快速安装Linux版本的Autodock tools（常用于加氢、加电荷）

1、前言

        上一期介绍了安装autodock vina以及openbabel的快速办法。openbabel其实就已经可以实现蛋白以及配体的加氢、加电荷了。使用linux版本的autodock tools也可以实现这个操作，且有报道说使用这个更适合为蛋白以及小分子加氢加电荷。所以我也整理了一下安装过程。

2、安装方法

wget -c http://mgltools.scripps.edu/downloads/downloads/tars/releases/REL1.5.6/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz #也可以登录如这个地址，自己手动下载下来，再传到Linux上，我用wget下载有点失败
tar -xzvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz   # 解压缩软件包
cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.6                 # 进入目录
bash install.sh                                # 执行安装程序
## 修改prepare_ligand4.py文件
vim /root/software/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py
##将文件第一行改为：
#!/root/software/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/python #注意啊，自己的环境中这个python不一定在software下，所以需要换到自己的确切的地址下，这个命令很重要，是用于默认Python解释器的

3、路径设置

        我们常用下述的这个命令。该命令是需要完成的路径才能使用的。如下。这样太麻烦了

python /root/software/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.pyprepare_ligand4.py 

        因此需要将其放到默认路径中，这样的话，用起来会很简洁，配置如下

export PATH="/root/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24:$PATH"
source ~/.bashrc

        之后使用就不需要老长了只需要用：

prepare_ligand4.py #后面当然要接上其他命令，这里的意思是不需要前面那一串地址了，也能用这个程序了

 就可执行相关命令，不再需要输入很长的地址了

4、后记

        不在乎流量，只是希望自己记录下来，之后又用到的时候还能当作笔记查看。若能遇到志同道合的人，那就更好了。