从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据

已于 2025-01-15 09:16:16 修改
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分类专栏： 生物信息学基础 文章标签： 数据库 oracle mysql
于 2024-03-20 09:35:49 首次发布
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前言

事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑
wx_gzh: 猪猪的乌托邦

什么是SRA

全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
在这里插入图片描述
SRA数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 专注于存储来自各种平台（如Illumina、Ion Torrent、PacBio等）生成的测序数据。这些测序技术生成大量的原始序列数据，通常被称为 reads，可用于各种生物学和生物医学研究目的。SRA数据库提供了一个全面的基础设施来组织、存储和检索测序数据。它支持数据压缩技术以优化存储空间同时保持数据完整性。存储的数据带有重要的元数据注释，包括：实验详细信息，样本信息，测序平台，文库制备方法。确定了所需的数据集，用户可以下载原始测序数据，使用喜欢的生物信息学工具和 pipeline 进行分析。

从SRA检索数据

用户可以通过NCBI网站或通过应用程序接口（APIs）访问SRA数据库。这两种方法都提供了强大的搜索功能，用户可以根据关键词、访问号、研究详情、生物信息或实验属性等找到特定数据集。

在线检索

SRA数据库提供灵活的搜索功能，包括但不限于：关键词，数据访问标识、高级搜索构建器。确保用户可以高效地找到研究所需数据集。

关键词

用户可以在SRA数据库主页的搜索框中输入关键词⤴。可以包括基因、物种、疾病、实验条件或任何其他相关信息。数据库将返回与提供关键词匹配的结果。例如，搜索：bumble bee worker
在这里插入图片描述
如果要缩小搜索结果范围，可以利用搜索结果页面右侧和左侧的各种过滤器。
在这里插入图片描述

数据的 ACCESSION IDs

如果，已经知道要查找的数据集具体的 ACCESSION IDs 或研究名称，可以直接输入这些标识符到搜索框中。这样可以快速检索所需的数据集，无需进行大量的关键字搜索。

Note

  • STUDY，以SRP#、ERP#、DRP#开头
  • SAMPLE，以SRS#、ERS#、DRS#开头
  • EXPERIMENT，以SRX#、ERX#、DRX#开头
  • RUN，以SRR#、ERR#、DRR#开头
  • PROJECT，以PRJNA#、GSE#开头的标识符

ACCESSION IDs 的第一个字母表示数据库源 - 分别为SRA、EBI或DDBJ

例如，刚读了个文章，挺有意思的，想下载它的数据，文章里写着，可以在项目PRJNA730495下获得数据，那么：
在这里插入图片描述
这一次，搜索结果显示与该 Project 相关的所有项目。在页面顶部，还会显示相关的数据集等等
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小练习

高级检索

SRA数据库提供高级搜索功能，允许用户构建更复杂和定制的搜索。可以点击搜索框下方的“advance”，即可访问高级搜索构建器。利用此工具，用户可以创建复杂的查询，以检索符合其特定要求的数据集。

Tip：搜索条件复杂或需要根据多个条件限制搜索时，高级检索很有用

在这里插入图片描述
高级搜索包括多个字段和过滤器，用户可以结合使用这些内容构建查询。这些内容包括：

  • 关键词， Keywords：输入与其研究兴趣相关的具体关键词。
  • 过滤器，Filters：如物种、平台、研究类型、文库来源、仪器型号等，缩小搜索范围。
  • 运算符，Operators：使用逻辑运算符 AND、OR 和 NOT 结合搜索项，创建更精确的查询。
    具体参考 官方 SRA 文档

获取 Run Accessions SRR# 标识符

这个在平时用的比较多，经常看到文章项目下列举了一系列的SRR* Identifiers，可以用于从SRA数据库下载原始测序数据，获取方式：

  • A 在线SRA搜索结果（Search results）
  • B 在线SRA运行选择器（Run Selector）(推荐)
  • C 命令行工具
    在这里插入图片描述

A. SRA Search Results 【例子】

在这里插入图片描述
搜索框中搜索 ACCESSION ID，查看搜索结果并勾选要下载的项目。然后在页面顶部：点击 “Send to” ，选中**“File”，从下拉菜单中选择“Accession List”**，点击 “Create File” 下载文件，保存到要下载原始数据的位置（比如，运行 SRA Toolkit 的位置），默认情况下，下载的文件名为Sra_Acc_List.txt，包含一列：

SRR14567204
SRR14567205
SRR14567206
SRR14567207
SRR14567208
...

B. SRA Run Selector

在这里插入图片描述
上图所示，在SRA数据库搜索了项目之后，最上方会有一行提示（红色框框），直接点击那个**“Send results to Run selector”**，后面操作也比较简单，可以下载 AccessionList 文件SRR_Acc_List.txt，然后用 Sra-Toolkit 下载（比较建议）。当然也可以如下图：
在这里插入图片描述
比如，选择一个，直接下载原始的FASTQ/A等，但是有数据大小限制……好像是5G，忘记了……

C. 命令行工具

使用 esearch 和 efetch，嗯，就是在NCBI Entrez Direct utilities中的，也叫 E-utilities。

Note :
esearch 用于查询各种 NCBI 数据库，包括 SRA 数据库，检索特定信息或搜索结果。
efetch 配合 -format runinfo 参数，将检索匹配数据集的信息，包括运行访问权限。

直接安装 (E-utilities)

安装和使用方法详见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/#chapter6_Getting_Started

用法：

esearch -db sra -query "your search terms" | efetch -format runinfo

例子： 检索项目 PRJNA730495

esearch -db sra -query PRJNA730495 | efetch -format runinfo > runinfo.csv

得到的结果大概：

Run,ReleaseDate,LoadDate,spots,bases,spots_with_mates,avgLength,size_MB,AssemblyName,download_path,Experiment,LibraryName,LibraryStrategy,LibrarySelection,LibrarySource,LibraryLayout,InsertSize,InsertDev,Platform,Model,SRAStudy,BioProject,Study_Pubmed_id,ProjectID,Sample,BioSample,SampleType,TaxID,ScientificName,SampleName,g1k_pop_code,source,g1k_analysis_group,Subject_ID,Sex,Disease,Tumor,Affection_Status,Analyte_Type,Histological_Type,Body_Site,CenterName,Submission,dbgap_study_accession,Consent,RunHash,ReadHash
SRR14567204,2021-06-25 18:25:06,2021-05-17 12:50:50,22110877,4422175400,22110877,200,1750,,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos3/sra-pub-zq-24/SRR014/14567/SRR14567204/SRR14567204.lite.1,SRX10910477,,RNA-Seq,cDNA,TRANSCRIPTOMIC,PAIRED,0,0,ILLUMINA,Illumina HiSeq 4000,SRP320091,PRJNA730495,3,730495,SRS9000934,SAMN19232003,simple,207648,Bombus terricola,GSM5319034,,,,,,,no,,,,,GEO,SRA1233078,,public,EEDE9E10B2038FD62970B54B892532EE,C9297792C29DD79798BDE466149A11C3
SRR14567205,2021-06-25 18:25:06,2021-05-17 12:54:45,25106715,5021343000,25106715,200,1975,,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos3/sra-pub-zq-24/SRR014/14567/SRR14567205/SRR14567205.lite.1,SRX10910478,,RNA-Seq,cDNA,TRANSCRIPTOMIC,PAIRED,0,0,ILLUMINA,Illumina HiSeq 4000,SRP320091,PRJNA730495,3,730495,SRS9000933,SAMN19232002,simple,207648,Bombus terricola,GSM5319035,,,,,,,no,,,,,GEO,SRA1233078,,public,179BB8F87C8E7AEA09AFD31EA47B17CB,15F09D8C96B02C734C1FD0701A5BACF9
SRR14567206,2021-06-25 18:25:06,2021-05-17 12:54:14,21165129,4233025800,21165129,200,1624,,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos3/sra-pub-zq-24/SRR014/14567/SRR14567206/SRR14567206.lite.1,SRX10910479,,RNA-Seq,cDNA,TRANSCRIPTOMIC,PAIRED,0,0,ILLUMINA,Illumina HiSeq 4000,SRP320091,PRJNA730495,3,730495,SRS9000935,SAMN19232001,simple,207648,Bombus terricola,GSM5319036,,,,,,,no,,,,,GEO,SRA1233078,,public,F59A9C00EED65826E0F40DF85CA0E512,F76970E0700A354530E7C0F28B0E0599
SRR14567207,2021-06-25 18:25:06,2021-05-17 12:53:18,22777492,4555498400,22777492,200,1775,,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos3/sra-pub-zq-24/SRR014/14567/SRR14567207/SRR14567207.lite.1,SRX10910480,,RNA-Seq,cDNA,TRANSCRIPTOMIC,PAIRED,0,0,ILLUMINA,Illumina HiSeq 4000,SRP320091,PRJNA730495,3,730495,SRS9000936,SAMN19232000,simple,207648,Bombus terricola,GSM5319037,,,,,,,no,,,,,GEO,SRA1233078,,public,9A865DAAC8CB2F9336A553C44D371CCB,509CFAFFD98F8877B09D19E31305F0EE
...

当然也可以把其中的 SRR# 标识符单独拎出来：

esearch -db sra -query PRJNA730495 | efetch -format runinfo | cut -d "," -f 1 > SRR.numbers

结果大概这样：

SRR14567204
SRR14567205
SRR14567206
SRR14567207
...

下载 SRA 数据文件

有了**SRR#**号之后，有三种使用命令行的下载方式：1. 使用 SRA ToolKit (推荐)；2. 使用 Linux 命令行工具；3. 使用 Aspera Connect

使用 SRA ToolKit ：

比较关键的就是安装，详见：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 或者 Sra-ToolKit的安装使用，当工具安装好了，或者用的服务器、超算上有，则直接用。
ToolKit 中包含的工具挺多的哈，包括：prefetch、fastq-dump、sam-dump、vdb-validate、vdb-config、fasterq-dump。
在这里插入图片描述
简单的讲，就是从下载（prefetch）到格式转换（fastq-dump、sam-dump）到检查数据完整性（vdb-validate）到升级版、对大数据下载优化（fasterq-dump）的集合。
操作简单，比如想下载SRR447882下的文件，可以使用两种方式，一是使用 prefetch 下载.sra文件然后使用 fastq-dump转成FASTQ格式的文件，二是直接使用 fastq-dump 从下载到格式转换一条龙：fastq-dump SRR447882。

下载数据之前要搞清楚，作者上传的是什么格式，测序双端还是单端啊，等等

我大多数的时候，在获取 Sra_Acc_List.txt 后，直接：

cat Sra_Acc_List.txt|while read sra;do (nohup fastq-dump --split-files $sra > sra.log 2>&1 &);done

但是需要一定的计算资源

使用 Linux 命令行

我感觉前一种方式（SRA ToolKit）也算……
但是，接下来介绍的可能更存粹一些……

其实哈，在2019年10月11日的时候，NCBI团队就开始推荐大家使用 SRA ToolKit下载数据了，详见 Users of the SRA FTP site: Try the SRA Toolkit!,
所以哈…其实嗯……还是整理一下吧…

下载东西哈，Linux的内置工具，无非就是 wget 或者 curl，只要提供正确的下载地址就可以。数据下载链接的规则也不难，就是：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRRNNNNNN
PS：据说很久以前是http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=dload&run_list=SRRNNNNNN&format=fastq
只要把SRRNNNNNN的部分替换成自己需要的 SRR# ID 就行了。比如：

wget https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRR14567204
# 或者
curl -O https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRR14567204
# 或者有了 ID List
while read line; do 
wget https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=${line}; 
done < list_of_ids

咋说呢，这种方式下载比较慢，好像文件太大还不行，5G？所以还是用 SRA ToolKit 吧

使用 Aspera Connect

说实话哈，我也不知道咋翻译，所以，哈哈哈…Aspera 使用高速文件传输技术，能够在现有的广域网(WAN)基础设施上快速传输大文件和数据集。（这东西不知道国内有没有限制…没用过）
这个东西下载数据的时候，默认是酷酷都怼到家目录，如果家目录空间不够还得这样：

cd ~
mkdir -p /project/storage/your_dir/ncbi
ln -s /project/storage/your_dir/ncbi

再这样：

prefetch --max-size 100G --transport ascp --ascp-path "/path/to/aspera/3.6.2/bin/ascp|/path/to/aspera/3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRRNNNNNN

下咋好的目录结构大致：

ncbi
└── public
    └── sra
        ├── SRR006189.sra
        └── SRR006190.sra

还得类似这样转换格式：

for sra file in ~/ncbi/public/sra/*; do
fastq-dump --split-files --origfmt --gzip ${sra};
done

所以哈，还是推荐 SRA ToolKit

一个现成的例子

全程使用命令行：

  1. 获取SRR：esearch -db sra -query PRJNA730495 | efetch -format runinfo |cut -d "," -f 1 > SRR.numbers
  2. 下载：parallel --jobs 4 "fastq-dump --split-files --origfmt --gzip {}" ::: SRR.numbers
    或者整理成一个Script：
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --time=01:00:00

module load sratoolkit
module load parallel

project='PRJNA730495'

esearch -db sra -query $project | efetch -format runinfo > runinfo.csv
cat runinfo.csv | cut -d "," -f 1 > SRR.numbers
cat SRR.numbers | parallel fastq-dump --split-files --origfmt --gzip -X 1000 {}

运行：sbatch download_raw_samples.sh

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SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera） 这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复。谢谢大家。 本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。按照本文下载SRA数据，需要提前安装Linux系统（常用CentOs或Ubuntu）。需要一定的Linux系统的操作命令认识以及生信知识（包括NCBI数据库检索等）。 SRA简识 SRA数据：一种储存高通量测序数据格式。高通量测序：即NGS和TGS，通常数据产出在几十到几百MB不等 各种检索号 PRJNA：study
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