R绘制稀释曲线

利用丰度表,抽平、绘制稀释曲线
(TAO代码1)

问题描述

问题1:

计算 输出 diversity_rarefaction 时报错在这里插入图片描述

问题2:

利用geom_smooth拟合曲线时报错
在这里插入图片描述

原因分析及解决方案:

问题1:

在抽平时,需将depth设置成最大的测序深度(或者不超过最大值),即计算多样性时的depth值。

问题2:

这个是警告,看起来没啥问题
警告的原因是因为有空值—可能有的样品测序量太少了,可能有的样品测序量太少了
即 目前的生成的稀释曲线的条数是小于样品数的,但是不能拟合的那几条不影响其他的,所以只是警告

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