python 调用R脚本（rpy2）

rpy2安装

所需要的python 库 ：rpy2
环境背景：在Linux环境下，python环境中已经同时安装了R环境，所以直接输入以下命令安装成功就好啦，并不用配置环境变量之类的。

pip install rpy2

rpy2的使用

具体可以参考这个链接：https://blog.csdn.net/qq_31342997/article/details/89428158

python对象转为R对象

robjects.StrVector()#字符
robjects.IntVector()#整数
robjects.FloatVector()#浮点
robjects.complexVector()#复数
robjects.FactorVector()#因子
robjects.BoolVector()#布尔向量
robjects.ListVector()#列表

example：

R_a = robjects.StrVector(a)
R_b = robjects.StrVector(b)

a ,b为python的字符列表

python调用R脚本的使用

python 代码

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects import numpy2ri
numpy2ri.activate() # From numpy to rpy2
robjects.r.source('./Rtest.R')
r2py = robjects.r.funx(data,R_a,R_b)

funx是R脚本中的函数，data,R_a,R_b 为R脚本中的函数的参数

R脚本代码：

funx = function(data,R_a,R_b){
#以下函数内容，就不举例啦~
return R_list
}

PS：踩过的小坑，R脚本的后缀一定要是.R，因为在jupyter 里新建R文件，后缀为.ipynb。一定要手动修改后缀：.ipynb→.R

numpy2ri

numpy2ri.activate() 可将python中的numpy object 转为rpy2 objects ，以便在调用R脚本时，传入的参数满足R的object要求

From numpy to rpy2 The activation (and deactivation) of the automatic
conversion of numpy objects into rpy2 objects can be made with:

from rpy2.robjects import numpy2ri
numpy2ri.activate()
numpy2ri.deactivate()