前言
autodock vina可以实现批量分子对接。核心软件除了下面两个,还有autodock tools(蛋白质预处理)以及pymol(可视化)。但是核心对接的只有两个openbabel(处理小分子),autodock vina(进行对接)。本帖子只关注这两个的安装。若在windows上也有conda环境,那么安装也是和下面的一样的
1.autodock vina的快速安装
切记要创建好环境!再安装,否则系统报废。
conda create -n vina #创建环境,切记!,否则会干扰系统!
conda activate vina #开启环境
conda install -c conda-forge vina #使用conda快速安装,注意使用的channel很重要,要是速度不行去网上找合适的channel
conda deactivate #安装完成后退出环境,下次使用请激活环境
2.openbabel的快速安装
切记要创建好环境!再安装,否则系统报废。
conda create -n openbabel #创建环境
conda activate openbabel #激活环境,切记否则会把系统搞得一团糟!
conda install openbabel -c conda-forge #
conda deactivate #安装好后离开
3.我使用的channel
Channels:
- conda-forge
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- defaults
#这几个channel是可以用的,问一下AI,看看怎么弄到自己的channel上吧