本文介绍一个使用radmixture程序计算个人祖源方法,如果您做过芯片级基因检测并下载了原始数据(raw data)文件,这篇教程将会给你带来很大的帮助。
一、准备工作
1. 下载自己的基因原始数据。如果您做的是普通的芯片测序,这需要从对应测序机构的网站提供的下载路径与方法的查找;如果您做的是全基因组测序,则先提取BAM/CRAM文件的数据到TXT/CSV的芯片格式里,再进行后续操作即可。
下载、安装R语言。建议从官网下载安装包:https://www.r-project.org/
2. 下载并解压Admixture Studio程序:
https://dnagenics.com/admixture-studio/
部分电脑可能不支持该软件,这需要安装缺少的系统文件来使程序顺利打开。本教程以Lukasz Macuga的LM Genetics K47祖源计算器为例(后文将直接简称为K47)。打开Admixture Studio后在左下方的列表框中选择一个计算器,点击RUN下载并运行计算器。这会同时运行Admixture Studio里的祖源计算器并产生结果,但是这不属于此教程的范围,所以您也可以在计算器下载完后就直接关闭Admixture Studio,主要内容先看后文。(注:如果您能够从其它来源下载到祖源计算器文件的话,也可以直接用而不通过Admixture Studio下载)
3. 接下来在Office Excel或WPS表格中操作(如果您掌握了编程,也可以用更好的方法来替代此方法):
(1) 打开计算器文件所在文件夹,并复制