基于spm12对fMRI数据分析

1. 任务描述

这批数据来自于spm12（https://tinyurl.com/scelanz）官网，被试需要做2个runs，如下图所示，需要对箭头的方向做出反应，箭头朝右就按右键，朝左按左键，这批数据中有被试的反应时，准确率，可以在此文件夹用txt形式打开(sub-01_task-flanker_run-2_events.tsv)。

 2.数据整理

 2.1 观察结构像和功能像

在MATLAB的命令窗口行输入 spm fmri

我们还需要将*.gz数据进行解压，可以用命令

gunzip('*.gz')

按照下图，点击Display，同样功能像也可以这样加进去，我们还可以看每个被试的时间序列信息

 观察功能像：

 

 

3.预处理

 

 

 

添加数据：双击session按钮，找到需要添加数据的文件夹路径，选择sub-08_task-flanker_run-1_bold.nii,1 “1”是第一个frame或者volume，我们需要在Filters下面输入1：146（如果不知道多少个volumes，就输入1：1000，这样就会把所有的volumes加载进去），然后点击enter，右键select all，点击done，就得到一个run的所有数据。如下图所示。

为了精确找到文件，在 .* 的左边输入run-1。

 3.2 Slice-Timing Correction

 

因为我们得到的fMRI数据是在不同的时间点扫描的，因此我们需要做一些处理将这些数据看似在同一个时间点上获得的。

首先点击slice timing按钮→data→找到^rsub-08_task-flanker_run-1.*加在进来，在filter中输入1:146 →done

我们可以通过输入以下图片中的命令，获取数据信息，fname是数据的名字，dim是维度，输入V(1).dim，可以得到数据的维度 64    64    40。40是在z轴的维度信息。

 

 我们在Number of Slices中输入40（z轴的维度），TA = 2-(2/40)，Slice order enter [1:2:40 2:2:40] ，Reference Slice enter a value of 1，生成的文件以a开头。

 

Coregistration

我们所采集到的功能数据大小，形状，维度不一致，因此需要将他们配准到标准模板上，使得后面的组分析更加准确，也可以得到某个脑区的一致的坐标信息。由于功能数据较为模糊，因此我们可以先将被试的结构像配准到标准模板上，再将功能像与结构像进行配准（两步配准法）。

双击Coregister (Estimate & Reslice)按钮，我们可以看到a Reference Image and a Source Image. Reference Image输入function data，Source Image输入anatomical data。

3.4 Segmentation

大脑主要由两个重要的组织组成，灰质（包含大量无髓鞘神经元）白质（有髓鞘神经元）大脑周围也充满了脑脊液，中间包含了许多脑室。

 

Spm中包括了6种组织，上图中从左到右依次是Grey matter; white matter; CSF; soft tissue; bone; other.将结构像的组织映射到这些组织的模板上，会增加配准的准确性。结构像不包括后面这三个组织。打开segmentation，在Volumes 中载入rsub-08_T1w.nii,将Save Bias Corrected中 的文件信息从 Save Nothing 更改为 Save Bias Corrected

 在最后一栏中将 Deformation Fields 更改为 Forward

在tissue probability map这一栏中会自动载入spm12/tpm/TPM.nii

3.5 Normalization

 

当结构像被分割之后，我们可以利用分割之后的结构像进行标准化。点击Normalize (Write)，→data，创建一个新的subject，在Deformation Field这一栏中载入anat文件夹中的 y_rsub-08_T1w.nii文件，在Images to Write 这一栏中加入头动矫正和时间层之后的数据，为了提高效率在Filters中输入^ar.* ，1:146 。默认的图像大小是2×2×2大小的高分辨率图像，我们可以更改为大小为3×3×3的图像。

！note

我们可以选择头动矫正后的结构像进行归一化，这样我们就可以看到单个被试归一化之后的结构像。

这一步完成之后，我们需要检查一下是否出错，点击Check Reg，找到w开头的功能像文件，对于第二个image，找到spm12/canonical 工作路径下的T1或者avg152T1.nii, avg305T1.nii, or single_subj_T1.nii图像，检查是否配准的好。