蛋白质保守区域和基序

最新推荐文章于 2025-04-26 19:55:55 发布
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分类专栏： 蛋白质相关知识 文章标签： 学习
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蛋白质保守区域是其重要序列位置，可通过WebLogo进行分析。基序（motif）是核酸或蛋白质中具有特定模式的序列片段，与生物功能紧密相关。MEME软件用于自动发现序列基序，适用于DNA和蛋白质序列分析。

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蛋白质保守区域

来自慕课生物信息学（山东大学）
所谓保守区域就是对于蛋白质来讲相对重要的序列位置

WebLogo软件

:::info
网站：(weblogo.threeplusone.com)
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主页上点击Create your own logos
如果序列长度不一，上传前需要做多序列比对

蛋白质基序

在核酸/蛋白质序列中存在有特定模式的序列片段，这些片段被称为基序（motif）序列基序与生物功能密切相关。
MEME是一款可以自动从一组相关的DNA或者蛋白质序列中发现序列基序的软件。
:::info
网站：meme-suite.org
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AI4S - Jackhmmer 搜索 UniProt 最相似蛋白质序列 教程
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07-27 577
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motif-relative-position-MEME:用MEME计算发现的基序的所有组合的相对位置
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基序相对位置MEME 用MEME计算发现的基序的所有组合的相对位置。 输入文件： 图案-通过创建txt文件
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linux下使用MEME软件,MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
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如何进行Motif预测分析和解读？MEME和HOMER全解析
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【生信MOOC】生物序列比对工具——多序列比对
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【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对 1、多序列比对的定义和用途 2、多序列比对的要求 3、多序列比对工具——EMBL - Clustal Omega 4、多序列比对工具——EMBL - TCOFFEE - Expresso 5、多序列比对的保存格式 6、多序列比对结果编辑——jalview 7、寻找保守区域：序列标识图 WebLogo 8、寻找保守区域：序列基序 MEME 9、寻找保守区域：PRINTS 指纹图谱数据库
MEME保守基序美化
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DNA与蛋白质功能基序的识别技术
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Verify3D过程通过根据每个残基位置的位置和环境分配结构类，并将结果与良好结构进行比较。残基的环境对应于三个参数，局部二级结构、掩埋的残基面积、极性原子覆盖的侧链区域的分数。Procheck：对于模型中残基与残基之间的立体化学性质做出评价常以Ramachandran图（拉式图）表示；同一家族中一个蛋白为另一个蛋白分配原子坐标的基础，这部分称为结构保守区。在生物进化或蛋白家族中具有不变或相同的结构域，具备重要功能不能改变。蛋白质肽链中除去螺旋和β折叠的第三种二级结构，通常具有较大的柔性。
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1.获取功能基因核酸序列 •从prokka输出文件中的ffn中获取序列信息，碱基序列长度及结构，数量信息 2.获取参考序列 •在https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome进行核酸比对，获得参考序列物种、覆盖率、相似度、ID号、碱...
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