ggtree自己学习过程

一、获得数据

  从mega中获得进化树的数据，数据格式为nwk格式数据

1.利用mega构建进化树

   1.将蛋白质序列fasta格式文件直接拖进软件主界面，Ctrl+A，选择Alignment - Align by ClustalW，参数默认就行，然后进行比对，得到结果后到处结果为.meg格式文件。
   2.将.meg文件直接拖进软件主界面，点击图片上方框处，replications选择500，然后就能构建好，到处为.nwk文件格式就是我们所需要的格式

二、创建对分支进行命名文件

  对分支进行命名文件，创建csv文件，创建label和group两栏，group是为了之后进行美化调色有用的

library(treeio);
library(ggplot2);


tree<-read.newick("Export.nwk",node.label = "support")
tip.group<-read.csv("name_group.csv")
tip.group
library(ggtree);
tree.a<-full_join(tree,tip.group,by="label");
ggtree(tree.a,branch.length = "none",size=1.5,aes(color=group))+    #branch.length = “none”表示的是树的右边对齐
  geom_tiplab(size=7)+    #aes(color=group)表示依据csv中的分组进行颜色    geom_tiplab()表示的是右边标签，右边标签可以进行字体fontface（），字号size（），等进行优化
  theme_tree2()+    #显示坐标
  xlim(NA,10)+   #横坐标最大为10
  theme(legend.position = "none")+    #对应的标去掉
  scale_color_manual(values = c("pink","blue"))    #对颜色进行映射,要是左边的枝条是空的话，就可以加上na.value = "black"

得到的图

引自
https://www.bilibili.com/video/BV1QR4y1J7Ts?spm_id_from=333.1007.top_right_bar_window_custom_collection.content.click