安装CellChat包错误

代码:devtools::install_github("sqjin/CellChat")

错误:

Error in library(package, pos = pos, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,  : 
  不存在叫‘CellChat’这个名字的程辑包

解决过程:

首先从GitHub上安装包需要使用devtools工具,先运行:library(devtools)

再次报错:

ERROR: dependency 'BiocNeighbors' is not available for package 'CellChat'
* removing 'C:/Users/15434/AppData/Local/R/win-library/4.2/CellChat'
Warning message:
In i.p(...) :
  安装程序包‘C:/Users/15434/AppData/Local/Temp/RtmpEl8ZaG/file552011c77644/CellChat_1.6.1.tar.gz’时退出狀態的值不是0

错误提示,安装失败,将CellChat源包放在C:/Users/15434/AppData/Local/Temp/RtmpEl8ZaG/file552011c77644/CellChat_1.6.1.tar.gz目录下(已经下载了,不过安装失败),根据路径找到下载的源包,进行手动安装:

install.packages("D:/R Packaeg/CellChat_1.6.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "C:/Users/15434/AppData/Local/R/win-library/4.2")

记住后缀是.tar.gz

又报错。。。

ERROR: dependency 'BiocNeighbors' is not available for package 'CellChat'
* removing 'C:/Users/15434/AppData/Local/R/win-library/4.2/CellChat'
Warning in install.packages :
  安装程序包‘D:/R Packaeg/CellChat_1.6.1.tar.gz’时退出狀態的值不是0

原来运行Cellchat,需要安装BiocNeighbors包,先安装BiocNeighbors,然后从重新安装Cellchat:

BiocManager::install("BiocNeighbors")
install.packages("D:/R Packaeg/CellChat_1.6.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "C:/Users/15434/AppData/Local/R/win-library/4.2")

最后运行:

library(CellChat)

成功解决!

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