手动给线粒体基因加上“MT-“前缀

最新推荐文章于 2024-09-13 14:35:20 发布

weixin_50454412

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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_50454412/article/details/136201167

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本文介绍了在单细胞研究中如何查询和处理线粒体基因，包括从相关数据库获取特定物种的线粒体基因ID，以及如何在feature.tsv文件中添加前缀并转换为.gz文件以便计算线粒体比例。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、首先查询该物种的线粒体基因有哪些：

也可以从帖子上找：猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因 - 知乎 (zhihu.com)

从中我便找到了线粒体基因：

mt.genes=c('ENSSSCG00000018065','ENSSSCG00000018069',
     'ENSSSCG00000018075','ENSSSCG00000018078','ENSSSCG00000018080',
     'ENSSSCG00000018081','ENSSSCG00000018082','ENSSSCG00000018084',
     'ENSSSCG00000018086','ENSSSCG00000018087',
     'ENSSSCG00000018091','ENSSSCG00000018092','ENSSSCG00000018094')

（再次感谢jimmy老师！）

二、打开单细胞文件的feature.tsv文件，将上述ID对应的基因名加前缀"MT-"

保存为.gz文件，替换原来文件

就可以正常计算线粒体比例啦