qiime2 过滤feature qiime feature-table filter-features

本文介绍了如何使用qiime工具进行生物信息学数据分析时,过滤特征(如微生物菌群)的两种策略。一是通过设置参数`--p-min-frequency 10`来移除总丰度小于10的特征,二是利用`--p-min-samples 2`参数删除仅存在于少数样本中的特征。这些方法有助于去除噪声,提高后续分析的准确性。
摘要由CSDN通过智能技术生成
参数10的意思是:删除总丰度(在所有样本中求和)小于10的所有特征
问题:一般按照过滤0.01% 0.02%这些,是过滤不了的。
Methods:?
qiime feature-table filter-features \
  --i-table table.qza \
  --p-min-frequency 10 \
  --o-filtered-table feature-frequency-filtered-table.qza
原文:This filter can be applied to the feature axis to remove low abundance features from a table. For example, you can remove all features with a total abundance (summed across all samples) of less than 10 as follows.

在这里插入图片描述

按出现在多少样本,过滤掉feature。例如按照20%,100个样本 需要填入20.

qiime feature-table filter-features \
  --i-table table.qza \
  --p-min-samples 2 \
  --o-filtered-table sample-contingency-filtered-table.qza
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