分子动力学后处理自编程系列(4)---氢键统计
氢键是一种特殊的静电作用,是除范德华力外的另一种分子间作用力,在小分子(水、离子溶液等)及聚合物(DNA、蛋白质、无机材料等) 的三维结构和特性方面起着重要作用。氢键的大小介于化学键与范德华力间,不属于化学键,但有键长、键能,氢键具有饱和性、方向性。本程序利用LAMMPS输出的dump文件,统计水中氢键数量。
本程序的优势主要表现在:
💖输入明确:dump文件(包含Type、mol-ID以及x,y,z)
💖简单易修改:程序思路清晰,可根据自己需求在本程序基础上进行修改实现特性需求计算,例如氢键键长分布、键角分布等。
1、编程思路
(1)读取dump文件,将每一帧的原子信息存储为变量atom_data;
(2)在帧循环条件下,按照O和H两种原子将data信息拆分;
(3)选出潜在的能够当做供体的O原子,并确定与氧原子相连接的H原子;
(4)根据O-O之间的距离大于2.5,小于R判断供体O对应的潜在的能够当做受体的O原子;
(5)循环供体O,计算该供体O连接的H与潜在受体O之间的夹角α 来判断是否形成氢键;
(6)记录所有帧下氢键数目并写出供体、受体信息;
(7)根据需要完成特性信息筛选。
2、计算步骤
(1) 读取dump文件
dump的读取和该系列之前的读取代码一致,请移步之前的教程,复制该部分代码,为了避免教程冗长,在后续的教程中该部分一并省略。
(2) 几何判断参数设置
% 输入判断条件
R = 3.5; % 几何规则距离判断条件
aplha = 30; % 几何规则角度判断条件
(3) 选出形成氢键相关的O和H原子
% Type 1 ------ O
% Type 2 ------ H
for i = 1 : frame_num
n = 0;
m = 0;
for j = 1 : num_atoms
if (atom_data(j,2,i) == 1)
n = n + 1;
data_Oxygen(n,:,i) = atom_data(j,:,i);
XYZ_Oxygen(n,:,i) = atom_data(j,3:5,i);
Type_Oxygen(n,:,i) = atom_data(j,2,i);
elseif (atom_data(j,2,i) == 2)
m = m + 1;
data_Hydrogen(m,:,i) = atom_data(j,:,i);
XYZ_Hydrogen(m,:,i) = atom_data(j,3:5,i);
Type_Hydrogen(m,:,i) = atom_data(j,2,i);
end
end
end
% No.3 选出每个donor对应的H
for i = 1 : frame_num
for j = 1 : n
k = 0;
for v = 1 : m
dx = XYZ_Oxygen(j,1,i) - XYZ_Hydrogen(v,1,i);
dy = XYZ_Oxygen(j,2,i) - XYZ_Hydrogen(v,2,i);
dz = XYZ_Oxygen(j,3,i) - XYZ_Hydrogen(v,3,i);
distance = sqrt(dx^2 + dy^2 + dz^2);
if ( 0.90<distance && distance< 1.10)
k = k + 1;
donor_H(k,:,j,i) = data_Hydrogen(v,:,i);
end
end
end
end
(4) 选出每个donor的acceptor
% No.4 选出每个donor的acceptor
for i = 1 : frame_num
for j = 1 : n
y = 0;
for x = 1 : n
d_x = XYZ_Oxygen(j,1,i) - XYZ_Oxygen(x,1,i);
d_y = XYZ_Oxygen(j,2,i) - XYZ_Oxygen(x,2,i);
d_z = XYZ_Oxygen(j,3,i) - XYZ_Oxygen(x,3,i);
distance_0 = sqrt(d_x^2 + d_y^2 + d_z^2);
if ( distance_0 < R )
y = y + 1;
donor_A(y,:,j,i) = data_Oxygen(x,:,i);
end
end
end
end
(5) 氢键数目统计
% No.5 氢键初统计
for i = 1 : frame_num
n_hbonds(i) = 0; % 氢键数
for j = 1 : n
XYZ_donor_now = XYZ_Oxygen(j,:,i);
n_H(j,i) = sum(donor_H(:,1,j,i)~=0);
for ii = 1 : n_H(j,i)
XYZ_H_now = donor_H(ii,3:5,j,i);
O_H = XYZ_H_now - XYZ_donor_now;
n_A(j,i) = sum(donor_A(:,1,j,i)~=0);
for jj = 1 : n_A(j,i)
XYZ_A_now = donor_A(jj,3:5,j,i);
O_O = XYZ_A_now - XYZ_donor_now;
sita = (180/pi)*acos(dot(O_H,O_O)/(norm(O_H)*norm(O_O)));
if (sita < aplha)
n_hbonds(i) = n_hbonds(i) + 1;
% 存储氢键的信息,行数为氢键数,
% 第一列为供体TYPE,第二列为供体H的TYPE,第三列为受体TYPE,第四列为供体原子ID,第五列为供体H原子ID,第六列为受体原子ID;
Hbonds_info(n_hbonds(i),1,i) = Type_Oxygen(j,1,i);
Hbonds_info(n_hbonds(i),2,i) = donor_H(ii,2,j,i);
Hbonds_info(n_hbonds(i),3,i) = donor_A(jj,2,j,i);
Hbonds_info(n_hbonds(i),4,i) = data_Oxygen(j,1,i);
Hbonds_info(n_hbonds(i),5,i) = donor_H(ii,1,j,i);
Hbonds_info(n_hbonds(i),6,i) = donor_A(jj,1,j,i);
end
end
end
end
end
(6) 结果验证
3、结语
后续我们会开发一个免费的氢键统计APP,功能强大,操作简单,开发完成会在本账号和微信公众号“分子模拟CLUB”上发布,敬请期待。