Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接（详细讲解）

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linux系统为centos7.0

一、linux安装AutoDockTools（MGLTools）

按照下面操作安装AutoDockTools（MGLTools）

1. 下载安装包，链接（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/），我的linux系统是64位，下载红色标记，拷贝入linux目标文件夹下（建议在桌面或者Home目录下新建一个放软件包的文件夹）。

2. shell终端进行安装：

a. 终端进入安装包所在文件夹，并获取root权限；赋予代码安装权限；

cd /home/...    #目标文件夹，根据目标程序文件位置进行更改
su    #获取root权限
chmod 777 mgltools_Linux-x86_64_1.5.6_Install    # 赋予代码安装权限
./mgltools_Linux-x86_64_1.5.6_Install    #安装软件

b. 运行安装：

./mgltools_Linux-x86_64_1.5.6_Install   #运行安装

c. 配置环境变量：

gedit ~/.bashrc    #配置环境变量

或者

vi ~/.bashrc #配置环境变量

        终端输入上面指令后会跳出一个环境变量文本对话框，在末尾加入下面代码（键盘输入i进入编辑模式），路径改成软件安装的目标文件夹下（注意：这里不是安装包所在位置）：

        export PATH=$PATH:/home/Carlos/MGLTools-1.5.6/bin         #写入bashrc文件保存 

source ~/.bashrc    #刷新环境变量

         刷新应用环境变量

d. 测试如下：        

adt    #运行程序

         表明可以正常打开，安装完成，如果报错，请看d

e. 报错可能是某些必须库或者运行环境缺失，根据提示安装即可，比如我的centos7.0系统就缺少mesa-libGLU，所以需要补充安装，通过下面命令安装，最后再次运行adt即可成功。

su    #进入超级命令
yum inatall mesa-libGLU    #安装libGLU

二、linux安装AutoGrid和AutoDock包

1. 下载安装包，链接（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/Download AutoDock4 – AutoDockhttps://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/），下载红色标记，拷贝入linux目标文件夹下。

 

 2. 解压压缩包，通过tar -xvf autodocksuite-4.2.6-x86_64Linux2.tar解压,得到文件夹里含有autogrid4和autodock4文件，由于该软件已经提前编译，可直接使用：

        每次需要将计算文件和该程序放在一个文件夹下，用下面方法调用：

        调用grid：  ./autogrid4 -p xxx.gpf -l xxx.glg

        调用dock：./autodock4 -p xxx.gpf -l xxx.glg

        不过，为了方便使用，强烈建议将其放入命令根目录，即把它们转移到/usr/bin路径下即可。以后每次调用就可以直接通过：

        （调用grid：  autogrid4 -p xxx.gp