【教程】在Radmixture运行无标杆成分名的任意祖源计算器的方法

本文介绍一个使用radmixture程序计算个人祖源方法,如果您做过芯片级基因检测并下载了原始数据(raw data)文件,这篇教程将会给你带来很大的帮助。


一、准备工作

1. 下载自己的基因原始数据。如果您做的是普通的芯片测序,这需要从对应测序机构的网站提供的下载路径与方法的查找;如果您做的是全基因组测序,则先提取BAM/CRAM文件的数据到TXT/CSV的芯片格式里,再进行后续操作即可。

下载、安装R语言。建议从官网下载安装包:https://www.r-project.org/

2. 下载并解压Admixture Studio程序:

https://dnagenics.com/admixture-studio/

部分电脑可能不支持该软件,这需要安装缺少的系统文件来使程序顺利打开。本教程以Lukasz Macuga的LM Genetics K47祖源计算器为例(后文将直接简称为K47)。打开Admixture Studio后在左下方的列表框中选择一个计算器,点击RUN下载并运行计算器。这会同时运行Admixture Studio里的祖源计算器并产生结果,但是这不属于此教程的范围,所以您也可以在计算器下载完后就直接关闭Admixture Studio,主要内容先看后文。(注:如果您能够从其它来源下载到祖源计算器文件的话,也可以直接用而不通过Admixture Studio下载)

3. 接下来在Office Excel或WPS表格中操作(如果您掌握了编程,也可以用更好的方法来替代此方法):

(1) 打开计算器文件所在文件夹,并复制

  • 0
    点赞
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值