SARS-CoV-2的近端起源

最新推荐文章于 2024-07-25 18:42:30 发布

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https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9#citeas

SARS-CoV-2是已知可感染人类的第七种冠状病毒。SARS-CoV，MERS-CoV和SARS-CoV-2可能引起严重疾病，而HKU1，NL63，OC43和229E则伴有轻度症状6。在这里，我们回顾了从基因组数据的比较分析可以推断出SARS-CoV-2的起源。我们提供了有关SARS-CoV-2基因组显着特征的观点，并讨论了可能出现的情况。我们的分析清楚地表明，SARS-CoV-2不是实验室构建物也不是有意操纵的病毒。

SARS-CoV-2基因组的显着特征

结构研究的基础上，（ⅰ）：我们的α-和betacoronaviruses识别的比较两个显着的基因组SARS-CoV的-2的特征7，8，9和生化实验1，9，10，SARS-CoV的-2似乎是为与人类受体ACE2结合而优化; （ii）SARS-CoV-2的突突蛋白通过插入12个核苷酸8在S1-S2边界具有功能性多碱基（弗林蛋白酶）切割位点8，这额外导致了预计的周围3个O-连接聚糖的捕获网站。

1. SARS-CoV-2受体结合结构域的突变

在刺突蛋白受体结合结构域（RBD）是冠状病毒基因组的最可变部分1，2。已显示六个RBD氨基酸对于与ACE2受体结合以及确定SARS-CoV样病毒7的宿主范围至关重要。在基于SARS-CoV的坐标下，它们是Y442，L472，N479，D480，T487和Y4911，它们对应于SARS-CoV-2 7中的 L455，F486，Q493，S494，N501和Y505 。这六个残基中的五个在SARS-CoV-2和SARS-CoV之间有所不同（图1a）。关于结构研究的基础7，8，9和生化实验1，9，10，SARS-COV-2似乎有一个RBD与高受体同源性高亲和力ACE2人类，雪貂，猫和其他物种结合7。

尽管以上分析表明SARS-CoV-2可能以高亲和力结合人ACE2，但计算分析预测相互作用并不理想7，并且RBD序列不同于SARS-CoV中显示的序列对于受体结合是最佳的7，11。因此，SARS-CoV-2突突蛋白与人ACE2的高亲和力结合很可能是在人或类似人的ACE2上自然选择的结果，它允许出现另一种最佳结合溶液。这有力的证据表明，SARS-CoV-2不是故意操纵的产物。

2.多元弗林蛋白酶切割位点和O-连接聚糖

SARS-CoV-2的第二个显着特征是在尖峰8的两个亚基S1和S2的交界处的多碱基切割位点（RRAR）（图1b）。这允许弗林蛋白酶和其他蛋白酶的有效切割，并在确定病毒感染性和宿主范围12中发挥作用。此外，在该站点的SARS-CoV-2中还插入了脯氨酸。因此，插入的序列是PRRA（图1b）。脯氨酸产生的转弯预计会导致向S673，T678和S686添加O-连接的聚糖，它们位于切割位点的侧面，是SARS-CoV-2特有的（图1b）。）。在相关的“谱系B”β冠状病毒中未观察到多价切割位点，尽管其他人类β冠状病毒，包括HKU1（谱系A），也具有这些位点并预测O-连接的聚糖13。考虑到尖峰的遗传变异水平，很可能会在其他物种中发现具有部分或全部多碱基切割位点的SARS-CoV-2样病毒。

SARS-CoV-2中多碱基切割位点的功能后果尚不清楚，因此，确定其对动物模型的可传播性和发病机制的影响将非常重要。SARS-CoV实验表明，在S1–S2连接处插入弗林蛋白酶切割位点可增强细胞间融合，而不会影响病毒的进入14。此外，MERS-CoV峰值的有效裂解使蝙蝠类MERS冠状病毒能够感染人细胞15。在禽流感病毒中，高密度鸡种群中的快速复制和传播选择了血凝素（HA）蛋白16中的多价裂解位点，其功能类似于冠状病毒刺突蛋白。通过插入或重组获得HA中的多元切割位点，可将低致病性禽流感病毒转化为高致病性16。在细胞培养物中反复传代或通过动物17后，也观察到了HA获得的多元切割位点。

预测的O-连接聚糖的功能尚不清楚，但它们可能会形成“粘蛋白样结构域”，从而屏蔽SARS-CoV-2穗蛋白18上的表位或关键残基。几种病毒利用粘蛋白样结构域作为涉及免疫逃避的聚糖屏蔽物18。尽管O联糖基化的预测是可靠的，但仍需要进行实验研究以确定这些位点是否用于SARS-CoV-2。

SARS-CoV-2起源的理论

SARS-CoV-2不可能通过实验室操作相关的SARS-CoV样冠状病毒而出现。如上所述，SARS-CoV的-2的RBD是用于与从那些先前预测的有效解决方案不同结合人ACE2优化7，11。此外，如果已经进行了遗传操作，则可能已经使用了可用于beta冠状病毒的几种反向遗传系统之一19。然而，遗传数据无可辩驳地表明，SARS-CoV-2并非源自任何先前使用的病毒主链20。相反，我们提出了两种可以合理解释SARS-CoV-2起源的方案：（i）在人畜共患病转移之前在动物宿主中进行自然选择；（ii）人畜共患病转移后人类的自然选择。我们还讨论了传代过程中的选择是否会引起SARS-CoV-2。

1.动物宿主在人畜共患病转移之前的自然选择

作为COVID-19的许多早期病例与桦南武汉市场1，2，可能的是，动物来源是目前在此位置。鉴于SARS-CoV-2与蝙蝠SARS-CoV样冠状病毒2相似，蝙蝠可能是其祖细胞的宿主。尽管从犀牛蝙蝠1中取样的RaTG13 与SARS-CoV-2总体上〜96 ％相同，但其刺突在RBD中发散，这表明它可能无法有效结合人ACE2 7（图1a）。

非法进口到广东省的马来亚穿山甲（Manis javanica）含有类似于SARS-CoV-2 21的冠状病毒。尽管在整个基因组1中，RaTG13蝙蝠病毒仍然最接近SARS-CoV-2 ，但一些穿山甲冠状病毒与RBD中的SARS-CoV-2表现出很强的相似性，包括所有六个关键RBD残基21（图1）。这清楚地表明，为结合人类ACE2而优化的SARS-CoV-2穗蛋白是自然选择的结果。

迄今为止采样的蝙蝠β冠状病毒和穿山甲β冠状病毒均不具有多碱基切割位点。尽管没有发现足够相似的动物冠状病毒作为SARS-CoV-2的直接祖先，但是蝙蝠和其他物种中冠状病毒的多样性被大量欠采样。冠状病毒的S1–S2连接附近可能发生突变，插入和缺失22，这表明多元裂解位点可以通过自然进化过程产生。为了使前体病毒同时获得多价裂解位点和适合与人ACE2结合的刺突蛋白突变，动物宿主可能必须具有较高的种群密度（以允许自然选择有效地进行）和编码ACE2与人类直系同源基因相似的基因。

2.人畜共患病转移后人类的自然选择

SARS-CoV-2的祖先有可能跳入人类，通过在未检测到的人类之间的传播过程中进行适应而获得了上述基因组特征。一旦获得，这些适应将使大流行起飞和产生箱子足够大的簇来触发检测到所述监视系统1，2。

到目前为止，所有测序的SARS-CoV-2基因组均具有上述基因组特征，因此也来自拥有它们的共同祖先。穿山甲中存在与SARS-CoV-2非常相似的RBD，这意味着我们可以推断出这也可能是跳到人类的病毒。这使得多价切割位点的插入发生在人与人之间的传播过程中。

根据目前的序列数据，对SARS-CoV-2的最新共同祖先的时间估计表明该病毒在2019年11月下旬至2019年12月上旬出现23，与最早的经回顾性确诊的病例一致24。因此，这种情况假设在最初的人畜共患病事件和获得多元裂解位点之间，存在一段无法识别的人类传播时期。如果以前发生过许多人畜共患事件，并在很长一段时间内产生了人与人之间的短链传播，则可能会产生足够的机会。对于MERS-CoV而言，这基本上是这种情况，所有人类病例都是病毒从单峰骆驼反复跳出，产生单一感染或传播途径短，最终解决而又不适应持续传播的结果25。

对堆积的人类样本的研究可以提供有关是否已经发生这种秘密传播的信息。回顾性血清学研究也可能是内容丰富，有几个这样的研究已经进行到呈现低水平暴露SARS冠状病毒般在中国的某些地区冠状26。然而，至关重要的是，这些研究无法区分暴露是否是由于先前感染SARS-CoV，SARS-CoV-2或其他SARS-CoV样冠状病毒引起的。应该进行进一步的血清学研究，以确定人类先前暴露于SARS-CoV-2的程度。

3.通过时的选择

涉及蝙蝠SARS-CoV样冠状病毒在细胞培养和/或动物模型中传代的基础研究已经在世界各地的生物安全2级实验室中进行了多年，27，并且有记载的SARS-CoV实验室逃逸的实例28。因此，我们必须检查实验室意外释放SARS-CoV-2的可能性。

从理论上讲，SARS-CoV-2有可能在适应细胞培养传代过程中获得RBD突变（图1a），正如在SARS-CoV 11研究中所观察到的。的发现SARS-CoV的状几乎相同可靠性框图从穿山甲冠状，然而，提供了SARS-CoV的-2如何经由重组或突变获取这些更强的和更简洁的说明19。

多元裂解位点和预测的O-连接聚糖的获得也反对基于文化的情况。仅在体外或体内低致病性禽流感病毒长时间传播后，才观察到新的多碱基切割位点17。此外，通过细胞培养或动物传代假想产生SARS-CoV-2将需要事先分离具有非常高遗传相似性的祖病毒，这尚未被描述。随后需要在具有ACE2受体的细胞培养物中或动物中重复传代多碱基切割位点，所述动物具有类似于人类的ACE2受体，但是这种工作以前没有被描述。最后，由于细胞培养传代，预测的O-连接聚糖的生成也不大可能发生，因为这种特征表明免疫系统的参与18。

结论

在全球COVID-19公共卫生紧急情况中，有理由怀疑大流行病的起因是什么。对动物病毒如何越过物种边界来如此有效地感染人类的详细了解将有助于预防未来的人畜共患病事件。例如，如果SARS-CoV-2已预先适应另一种动物，则存在将来再次出苗事件的风险。相反，如果适应性过程发生在人类中，则即使发生了重复的人畜共患病转移，如果没有相同的一系列突变，它们也不可能起飞。此外，鉴定在动物中传播的SARS-CoV-2的最亲近的病毒亲属将极大地有助于病毒功能的研究。确实，RaTG13蝙蝠序列的可用性帮助揭示了关键的RBD突变和多碱基切割位点。

这里描述的基因组特征可以部分解释SARS-CoV-2在人类中的传染性和传播性。尽管有证据表明SARS-CoV-2不是故意操纵的病毒，但目前尚无法证明或反驳此处描述的其起源的其他理论。但是，由于我们在自然界中的相关冠状病毒中观察到了所有值得注意的SARS-CoV-2特征，包括优化的RBD和多碱基切割位点，因此我们认为任何类型的基于实验室的情况都是不合理的。

更多的科学数据可能使证据的平衡偏向于一种假设胜过另一种假设。从动物来源获得相关的病毒序列将是揭示病毒起源的最确定的方法。例如，将来观察到来自动物的SARS-CoV-2-like病毒中的中间或完全形成的多价切割位点将为自然选择假说提供进一步的支持。获得有关SARS-CoV-2的更多遗传和功能数据，包括动物研究，也将有所帮助。同样，对SARS-CoV-2潜在中间宿主的鉴定以及对非常早期病例的病毒测序也将具有很高的信息意义。无论SARS-CoV-2通过自然选择起源的确切机制如何，

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