云雨图【R 语言】

万木春❀

已于 2022-09-29 16:51:41 修改

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分类专栏：生信可视化 R or Pyhon 文章标签： r语言数据挖掘

于 2022-08-30 16:41:33 首次发布

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什么是云雨图

在这里插入图片描述
不管它叫啥，就是一种对数据的可视化方法，可同时描述数据的概率密度和统计量。

为什么使用云雨图

当我们获得几组数据的时候，想看一看他们的统计量，在R中可以使用命令：summary() ，会将五分位数和均值等输出到「Console」。但是相比于文字，一般人对图像的理解要更好，所以可以使用**箱线图（BoxPlot）**展示其统计量（下左），这时就会出现一个问题，（下左）几个箱线图似乎都一样，难道意味着这些组数据都一样？当我们把原始数据点添加上去（下右），就会发现数据之间的不同：数据的分布密度是不一样的。
在这里插入图片描述

这个时候就可以使用「 小提琴图（ViolinPlot）」描述数据的分布密度：

在这里插入图片描述

这时，有人就把这些东西都集合到了一起：云雨图（RainCloud Plot），一半儿的小提琴 + 箱线图 + 数据点

例子 R

需要的「R Packages」：ggdist、 tidyquant、 tidyverse

需要的「数据集」：mpg （源自ggplot2）

加载需要的工具和数据：

# LIBRARIES ----
library(ggdist)
library(tidyquant)
library(tidyverse)

# DATA -----
mpg

筛选数据，并新建一个「ggplot2」的画布（Canvas）

mpg %>%
    filter(cyl %in% c(4, 6, 8)) %>%
    ggplot(aes(x = factor(cyl), y = hwy, fill = factor(cyl)))

画上一半儿的小提琴：ggdist::stat_halfeye()

# add half-violin from {ggdist} package
ggdist::stat_halfeye(
        ## custom bandwidth
        adjust = 0.5,
        ## move geom to the right
        justification = -.2,
        ## remove slab interval
        .width = 0,
        point_colour = NA
    )

在这里插入图片描述

加上箱线图： ggplot2::geom_boxplot() ，限制宽度和不透明度

geom_boxplot(
        width = .12,
        ## remove outliers
        outlier.color = NA,
        alpha = 0.5
    )

在这里插入图片描述

添加原始数据点：ggdist::stat_dots()

# Add dot plots from {ggdist} package
    ggdist::stat_dots(
        ## orientation to the left
        side = "left",
        ## move geom to the left
        justification = 1.1,
        ## adjust grouping (binning) of observations
        binwidth = .25
    )

在这里插入图片描述

6.「微」调细节：tidyquant::theme_tq() + coord_flip()

scale_fill_tq() +
    theme_tq() +
    labs(
        title = "Raincloud Plot",
        subtitle = "Showing the Bi-Modal Distribution of 6 Cylinder Vehicles",
        x = "Engine Size (No. of Cylinders)",
        y = "Highway Fuel Economy (MPG)",
        fill = "Cylinders"
    ) +
    coord_flip()

在这里插入图片描述

完整代码「R」

# LIBRARIES ----
library(ggdist)
library(tidyquant)
library(tidyverse)

# DATA -----
mpg

# RAINCLOUD PLOTS ----
# Powerful for visualizing modality of distributions

mpg %>%
    filter(cyl %in% c(4, 6, 8)) %>%
    ggplot(aes(x = factor(cyl), y = hwy, fill = factor(cyl))) +

    # add half-violin from {ggdist} package
    ggdist::stat_halfeye(
        ## custom bandwidth
        adjust = 0.5,
        ## move geom to the right
        justification = -.2,
        ## remove slab interval
        .width = 0,
        point_colour = NA
    ) +
    geom_boxplot(
        width = .12,
        ## remove outliers
        outlier.color = NA,
        alpha = 0.5
    ) +
    # Add dot plots from {ggdist} package
    ggdist::stat_dots(
        ## orientation to the left
        side = "left",
        ## move geom to the left
        justification = 1.1,
        ## adjust grouping (binning) of observations
        binwidth = .25
    ) +
    # Adjust theme
    scale_fill_tq() +
    theme_tq() +
    labs(
        title = "Raincloud Plot",
        subtitle = "Showing the Bi-Modal Distribution of 6 Cylinder Vehicles",
        x = "Engine Size (No. of Cylinders)",
        y = "Highway Fuel Economy (MPG)",
        fill = "Cylinders"
    ) +
    coord_flip()