limma包实现差异基因筛选

载入工作路径:

安装limma包(这里用BiocManager安装的):

 读取表达矩阵和分组信息:

表达矩阵行为基因,列为样本。 

构建分组矩阵和比较矩阵:

线性拟合,会得到一个DEG文件,里面有logFC、P.Value值以及adj.P.Val值:

根据标准进行筛选 :

绘制火山图:

 

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