基于CONN进行脑功能连接分析——预处理

数据需要在matlab导入工具箱：conn，spm12

先分享一个预处理，后续我研究一下把组分析放上来（主要是基于种子点和基于ROI的功能连接分析）

一、数据预处理（conn）

1.1准备工作

我们首先需要一个被试创建一个文件夹，用来存放功能像，所有被试的文件夹放在一个总的文件夹下，每个被试的文件下存放我们要分析的不同的sessions。例如： 我们的实验设计可能是分析刺激前后的效应，这时刺激前一个session，刺激后一个session；我们还有可能分析不同位置刺激前后的效应，这时可能位置1刺激前，位置1刺激后，位置2刺激前，位置2刺激后，等等。根据实验设计的不同，我们进行不同的统计分析（方差分析，t检验等等等）

1.1.1matlab添加工具包

本次使用conn工具包。由于conn是以spm为基础运行的，因此，还需要添加spm工具包。

1.2.2启动matlab

在matlab命令窗口行输入conn，按回车，即可启动conn。

2.1 setup模块

我们首先进入SETUP界面，如下图所示，在这里我们需要对【basic】【structure】【function】【ROIS】【conditions】【option】进行相应的操作

2.1.1 Basic

2.1.2 Structure操作

将结构像加进去，全选中所有的被试

2.1.3 Function data模块

功能像有可能有好几个session，这时我们根据前面已经建好的文件夹，将每个被试所有的文件加载进来，全选中所有的session。这里可以将所有被试的功能像放到同一个文件夹中，按照之前的操作，选中所有的被试，一键将被试加载进来，一个一个加被试太麻烦了。

2.1.4 ROI模块

加入ROI，这批数据要做的是全脑的功能连接，因此加入AAL模板，以及matlab工具包中带的surf文件中的mask.volume.brainmask.nii

2.1.5 Conditions模块

Condition设计，根据自己的实验设计设置，有几个session，增加几个conditions

如果是静息态的数据，就不用设置这么麻烦的条件设置，但是切记这一步骤不要忘记，否则后面done的时候会出错。

2.1.6 Options模块

2.2 预处理

2.2.1 preprocessing

我们加载完数据之后，点击预处理模块，设置好管道信息，接下来可以根据默认设置操作，预处理进行。切记，预处理完成后，我们一定要点击done，进行下一步，之前犯过的错误，只跑了preprocessing，没有done，所以数据不完整，我们done完之后，要进行denoising模块预处理。Preprocessing跑完每个人大概需要30分钟，done

这里我未进行平滑的预处理管道，根据需要看是否需要加平滑的管道，也可以使用默认的选项，个人觉得区别可能不大

扫描顺序根据自己采集的图像顺序设定

这几步都是默认设置

这几步设置完成后，点击preprocessing，会出现如下图please wait，代表预处理开始，这步会花费一些时间。

2.2.2 Denoising模块

Denoising: 将global_mean加到左边。该步骤应用线性回归和带通滤波，以便在计算连接性之前从BOLD信号中去除移动、生理和其他不必要的噪声信号。

band-pass filtered设置为(0.01-0.08 Hz ）

其余选项默认