blast的替代品，使用hmmer寻找同源序列

hmmer，和blast类似，也是一款用于寻找同源序列的软件，其出现晚于blast，与blast所使用的算法不同，hmmer使用的是隐马尔科夫模型，隐马尔科夫模型的简介以及在序列比对中的应用我之前有写过一篇短文，有兴趣可以参读一下：隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用。使用hmmer和blast各有长短，在某些情况下两者的效果差不多，有时候会有稍大差距。

hmmer也有在线版以及本地版，在线版由ebi维护，地址为https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/，hmmer官网为http://www.hmmer.org/，在此处可以找到hmmer的安装包，进行下载安装。

本文简要介绍一下，本地版hmmer的基本使用方式。

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使用hmmer进行同源搜索之前