一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(七)

本文档详细介绍了如何复现一篇关于临床模型预测的五分生物信息学文章,特别是Figure 10中涉及的机制分析和肿瘤免疫浸润研究。通过差异表达基因筛选、生存分析、基因富集及Logistic回归等方法,构建并验证预测模型。利用GSVA、GSEA等工具进行机制探讨,并通过For循环评估通路的显著性差异,为后续的肿瘤免疫研究提供基础。
摘要由CSDN通过智能技术生成

 

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

  • 9
    点赞
  • 11
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 0
    评论
生信分析中,`t.test` 函数在R语言中用于执行独立样本的t检验,主要用于比较两个样本平均值是否有显著差异。其基本语法如下: ```r t.test(x, y = NULL, alternative = "two.sided", mu = 0, var.equal = FALSE, paired = FALSE, conf.level = 0.95, ..., trim = 0, na.rm = TRUE, exact = FALSE) ``` 参数说明: - `x` 或 `y`: 要比较的数值向量,如果只有一个变量,则视为单样本;如果有两个,则进行双样本比较。 - `alternative`: 检验假设,默认为"two.sided",即两侧检验(两尾),还有"greater"(单侧,上侧)和"less"(单侧,下侧)。 - `mu`: 默认为0,表示零假设,即两平均值相等。 - `var.equal` (布尔): 如果设为`TRUE`,则假定两数据方差相等,否则会计算分母更复杂的Welch's t检验。 - `paired` (布尔): 是否为配对样本检验,默认为`FALSE`。 - `conf.level`: 显著性水平,默认为95%,即置信度。 - `trim` (数字): 对两端指定比例的数据进行截断,避免异常值影响结果。 - `na.rm` (布尔): 是否删除缺失值,默认删除。 - `exact` (布尔): 对于小样本,是否进行精确p值计算,默认为`FALSE`,使用连续近似。 使用这个函数时,通常需要先准备好要对比的两个变量,然后根据研究目的选择适当的参数设置。例如,比较学生分数的均值差异可以这样操作: ```r # 假设有两个样本数据,分别存储在 vectors x 和 y 中 scores_x <- c(85, 92, 78, 90) scores_y <- c(88, 86, 90, 94) # 进行t检验 t_test_results <- t.test(scores_x, scores_y) summary(t_test_results) # 查看结果摘要 ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

楷然教你学生信

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值