素P450以合成植物天然产品一篇关于植物CYP450的综述,地表最强,总结的最全面的版本之一,各位看官有推荐请留言评论区~原创 2024-04-05 16:59:46 · 1118 阅读 · 1 评论 -
酰基转移酶综述-21年-地表最强系列-文献精读-3
在过去的两十年中,已经对141个植物ATs进行了生化特性的表征。它们包括O-和N-ATs,但尚未从植物中发现C-和S-ATs的小分子。报道的ATs可以修饰各种植物代谢产物,包括:类黄酮类化合物、奎宁/芸香酸、萜类化合物、生物碱、醇类、脂质、蔗糖等。某些ATs的功能仍值得进一步研究。例如,Dm3MAT1和PhBPBT对几种受体和供体具有多样性,显示出良好的催化潜力。尽管观察到了高选择性,但大多数生物碱和萜类ATs的多样性仍然未知。对于未经表征的AT基因,可以使用系统发育分析来预测它们的酰基受体。原创 2024-04-03 10:53:03 · 1610 阅读 · 1 评论