关于使用VMD的对齐功能

简介

我需要构建一个V型的膜蛋白体系，这个膜蛋白的一个α-螺旋中央有个Rb离子，换成是Na离子。

现在我被告知用charmming-GUI构建这个体系

这里有个很不理解的点是：

最初的输入文件我被要求将这个Na离子抠掉，加上配体来做膜和水和游离的NaCl离子。

最后的体系做完成后，我需要将Na+离子再给她放回去！！

这就很不懂了，为啥要扣掉这个Na离子呀(charmming-GUI不识别？？）

反正，我找到用VMD加上Na到原本位置的方法：

1、在建好的膜蛋白体系PDB上加上Na的信息：

这里注意Na+的原子序号是7222

2、利用原先下载好的带Na的蛋白（来自 RCBS bank）：

3、 打开VMD，导入这两个文件，明显这两个体系是没有对齐的：

使用VMD的Extensions-->Analysis-->RMSD calculator:

这里的残基输入：residue 1 to 451(这里要可以对齐的只有蛋白的CA骨架） 

 

 但是，问题是这个功能不能对齐Na+，在写实验报告之前，我找到了解决方法：

查看这两个没对齐的Na+：

在representation里输入：

serial 7222（对应新建的需要对齐的蛋白）

serial 7221（对应原有Na+,在正确位置的蛋白）

 明显，钠没在一个位置！

4、打开Tk console，输入： 

 实现Na的对齐！！

 Na+成功放进蛋白质里：